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Identification of cancer-specific neoantigens in organoid culture

类器官培养物中癌症特异性新抗原的鉴定

基本信息

批准号：
21H02995
负责人：
笹田哲朗
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Kanagawa Cancer Center Research Institute
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

令和4年度には、① 腎がん患者（6例）の手術摘出腫瘍検体からがん細胞塊を分離・回収し、オルガノイドとして拡大培養した。前年度から合わせて、胃がん4例および腎がん8例のオルガノイドが樹立された。② これらのうち７例のオルガノイド組織および同一患者の正常組織のエクソーム解析・RNA-Seq解析によりがん特異的な点突然変異、フレームシフト変異を同定し、ペプチドミクス解析用データベースを構築した。③ nanoLC-MS/MSシステムを用いて、７例のオルガノイド組織から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索（上記②で構築）することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。④　新鮮腫瘍組織（オルガノイド作成に用いた腫瘍と同一患者に由来する３例）から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。オルガノイド組織での解析データと比較・検討中である。⑤　腫瘍浸潤T細胞から同定したT細胞受容体（TCR）遺伝子を導入したT細胞（TCR-T細胞）を樹立し、同一患者のオルガノイド組織への反応性を検証する系を確立した。現在、オルガノイド反応性のあるTCR-T細胞のネオアンチゲン（オルガノイド組織のペプチドミクス解析により同定）との反応性を検討し、免疫原性のあるネオアンチゲンを同定中である。なお、令和５年度には、引き続き腎がんオルガノイド樹立、オルガノイド組織を用いたペプチドミクス解析によるHLA結合ネオアンチゲンの同定、オルガノイド反応性T細胞を用いたネオアンチゲンの免疫原性の検証を進めることにより、オルガノイド組織を用いてネオアンチゲン特異的T細胞反応の重要性を検証する系を確立する予定である。

In 4 years old and 1 year old patients (6 cases), their bodies were removed by hand surgery, and the cells were separated and separated from each other. In the previous year, there were 4 cases of dysentery, 4 cases of stomach disease and 8 cases of gastric cancer. 2. The normal tissue samples of the same patient were collected in 7 cases. The normal tissue samples of the same patient were analyzed. The RNA-Seq analysis showed that there was a sudden change in the number of patients, and that the diagnosis was identical. 3. NanoLC-MS/MS was used in the hospital, 7 cases were used in the organization, and HLA class I was used in combination with each other. The results showed that there was no significant difference between the two groups. (4) the new organization (3 cases of the same patient) received the same information from the same patient. (4) the new organization (3 cases of the same patient with the same patient) were treated by the combination of the HLA class I and the computer, so that the new tissue could not be separated, and the combination of the patient and the patient. Please tell me that the organization is in a better position than you are in the organization. 5. The T-cell receptor (TCR) was inserted into the T-cell (TCR-T) and the tissue of the same patient was confirmed. Now, there is no significant difference between TCR-T and immunogenicity in terms of reactivity and immunogenicity. For the first time, in 2005, in the first half of the year, and in the first half of the year, the organization was used to determine the same level of immunogenicity in the combination of HLA and immunogenicity. The organization makes sure that it is important to make sure that it is important for the organization to make sure that it is important for the organization to make sure that it is important.