オーバレイクラウドによる計算実験環境再現性

使用覆盖云的计算实验环境的再现性

• 批准号: 19K11895
• 负责人: 横山 重俊
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: National Institute of Informatics (2021-2022)Gunma University (2019-2020)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K11895/
• 关键词: 研究再現性; データ駆動型研究; ゲノム解析; 実験数学; クラウドコンピューティング; Jupyter Notebook; クラウド; 計算科学; データ科学; 再現性

本研究では、ICT基盤上に構築された実験環境の再現性をコンテナ技術によるオーバーレイクラウド方式の仮想クラウド技術と実行可能な構築手順書構成技術(Literate Computing for Infrastructure)を組み合わせることで、データ駆動型研究実験環境の流通性を飛躍的に高めることを目指す。2019年度には本研究の基本構成要素であるControl DataとControlled EnvironmentからなるMicro-abilityのプロトタイプを実現した。Control DataとしてはLiterate Computing for Infrastructureの研究成果であるJupyter Notebookによる実行可能構築手順書を用いる。これはインフラ構築のための実行スクリプトと構築手順同時に記述するだけではなく、実行結果の保存も可能としている。Controlled Environmentとしては各種クラウド上に跨った仮想クラウドを動的に構築できるコンテナ技術を利用したOverlay Cloudアーキテクチャおよび仮想クラウド生成を担うすでに開発済みのミドルウェア Virtual Cloud Providerを用いた。2020年度および2022年度までには以下の二つの適用分野でのこのMicro-abilityを用いた実証実験を実施した。【ゲノム解析分野】実験環境の流通実証をゲノム解析ツール Galaxyの利用者コミュニティメンバの協力を得て実施する。具体的には現在クラウド内のマシンイメージとして流通しているGalaxy実験環境のデータビリティプラットフォームへ移行可能であることを実証する。【数学分野】実験環境の流通実証を数式処理ツールの利用者コミュニティメンバの協力を得て実施する。

This research is based on the reproducibility and reproducibility technology of the environment built on the basis of ICT.レイククラウド法の仮思クラウドTechnologyと実行possibleなConstruction Handbook Composition Technology(Literate Computing for Infrastructure (Computing for Infrastructure) is a high-tech company that has made great strides in the fluidity of the environment through dynamic research. The basic components of this study in 2019 are Control Data and Controlled Environment and Micro-ability. Control DataとしてはLiterate Computing for InfrastructureのResearch resultsであるJupyter Notebookによる実行 May build a handy bookをUseいる.これはインフラconstructedのための実行スクリプトとconstructed at the same time It is possible to record the results of the work and save them. Controlled Environment, a variety of technologies, and a variety of technologies that can be used to control the environment. Overlay Cloudアーキテクチャおよび仮思クラウドgeneratedを Danうすでに开発済みのミドルウェア Virtual Cloud Providerを用いた. For the 2020 fiscal year and the 2022 fiscal year fiscal year, the following applicable divisions are applicable to the Micro-ability certification. 【ゲノムanalytical division】をゲノムanalytical analysis of the circulation of the environmentゲノムanalytic division of the user of the Galaxyコミュニティメンバの Cooperationをgetsて実时する. Specific にはNow クラウド内のマシンイメージとしてcirculationしているGalaxy実験 environment のデータビリティプラットフォームへ transfer possibility であることを実证する. [Mathematics] 実験 environmental circulation 実 Evidence を number processing ツ ー ル の user コ ミ ュ ニ テ ィ メ ン バ の Cooperation を got て 実 Shi す る.

项目成果

京都大学数理解析研究所 数学ソフトウェアとその効果的教育利用に関する研究

京都大学数学科学研究所 数学软件及其有效教育应用研究

• 发表时间: 2022
• 作者: 横山重俊,浜元信州,長久勝,谷沢智史;藤原 一毅;政谷好伸,竹房 あつ子,合田憲人;横山重俊,浜元信州,長久勝,政谷好伸,竹房 あつ子,合田憲人;横山 重俊,浜元 信州,長久 勝,政谷 好伸,合田 憲人;横山 重俊,浜元 信州,長久 勝,政谷 好伸,合田 憲人;横山 重俊,浜元信州,政谷好伸;横山 重俊,浜元信州,政谷好伸;横山 重俊,浜元信州,政谷好伸;横山重俊;南山泰之;河合将志;横山重俊;林正治;大波純一;藤原一毅;朝岡誠;古川雅子;込山悠介
• 通讯作者: 南山泰之;河合将志;横山重俊;林正治;大波純一;藤原一毅;朝岡誠;古川雅子;込山悠介

クラウドを利用したMoodleのログ解析環境の実装

利用云实现Moodle日志分析环境

• 发表时间: 2021
• 期刊: 情報処理学会研究報告
• 作者: 浜元信州;横山重俊;竹房あつ子;合田憲人
• 通讯作者: 合田憲人

オープンサイエンス推進のためのデータ分析プロセス共有

共享数据分析流程，促进开放科学

• 发表时间: 2020
• 期刊: 情報処理学会 RDM研究会
• 作者: 横山重俊,浜元信州,長久勝,藤原 一毅;政谷好伸,竹房 あつ子,合田憲人
• 通讯作者: 政谷好伸,竹房 あつ子,合田憲人

Jupyter Notebookを活用した実験数学環境の高度化

使用 Jupyter Notebook 增强实验数学环境

• 发表时间: 2021
• 期刊: 2021年度 数学教育学会 春季例会予稿集
• 作者: 浜元信州;横山重俊;竹房あつ子;合田憲人;横山 重俊,浜元信州,政谷好伸
• 通讯作者: 横山 重俊,浜元信州,政谷好伸

実験数学をJupyter Notebookでもっとやってみる

使用 Jupyter Notebook 尝试更多实验数学

• 发表时间: 2020
• 期刊: RIMS共同研究「数学ソフトウェアとその効果的教育利用に関する研究」
• 作者: 横山重俊,浜元信州,長久勝,谷沢智史;藤原 一毅;政谷好伸,竹房 あつ子,合田憲人
• 通讯作者: 政谷好伸,竹房 あつ子,合田憲人