シン・パレオゲノミクスが創る博物館資料群活用の新展開

薄古基因组学博物馆资料使用的新进展

• 批准号: 21H04358
• 负责人: 覚張 隆史
• 金额: $ 27.04万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-05 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H04358/
• 关键词: パレオゲノミクス; シングルセル解析; 遺跡出土骨; 博物館; 生物標本; シングルセル; 古人骨; 絶滅動物; 植物標本; 寄生虫卵

本年度は、昨年度に引き続き、人骨、植物病理標本、菌類標本、絶滅動物、堆積物の寄生虫卵をターゲットにして。それぞれ人骨班、植物標本班、絶滅動物班、堆積物班に分かれて、局所サンプリングの条件検討を進めた。昨年度に、富山県富山市の小竹貝塚出土人骨から局所サンプリングを実施し、12個体中で8個体でゲノム解析が可能な保存状態の良いDNA抽出液を得ており、Nova-seqを用いて追加でゲノムデータの取得を進めた。解析結果から、全ての個体で縄文人特異的なゲノムの特徴を有することが確認された。DNA抽出液のヒトDNA含有率が低い4個体は、arbor bioscience社が提供するRNAプローブのMYbaitsを用いたヒトDNA濃縮法を適用して、保存状態の悪い試料からのゲノムデータの取得を試みた。また、ニホンカワウソのサンプリングでは、肉球およびヒゲの付け根の組織からサンプリングを実施し、人骨同様に保存状態の良いDNA抽出液を得たため、民間のシーケンシング企業にライブラリを送り、大規模ゲノムデータの取得を進めた。菌類標本の分析対象であるスエヒロタケ標本からDNA抽出を行った結果、非常に長いDNAが抽出されたため、既存の低分子をターゲットとしたパレオゲノミクスの研究領域で応用されているライブラリ作成ではライブラリ化が困難であることがわかった。寄生虫卵の分析では、低分子DNAから選択的に全ゲノム増幅するための実験系の検討を進めた。

This year's annual report on human bones, plant pathology, fungi, extinct animals, parasites and eggs must be submitted. The conditions for human bone, plant, extinct animal and accumulation are discussed. Last year, human bones unearthed in Kotakesuka, Toyama Prefecture, were collected from 8 out of 12 individuals and analyzed. DNA extracts from 8 individuals were obtained in good condition. Nova-seq was added to the collection. The analysis results show that the characteristics of all individuals are unique to each other. DNA extract DNA content is low 4 individuals, arbor bioscience company provides RNA extract MYbaits, DNA concentration method is applicable, preservation state of sample is low 5 individuals, arbor bioscience company provides RNA extract MYbaits, DNA concentration method is applicable, preservation state of sample is low 5 individuals, arbor bioscience company provides RNA extract MYbaits, DNA concentration method is applicable. In addition, the excellent support for the organization of meatballs and nuts has been implemented, and good DNA extracts in the same preserved state as human bones have been obtained. Private companies have been able to provide rapid delivery of information, and the acquisition of large-scale virtual data has been advanced. Fungal DNA extraction results, very long DNA extraction, existing low molecular weight DNA extraction results, very high molecular weight DNA extraction results, very high molecular weight DNA extraction results. The analysis of parasite eggs and low molecular weight DNA was carried out in order to improve the quality of the parasite system.