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多施設コホートを用いた特発性肺線維症における新規遺伝子多型の同定

使用多中心队列鉴定特发性肺纤维化的新型遗传多态性

基本信息

批准号：
19J21080
负责人：
中西智子
金额：
$ 1.98万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-25 至 2022-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19J21080/
关键词：
特発性肺線維症全ゲノムシークエンス

项目摘要

日本人の多施設コホートにて線維化性間質性肺疾患(ILD)を218例集積し、全ゲノムシーケンスを行った。まず既知の特発性肺線維症(IPF)関連遺伝子内で病原性が予測される変異の有無を評価した。次に日本人コホートと他のデータを用いて、ILDに対してレアバリアント解析とゲノムワイド関連解析(GWAS)を施行し、既報のGWASの要約統計量と合わせてメタ解析を行った(症例8,730名/対照866,823名)。日本人の家族性ILD発端者44名中17名 (38.6％)、孤発性IPF162名中11名(6.8％) に既知IPF関連遺伝子に変異を同定した。レアバリアント解析により、ILDと新規の遺伝子との関連が認められ、GWASにより25個の関連座位(6つは新規)を同定した。本研究については現在投稿準備中である。また、既存のProteome GWASとIPFに対するGWASを用いて、Mendelian Randomization(MR)を行いIPFの発症に起因する血中タンパク質の同定を目指した。計834タンパクについてスクリーニングしたところ、遺伝的にFUT3とFUT5という血中タンパクの量が少ない人でIPFの疾患感受性が高いことがわかった(血中タンパクの1SD変化あたりのオッズ比[OR]: 0.81, 95%信頼区間[95%CI]: 0.74-0.88, p=6.3x10-7,とOR: 0.76, 95%CI: 0.68-0.86, p=1.1x10-6)。さらに、候補となったFUT3とFUT5についてColocalization analysesという連鎖不均衡によるバイアスの評価や複数の感度解析を行い、FUT3の方がFUT5よりも、原因となっている事後確率が高いことが示唆された。本研究については査読付き欧文誌に発表した。

There were 218 cases of linear interstitial lung disease (ILD) in Japanese patients. To assess the presence or absence of pathogenic differences in known idiopathic pulmonary disease (IPF) associated vectors. Second, the Japanese government has implemented the GWAS (Association Analysis), and reported the GWAS offer statistics and analysis (8,730 cases/866,823 cases). Among Japanese, 17 out of 44 (38.6%) had familial ILD and 11 out of 162 (6.8%) had isolated IPF. 25 associated seats (6 new rules) are identified by ILD and new rules. This study is currently in preparation for submission. GWAS and IPF are related to each other, and Mendelian Randomization(MR) is responsible for the development of IPF. 834 (SD = 1, OR: 0.81, 95%CI: 0.74-0.88, p=6.3x10-7, OR: 0.76, 95%CI: 0.68-0.86, p=1.1x10-6). FUT3: FUT5: Colocalization analysis: linkage disequilibrium: evaluation: sensitivity analysis: FUT3: FUT5: cause: post-validation rate: high: linkage disequilibrium: evaluation: sensitivity analysis: multiple: linkage disequilibrium: evaluation: multiple: sensitivity analysis: linkage disequilibrium: evaluation: multiple sensitivity analysis: determination: multiple: FUT3: cause: FUT5: post-validation rate: high: linkage disequilibrium: evaluation: multiple sensitivity analysis: multiple sensitivity: determination: multiple sensitivity: determination: cause: high: post-validation: high: linkage disequilibrium: evaluation: multiple sensitivity analysis: linkage disequilibrium: evaluation: multiple sensitivity: linkage disequilibrium: evaluation: multiple sensitivity: analysis: determination: This study was conducted to examine the implications of the study.