超精密個別化ゲノム解析法の開発による遺伝性疾患の病因病態解明

通过开发超精密个性化基因组分析方法阐明遗传病的发病机制

• 批准号: 21H03548
• 负责人: 日笠 幸一郎
• 金额: $ 10.82万
• 依托单位: Kansai Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H03548/
• 关键词: ヒトゲノム多様性; ヒトゲノム構造多様性

本年度も、ロングリード（長鎖）シークエンサーを用いて、高精度のヒトハプロイドゲノムを構築することを目的とし、２倍体ゲノムからの高分子DNAの抽出と解析を進めた。抽出法としてNanobindとpromega wizard kitを比較検討した。Nanobindでは、最頻値50kb強、平均40kbのDNAが約23ug、promegaでは、最頻値50kb弱、平均25kbのDNAが約10ug抽出され、Nanobindの方が、サイズ・収量ともに、良好な結果であった。Nanobindで抽出したDNA約7ugを使用してライブラリを作製し、Oxford Nanopore PromethIONを用いて、シークエンスを実施した。ライブラリ1は、総塩基数26.7Gb、リード数1.4M、N50=32.0kb、平均リード長18.8kb、ライブラリ2は、総塩基数41.1Gb、リード数5M、N50=16.6kb、平均リード長8.3kbであった。これらのシークエンスデータを用いてアセンブリーを実施し、コンティグN50=27.3Mb、最大値126.3Mb、平均4.1Mb、総塩基長が2.75Gbを得たことから、十分な質のDNAからシークエンスデータが得られていることが推察される。平均リード長が抽出したDNA断片長から期待される値よりも短い傾向があることから、NEB Monarch HMW DNA Extraction KitによるDNA抽出や、Ultra-Long DNA Sequencing Kit V14+R10.4 poreによるシークエンスの実施など、更なる検討を進める。日本人参照配列の高次元化に利用する全ゲノム情報については、解析が完了している3,000検体を約10,000検体まで拡充し、参照配列の構築に必要なゲノム上の構造変異情報の収集に努める。

This year, we have made progress in the extraction and analysis of polymer DNA from the genome of the genome with high precision. A comparison of the two methods is made. Nanobind is 50 kb strong, average 40 kb DNA is about 23 ug, promega is 50 kb weak, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb strong, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb strong, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb weak, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb strong, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb weak, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb strong, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb strong, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb strong, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb, average 25 kb DNA is about 10 ug extracted, Nanobind is 50 kb, Nanobind is 50 kb, average 25 kb DNA is Nanobind extracted DNA about 7 μ g, Oxford Nanopore PromethION was used. The average length of the video is 18.8kb. The average length of the video is 41.1Gb. The average length of the video is 5MB. The average length of the video is 8.3kb. The total length of DNA is 2.75Gb, and the maximum value is 126.3Mb. The average length is 4.1Mb. Average length of DNA fragments extracted from DNA fragments, expected length of DNA fragments, NEB Monarch HMW DNA Extraction Kit, Ultra-Long DNA Sequencing Kit V14 + R10.4 pore, etc. The Japanese reference array uses all kinds of information to analyze and complete 3,000 models and about 10,000 models to collect information necessary for the construction of reference arrays.

项目成果

世界で初めて網羅的にmiRNAを解析し抗うつ薬の予測に有用であることを示す

全球首次进行全面的 miRNA 分析，证明其在预测抗抑郁药物方面的有用性

Novel double missense mutation at the same codon in the MYH7 gene in a patient with hypertrophic cardiomyopathy.

肥厚型心肌病患者 MYH7 基因中同一密码子的新型双错义突变。

• 发表时间: 2021
• 作者: Miyawaki N;Toyota T;Kim K;Kitai T;Kaji S;Higasa K;Nakamura T;Furukawa Y.
• 通讯作者: Furukawa Y.

Deep learning-based predictions of clear and eosinophilic phenotypes in clear cell renal cell carcinoma

• DOI: 10.1016/j.humpath.2022.11.004
• 发表时间: 2023-01-10
• 期刊: HUMAN PATHOLOGY
• 影响因子: 3.3
• 作者: Ohe，Chisato;Yoshida，Takashi;Higasa，Koichiro
• 通讯作者: Higasa，Koichiro

Multi-dimensional analyses of the pathomechanism of GNE myopathy with non-catalytic site variant, GNE: c.620A>T

非催化位点变异GNE肌病病理机制的多维分析，GNE：c.620A>T

• 发表时间: 2022
• 作者: Wakako Yoshioka;Aritoshi Iida;Kyuto Sonehara;Kazuki Yamamoto;Yasushi Oya;Madoka Mori-Yoshimura;Takashi Kurashige;Mariko Okubo;Megumu Ogawa;Fumihiko Matsuda;Koichiro Higasa;Shinichiro Hayashi;Harumasa Nakamura;Masakazu Sekijima;Yukinori Okada
• 通讯作者: Yukinori Okada

本邦のうつ病患者における疾患発症、薬物治療反応性に関するゲノムワイド関連解析（GWAS)

日本抑郁症患者的发病和药物治疗反应的全基因组关联分析（GWAS）

• 发表时间: 2022
• 作者: 島本優太郎;安河内彦輝;村瀬雄士;越川陽介;舩槻紀也;緒方治彦;嶽北佳輝;木下利彦;日笠幸一郎;加藤正樹
• 通讯作者: 加藤正樹