Identification of cancer-specific neoantigens in organoid culture

令和4年度には、① 腎がん患者（6例）の手術摘出腫瘍検体からがん細胞塊を分離・回収し、オルガノイドとして拡大培養した。前年度から合わせて、胃がん4例および腎がん8例のオルガノイドが樹立された。② これらのうち７例のオルガノイド組織および同一患者の正常組織のエクソーム解析・RNA-Seq解析によりがん特異的な点突然変異、フレームシフト変異を同定し、ペプチドミクス解析用データベースを構築した。③ nanoLC-MS/MSシステムを用いて、７例のオルガノイド組織から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索（上記②で構築）することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。④　新鮮腫瘍組織（オルガノイド作成に用いた腫瘍と同一患者に由来する３例）から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。オルガノイド組織での解析データと比較・検討中である。⑤　腫瘍浸潤T細胞から同定したT細胞受容体（TCR）遺伝子を導入したT細胞（TCR-T細胞）を樹立し、同一患者のオルガノイド組織への反応性を検証する系を確立した。現在、オルガノイド反応性のあるTCR-T細胞のネオアンチゲン（オルガノイド組織のペプチドミクス解析により同定）との反応性を検討し、免疫原性のあるネオアンチゲンを同定中である。なお、令和５年度には、引き続き腎がんオルガノイド樹立、オルガノイド組織を用いたペプチドミクス解析によるHLA結合ネオアンチゲンの同定、オルガノイド反応性T細胞を用いたネオアンチゲンの免疫原性の検証を進めることにより、オルガノイド組織を用いてネオアンチゲン特異的T細胞反応の重要性を検証する系を確立する予定である。

令和4年度には、① 腎がん患者（6例）の手術摘出腫瘍検体からがん細胞塊を分離・回収し、オルガノイドとして拡大培養した。前年度から合わせて、胃がん4例および腎がん8例のオルガノイドが樹立された。② これらのうち７例のオルガノイド組織および同一患者の正常組織のエクソーム解析・RNA-Seq解析によりがん特異的な点突然変異、フレームシフト変異を同定し、ペプチドミクス解析用データベースを構築した。③ nanoLC-MS/MSシステムを用いて、７例のオルガノイド組織から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索（上記②で構築）することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。④　新鮮腫瘍組織（オルガノイド作成に用いた腫瘍と同一患者に由来する３例）から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。オルガノイド組織での解析データと比較・検討中である。⑤　腫瘍浸潤T細胞から同定したT細胞受容体（TCR）遺伝子を導入したT細胞（TCR-T細胞）を樹立し、同一患者のオルガノイド組織への反応性を検証する系を確立した。現在、オルガノイド反応性のあるTCR-T細胞のネオアンチゲン（オルガノイド組織のペプチドミクス解析により同定）との反応性を検討し、免疫原性のあるネオアンチゲンを同定中である。なお、令和５年度には、引き続き腎がんオルガノイド樹立、オルガノイド組織を用いたペプチドミクス解析によるHLA結合ネオアンチゲンの同定、オルガノイド反応性T細胞を用いたネオアンチゲンの免疫原性の検証を進めることにより、オルガノイド組織を用いてネオアンチゲン特異的T細胞反応の重要性を検証する系を確立する予定である。