Elucidating molecular network of Dravet syndrome by genetic approaches

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ドラベ症候群の分子ネットワークを明らかにすることを目的に、500症例の発達性てんかん性脳症症例を解析した。抹消リンパ球より抽出されたゲノムDNAを用いて、てんかん関連の114遺伝子のエクソンを含む領域にプローブを設計しライブラリを作成した。次世代シークエンサーMiseq（イルミナ社）でシークエンスを行い、fastq fileを参照ゲノム配列hg19を使用してバリアントを抽出したvcf fileを作成した。AnnotationはANNOVARを使用し、1000 genome, ExAC, gnomADデータベースで新規バリアントを抽出し、SIFT、 PolyPhen2、CADDスコアで有害性が予測されるバリアントを候補とした。候補バリアントに対して、両親のゲノムDNAでバリアントの有無をPCRサンガー法で確認し、新生バリアントを病的バリアントとした。Na+、K+、Cl-チャネル、GABAA受容体等のイオンチャネル、イオンチャネル内蔵をコードする遺伝子を対象とした。ドラべ症候群337症例、その他の発達性てんかん性脳症163症例の合計500症例で病的バリアントを探索し、121症例（ドラべ症候群95症例、発達性てんかん性脳症26症例）に病的バリアントを同定した。トップ5の遺伝子は、SCN1Aに85症例、SCN8Aに7症例、KCNT1に5症例、KCNQ2に4症例、GABRB2に3症例であった。チャネル種類に分類すると。Na＋チャネルに93症例、K+チャネルに12症例、GABAA受容体に7症例であった。Na＋チャネルが最も多いが、K＋チャネル、GABAA受容体と抑制性のチャネルが続き、抑制性チャネルのバリアントの関与も示唆された。