Small RNA pathway analysis on C. elegans and the relatives

线虫及其近缘种的小RNA通路分析

• 批准号: 19H03212
• 负责人: 菊地 泰生
• 金额: $ 10.98万
• 依托单位: University of Miyazaki (2019-2020, 2022)The University of Tokyo (2021)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03212/
• 关键词: ゲノム; トランスポゾン; small RNA; 進化; ゲノム構造進化; C. elegans; 姉妹種; 比較ゲノム; トランポゾン; 近縁種

トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンのTEの転移はゲノムの損傷など有害な影響も持つため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegansとのゲノム比較により、C. inopinataのゲノムにはトランスポゾンが特徴的に多く存在し、さらに、C. inopinataはSmall RNAを制御するergo-1パスウェイが欠失していることが分かった。本研究では、C. elegans-C. inopinata比較解析系を用いて、トランスポゾンによるゲノムの構造進化、さらにそれを制御するsmall RNA機構を明らかにすることをゴールとし、以下の研究方法により、生物情報学と生化学、遺伝学的解析を行う。・C. inopinataの発達ステージごとのsmall RNA発現解析・C. inopinataのArgonauteのインタラクトーム解析・野外分離株を用いたC. inopinataのゲノム進化解析以上により、C. inopinataにおける、small RNA パスウェイとsmall RNAによるトランスポゾン制御機構を理解し、C. elegansとの比較により進化学的理解を得る。さらに、野生採取株のゲノム解析により、C. inopinataにおけるトランスポゾンによるゲノム進化の現状を明らかにする。

ト ラ ン ス ポ ゾ ン は evolution を fuelling す る で, ト ラ ン ス ポ ゾ ン の TE の planning move は ゲ ノ ム の damage な ど な harmful influence も hold つ た め, eukaryotes は Small RNA に よ る RNA サ イ レ ン シ ン グ institutions を 駆 make し て ト ラ ン ス ポ ゾ ン を inhibit す る. In recent years, see 発 さ れ た c. elegans の and sisters of c. inopinata は, c. elegans の about 2 times の body サ イ ズ を も ち, c. elegans と は big き く different な る reproductive others type や ecological を have し て い る. C. elegans と の ゲ ノ ム compare に よ り, c. inopinata の ゲ ノ ム に は ト ラ ン ス ポ ゾ ン が に く し, more of 徴 さ ら に, c. inopinata は Small RNA を suppression す る ergo - 1 パ ス ウ ェ イ が owe lost し て い る こ と が points か っ た. This study で は, c. elegans - c. inopinata comparative analytic system を with い て, ト ラ ン ス ポ ゾ ン に よ る ゲ ノ ム の tectonic evolution, さ ら に そ れ を suppression す る small RNA institutions を Ming ら か に す る こ と を ゴ ー ル と し, the following の research methods に よ り, biological informatics と biochemistry, analytical line を う 伝 learn. , c. inopinata の 発 da ス テ ー ジ ご と の small RNA 発 now parsing, c. inopinata の Argonaute の イ ン タ ラ ク ト ー ム parsing, wild isolates を with い た c. inopinata の ゲ ノ ム evolutionary above に よ り, C. Inopinata に お け る, small RNA パ ス ウ ェ イ と small RNA に よ る ト ラ ン ス ポ ゾ ン royal institution を understand し, c. elegans と の is に よ り into the understanding of the chemical を る. さ ら に, wild strains の ゲ ノ ム parsing に よ り, c. inopinata に お け る ト ラ ン ス ポ ゾ ン に よ る ゲ ノ ム evolutionary status の を Ming ら か に す る.