Verification of the hydrophobic interaction hypothesis in protein structural stability and theoretical/experimental study on cosolvent effects
Verification of the hydrophobic interaction hypothesis in protein structural stability and theoretical/experimental study on cosolvent effects
批准号:
20K05431
负责人:
墨 智成
金额:
$2.83万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份:
2020
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2020-04-01 至 2024-03-31
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英文摘要
(1)アルコールの中でも2,2,2-トリフルオロエタノール(TFE)は顕著なHelix誘導能を示すことが知られており,TFE水溶液の大きな濃度揺らぎがその主要な要因であると考えられてきた.一昨年度,小角X線散乱測定によって決定されたTFE水溶液のKirkwood-Buff(KB)積分に基づく解析から,TFE分子の凝集はヘリックス誘導に必ずしも必要ではなく,HelixとTFEとの直接分子間相互作用に起因する選択的溶媒和が,Helix誘導能に関与している事を示した.この熱力学的解析に基づき,TFEの選択的溶媒和の微視的メカニズムを明らかにすべく,コイルドコイルHelix GCN4-p1をモデルタンパク質として採用し,TFE水溶液中でのMD計算を行った.解析の結果,Helix側鎖とTFE分子のOH基との間の静電相互作用により,TFE分子は逆ミセル配向を取りながら,Helixへのより顕著な溶媒和殻が形成され,Helix誘導能を実現することが明らかとなった.(2)尿素は古くからタンパク質の変性剤として使われており,天然構造を不規則なコイル構造へと導くことが知られている。その分子メカニズムは尿素がタンパク質に強く相互作用することに起因した直接メカニズムと水の構造を乱し疎水性相互作用を変調すること起因した間接メカニズムが提案せれており,議論が続いている.一般に変性効果が強い高濃度尿素水溶液が使われることが多いが,同様のKB積分に基づく解析により,低濃度域での解析から変性メカニズムを議論できる事が示された.この知見に基づき,同様の尿素2 MのMD計算を行った結果,尿素とタンパク質主鎖との静電相互作用およびロンドン分散力により,尿素はHelixよりCoilに強く溶媒和し,変性状態を安定化する事が明らかとなった.
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タンパク質は疎水効果で安定化しているのか
蛋白质通过疏水作用稳定吗?
DOI:
--
发表时间:
2023
期刊:
アグリバイオ (月刊「細胞」 vol. 55, 104の同記事の紹介・転載)
影响因子:
--
作者:
[墨智成, 今村比呂志]
通讯作者:
今村比呂志
疎水性相互作用の溶質分子サイズ依存性:シミュレーションを用いたアプローチ
疏水相互作用的溶质分子大小依赖性:一种模拟方法
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[内藤秀文, 岡本隆一, 墨智成, 甲賀研一郎]
通讯作者:
甲賀研一郎
Why can our brains learn and memorize?
为什么我们的大脑能够学习和记忆?
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
Liquid-state density functional study on energetics of protein folding stability
蛋白质折叠稳定性能量学的液态密度泛函研究
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[T. Sumi and H. Imamura]
通讯作者:
T. Sumi and H. Imamura
アザラシの海洋適応に伴うタンパク質進化のしくみを解明
阐明与海豹适应海洋相关的蛋白质进化机制
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
共 42 条
大きな揺らぎの存在する媒体中での高分子挙動に関する理論的解析手法の開発とその応用
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批准号:19031013
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.01万
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财政年份:2007
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负责人:墨 智成
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依托单位:
高圧下および気一液共存曲線近傍におけるセシウムの分子動力学計算
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批准号:99J00280
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$2.3万
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财政年份:1999
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负责人:墨 智成
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依托单位:
海外基金