比較ゲノム解析による植物寄生性線虫の寄生性関連遺伝子の解明

通过比较基因组分析阐明植物寄生线虫寄生相关基因

• 批准号: 13F02511
• 负责人: 菊地 泰生
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: University of Miyazaki
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13F02511/
• 关键词: ゲノム; 一塩基多型; 病原性; ポピュレーション

本プロジェクトでは、寄生性線虫Bursaphelnchus xylophilusと①寄生性、②宿主、③ベクターとなる昆虫種の異なる近縁なBursaphelenchus属線虫のゲノムを解読し、B. xylophilusのゲノムと比較することによって、線虫の寄生性および昆虫とのインタラクション機構を比較ゲノム的に明らかにすることを目的とする。また、B. xylophilus種内の病原力の異なる株を用いたゲノム比較により病原力に関わるゲノム領域の同定にも取り組む。本年度は、寄生性線虫B. xylophilusの近縁種5種、B. mucronatus、B. conicaudatus、B. luxuriosae、B. doui、B. okinawaensisの線虫株を確立し、これらの培養線虫から高品質ゲノムDNAを抽出して、イルミナ社HiSeq2000を用いてシーケンスリードを獲得した。また、B. xylophilus種内で病原力の異なる線虫株を準備し、同様に培養線虫から高品質ゲノムDNAを抽出して、イルミナ社HiSeq2000を用いてシーケンスリードを獲得した。今年度の解析は種内ポピュレーションの比較を中心に行った。得られたシーケンスリードをB. xylophilusのレフェレンスゲノムにマッピングし、SNVおよびインデルのコーリングを行った。得られたバリアント部位は、PCRとサンガーシーケンシングで確認をおこなった。その結果、B. xylophilusは種内での多様性が非常に高く、SNVの領域はゲノムの3%以上に及ぶことが明らかとなった。このバリアントに基づき系統解析を行い、国内のB, xylophilusポピュレーション間の関係性を明らかにした。また病原力・その他の表現系とゲノムバリアントとの関連について解析を行った。

The parasite, Bursaphelnchus xylophilus (1) parasitism,(2) host,(3) insect species diversity,(4) bursaphelenchus genus xylophilus (3) parasitism,(4) host,(5) parasite,(6) parasite,(7) parasite,(8) parasite,(9) parasite,(9) parasite,(10) parasite,(11) parasite,(12) host,(11) parasite,(12) parasite,(13) insect species diversity,(14) insect species diversity,(15) parasite,(16) parasite,(17) parasite,(18) parasite,(19) parasite,(19) parasite,(10) parasite,(10) host,(10) parasite,(10) parasite,(10) parasite,(11) parasite,(10) parasite,(10) host,(10) parasite,(11) parasite,(10) parasite,(10) parasite, Xylophilus and its host species are compared in terms of parasitism, insect parasitism, and host species organization.また、B. Xylophilus is a species with different pathogenicity. It is a species with different pathogenicity. It is a species with different pathogenicity. This year, parasitic worm B. 5 species of xylophilus, B. mucronatus、B. conicaudatus、B. luxuriosae、B. doui、B. Okinawaensis strains were established, and high-quality DNA was extracted from cultured strains. HiSeq2000 was used to obtain high-quality DNA.また、B. Xylophilus intraspecific pathogens were prepared and cultured in the same way. High-quality DNA was extracted and obtained using HiSeq2000. This year's analysis of intra-species comparison of the center line A: I don't know. Xylophilus is the most important factor in the development of human beings. To identify the location of the site, PCR and the location of the site The results of B. Xylophilus is very diverse within the species, SNV is more than 3% of the domain, and it is less than 100%. The relationship between the basic system analysis and the domestic B, xylophilus complex system is clearly explained. The pathogenicity of the disease is related to the analysis of the relationship between the disease and its expression.

项目成果

Pine Wilt Disease caused by Bursaphelenchus xylophilus, a new disease threatening Spanish forests.

由松材线虫引起的松材线虫病是一种威胁西班牙森林的新病害。

• 发表时间: 2013
• 期刊: Vida Rural
• 作者: Palomares-Rius JE;Kikuchi T
• 通讯作者: Kikuchi T

The genome and life-stage specific transcriptomes of Globodera pallida elucidate key aspects of plant parasitism by a cyst nematode.

• DOI: 10.1186/gb-2014-15-3-r43
• 发表时间: 2014-03-03
• 期刊: Genome biology
• 影响因子: 12.3
• 作者: Cotton JA;Lilley CJ;Jones LM;Kikuchi T;Reid AJ;Thorpe P;Tsai IJ;Beasley H;Blok V;Cock PJ;Eves-van den Akker S;Holroyd N;Hunt M;Mantelin S;Naghra H;Pain A;Palomares-Rius JE;Zarowiecki M;Berriman M;Jones JT;Urwin PE
• 通讯作者: Urwin PE

Whole genome resequencing and SNP detection toward understanding population structure and parasitism of Bursaphelenchus xylophilus

全基因组重测序和SNP检测了解松材线虫种群结构和寄生性

• 作者: Paromares-Rius;J.E.;金子彰・田中龍聖・秋庭満輝・竹内祐子・菊地泰生
• 通讯作者: 金子彰・田中龍聖・秋庭満輝・竹内祐子・菊地泰生

Omics fields of study related to plant-parasitic nematodes

与植物寄生线虫相关的组学研究领域

• 发表时间: 2013
• 期刊: Journal of Integrated OMICS
• 作者: Palomares-Rius;J.E.;and Kikuchi;T.
• 通讯作者: T.