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Analysis of the mechanism of stage conversion of Perkinsus species using transcriptomic approaches

利用转录组学方法分析Perkinsus物种的阶段转换机制

基本信息

批准号：
19J00148
负责人：
梅田剛佑
金额：
$ 3.33万
依托单位：
Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-25 至 2022-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、海産貝類に寄生するパーキンサス属原虫のステージ転換を制御する分子生物学的メカニズムの解明を目指している。前年度はステージ転換を誘導する培養条件を検討し、誘導培地中で培養したPerkinsus olseni栄養体（ATCC# PRA-181）を試料としてRNA-seqを実施した。本年度はこのRNA-seqデータ（ステージ転換誘導開始0，1，6，24，96時間後）から遺伝子発現を定量し、各遺伝子の発現変動について時系列解析を行った。その結果、発現変動遺伝子は変動パターンに基づいて大きく９つのクラスターに分類された。この中には元は低めの発現であったがステージ転換誘導開始後に発現が急上昇し、終了後（96時間後）には発現が戻っていた遺伝子群、またもともと高めの発現であったが培養期間の早いタイミングで大きく発現が低下した遺伝子群など、ステージ転換の制御への関与が推測されるクラスターが検出された。また、当初は1反復のみのデータを解析していたが、今年度はさらに3反復のサンプルに対してRNA-seqを実施し、結果の再現性を確認した。さらに、遺伝子機能推定のための技術開発として、遺伝子改変原虫の作製条件の検討を実施した。前年度はエレクトロポレーション法を用いたプラスミド導入によるGFP発現原虫の作製に成功していたが、導入・発現効率が低く、組換え原虫の選択の効率化が課題の一つであった。そこで本年度は、ピューロマイシン耐性遺伝子を利用した薬剤選択ベクターの提供を受け、P. olseniへの導入条件を検討した。ベクターを導入した原虫では薬剤存在下でもマーカーとなるGFPの発現が確認され、さらに栄養体の増殖も確認された。しかし、生残した栄養体の安定した増殖には数か月の時間を要したことから、薬剤耐性遺伝子の発現効率は高くないと推定され、発現プロモーターの変更など技術改良の必要性も示された。

In this study, parasitic and marine parasites, parasites, protozoa, protozoa, protozo In the previous year, the training conditions were improved, and the Perkinsus olseni materials (ATCC# PRA-181) were used in the training ground. In the previous year, RNA-seq materials were applied. This year, after the beginning of the RNA-seq training program, a series of quantitative measurements have been detected, and a series of analysis methods have been made for each child. The results and results show that the activities are classified into different categories. In the middle of the week, it was found that there was a rush to get into the market, and after 96 hours (after 96 hours), during the training period, it was found that the sub-group of the low-grade train was in the middle of the training period. Please make sure that you can control the situation and push it out. In the first place, there was a significant increase in the number of RNA-seq applications, and this year, in the end, the results showed that there were significant differences between the two groups. It is possible to deduce that the operating conditions of the protozoa can be changed by the operating conditions of the protozoa and the operating conditions of the protozoa can be presumed. In the previous year, the protozoa were successfully introduced into GFP, and the rate of infection was low. In the previous year, the protozoa method was used to detect the success of parasites. In the current year, please do not know how to be patient. You can use the information to select the recipient to provide the recipient, P. olseni access condition. In the presence of protozoa, please check that the GFP has been confirmed and the colonization has been confirmed. The number of stablized and disabled animals, the number of stable and stable animals, the rate of tolerance test, the presumption of death, and the necessity of technical improvement are important in each month.