シン・パレオゲノミクスが創る博物館資料群活用の新展開

薄古基因组学博物馆资料使用的新进展

• 批准号: 21H04358
• 负责人: 覚張 隆史
• 金额: $ 27.04万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-05 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H04358/
• 关键词: パレオゲノミクス; シングルセル解析; 遺跡出土骨; 博物館; 生物標本; シングルセル; 古人骨; 絶滅動物; 植物標本; 寄生虫卵

本年度は、昨年度に引き続き、人骨、植物病理標本、菌類標本、絶滅動物、堆積物の寄生虫卵をターゲットにして。それぞれ人骨班、植物標本班、絶滅動物班、堆積物班に分かれて、局所サンプリングの条件検討を進めた。昨年度に、富山県富山市の小竹貝塚出土人骨から局所サンプリングを実施し、12個体中で8個体でゲノム解析が可能な保存状態の良いDNA抽出液を得ており、Nova-seqを用いて追加でゲノムデータの取得を進めた。解析結果から、全ての個体で縄文人特異的なゲノムの特徴を有することが確認された。DNA抽出液のヒトDNA含有率が低い4個体は、arbor bioscience社が提供するRNAプローブのMYbaitsを用いたヒトDNA濃縮法を適用して、保存状態の悪い試料からのゲノムデータの取得を試みた。また、ニホンカワウソのサンプリングでは、肉球およびヒゲの付け根の組織からサンプリングを実施し、人骨同様に保存状態の良いDNA抽出液を得たため、民間のシーケンシング企業にライブラリを送り、大規模ゲノムデータの取得を進めた。菌類標本の分析対象であるスエヒロタケ標本からDNA抽出を行った結果、非常に長いDNAが抽出されたため、既存の低分子をターゲットとしたパレオゲノミクスの研究領域で応用されているライブラリ作成ではライブラリ化が困難であることがわかった。寄生虫卵の分析では、低分子DNAから選択的に全ゲノム増幅するための実験系の検討を進めた。

This year に, last year に, 続 続 続, human bones, plant pathological specimens, fungal specimens, extinct animals, accumulations of parasitic eggs をタ をタ ゲットに て て. そ れ ぞ れ class class class, plant specimens, the extinction of animal bone, deposit class に か れ て, bureau サ ン プ リ ン グ 検 の conditions for を into め た. Yesterday annual に, toyama 県 toyama city の bone unearthed from small bamboo shell middens か ら bureau サ ン プ リ ン グ を be し, 12 individuals で 8 individual で ゲ ノ ム resolution が may な saving state の good い DNA extract を have て お り, Nova - seq を with い て additional で ゲ ノ ム デ ー タ の obtain を into め た. The analysis results show that ら ら, the entire て <s:1> individual で, and the unique なゲノム <s:1> characteristics を of the naogaru are する する とが and confirm された. DNA extract の ヒ ト DNA contains the rate low が い 4 individual は, arbor が bioscience clubs provide す る RNA プ ロ ー ブ の MYbaits を with い た ヒ ト DNA concentration を applicable し て, save state の 悪 い sample か ら の ゲ ノ ム デ ー タ の try get を み た. ま た, ニ ホ ン カ ワ ウ ソ の サ ン プ リ ン グ で は, meat ball お よ び ヒ ゲ の pay け root の organization か ら サ ン プ リ ン グ を be し, with others in bone に preserved good state の い DNA extraction liquid を た た め, folk の シ ー ケ ン シ ン グ enterprise に ラ イ ブ ラ リ を り, large-scale ゲ ノ ム デ ー タ の obtain を into め た. Fungi specimens の analysis as seaborne で あ る ス エ ヒ ロ タ ケ specimen か ら DNA extraction line を っ た results, long very に い が DNA extraction さ れ た た め, existing の low molecular を タ ー ゲ ッ ト と し た パ レ オ ゲ ノ ミ ク ス の research で 応 with さ れ て い る ラ イ ブ ラ リ made で は ラ イ ブ ラ リ change が difficult で あ る こ と が わ か っ た. Parasitic ovum の analysis で は, low molecular DNA か ら sentaku に all ゲ ノ ム rights of す る た め の be 験 is の beg を 検 into め た.