アメーバ共生系を基盤とする新規微生物の探索

基于阿米巴共生系统寻找新微生物

• 批准号: 19K22451
• 负责人: 永井 宏樹
• 金额: $ 3.99万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-06-28 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K22451/
• 关键词: 寄生; 共生; アカントアメーバ; 寄生・共生

これまでの研究により単離した候補微生物約150のうち巨大ウイルスを含む巨大核質DNAウイルス(NCLDV)に分類される20種については、ミミウイルス科新規クレードと、新規パンドラウイルス１種について完全ゲノムの決定を目指して研究を進めているが、技術的困難により進捗が遅れていた。このうちDNA精製における問題については、植物細胞からのゲノムDNA単利法で用いられる方法が改変・利用することにより目処をつけることができた。パンドラウイルスからのDNA単離については、ウイルスを溶解するステップに問題があったが、尿素・SDS・プロテアーゼKを主剤とする溶解バッファーにより溶解した後、通常のカラムベースの精製法により高品質な高分子ゲノムDNAを分離することができた。一方で、ミミウイルス科新規クレードウイルスからのゲノムDNA単離は、高塩濃度あるいはアルコール存在下で沈殿を引き起こす夾雑物の存在により、上述の方法では収率が大きく損なわれる問題が残っていたが、高塩濃度下でCTABを作用させることにより高品質な高分子ゲノムDNAを分離するに成功した。またこのように単離したゲノムDNAを利用してONT MinIONによるロングリードを得ることができた。低品質のゲノムDNAを利用して得ていたIlluminaショートリードと合わせてゲノム解析を行ったところ、ミミウイルス科新規クレードウイルスのショートリードの品質に問題があり、再シーケンスする必要があることが判明した。

This research has been conducted on about 150 candidate microorganisms, including giant nuclear DNA (NCLDV), classified into 20 species, including new regulations, new regulations, and 1 species. The problem of DNA purification is that plant cells need to be purified by DNA purification. The DNA isolation method for high quality polymer DNA isolation is usually used for purification of high quality polymer DNA. In addition, the method described above successfully isolated DNA from high quality polymers in the presence of high concentrations of CTAB. The first step is to make use of ONT MinION. Low quality DNA is used to determine the quality of the Illumina solution and the need to analyze it.

项目成果

病原菌の細胞内寄生の分子基盤とその進化

病原菌细胞内寄生的分子基础及其进化

• 发表时间: 2021
• 作者: Tomoe Kitao;Hiroki Nagai;Tomoko Kubori;永井宏樹
• 通讯作者: 永井宏樹

Complete genome and bimodal genomic structure of the amoebal symbiont Neochlamydia strain S13 revealed by ultra-long reads obtained from MinION

从 MinION 获得的超长读长揭示了变形虫共生体新衣原体菌株 S13 的完整基因组和双峰基因组结构

• DOI: 10.1038/s10038-019-0684-3
• 发表时间: 2019
• 期刊: Journal of Human Genetics
• 影响因子: 3.5
• 作者: Yamagishi Junya;Hayashida Kyoko;Matsuo Junji;Okubo Torahiko;Kuroda Makoto;Nagai Hiroki;Sekizuka Tsuyoshi;Yamaguchi Hiroyuki;Sugimoto Chihiro
• 通讯作者: Sugimoto Chihiro

研究室Webページ:

实验室网页：

Identification of novel microbes using cocultivation with Acanthamoeba

利用棘阿米巴共培养鉴定新型微生物

• 发表时间: 2022
• 作者: J.Olorocisimo;J.Briones;R.Rebusi;Y.Ohta;M.Haruta;K.Sasagawa;Y.Nakahata;Y.Bessho;J.Ohta;Hiroki Nagai
• 通讯作者: Hiroki Nagai

Legionella manipulates non-canonical SNARE pairing by the function of a bacterial deubiquitinase

军团菌通过细菌去泛素酶的功能操纵非规范的 SNARE 配对

• 发表时间: 2019
• 作者: Tomoe Kitao;Kyoichiro Taguchi;Shintaro Seto;Kohei Arasaki;Hiroki Ando;Hiroki Nagai;Tomoko Kubori
• 通讯作者: Tomoko Kubori