ユビキトーム解析による歯周疾患のバイオマーカー開発

使用泛素组分析开发牙周病生物标志物

• 批准号: 18K09593
• 负责人: 土田 祥央
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Nihon University (2020-2022)Chiba University (2018-2019)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18K09593/
• 关键词: 歯周疾患; ユビキトーム解析; プロテオミクス; ユビキチン化; 質量分析計; GCF; HGFs; 歯学; 歯周病学

近年の技術革新により、タンパク質のユビキチン化を網羅的に探索することも可能になりつつあるが、歯周疾患の解明に応用するための方法論は確立されていない。本研究はユビキトーム解析を発展させ、様々な疾患に起こりうる代表的な翻訳後修飾であるユビキチン化に焦点をあてて、歯周疾患におけるユビキチン化を網羅的探索により捉え、歯周疾患の早期診断および再発予測治療効果判定等に応用することを目的としている。本研究は歯肉溝浸出液(GCF)ならびにヒト歯肉線維芽細胞（HGFs）中のユビキチン化タンパク質・ペプチドを探索し、同定後、ポリユビキチン鎖の種類も同定する。見出されたマーカー候補について、質量分析計により直接定量可能なアッセイ系を確立する。また、歯周疾患で高発現しているユビキチン化タンパク質についてもユビキチン化部位を含むペプチドを合成してペプチドアレイを作製する計画である。高効率で再現性が良い有機溶媒沈殿法を用いてGCFとHGFsからペプチドの抽出を試み、抗ユビキチン抗体をカップリングしたカラムにGCFタンパク抽出液ならびにHGFs細胞抽出液を添加し、抗ユビキチン抗体を用いた免疫沈降を行って、ユビキチン化タンパク質を濃縮した。精製したユビキチン化タンパク質をトリプシン消化後、質量分析装置を用いたショットガン解析を行った。各結合型に特有なシグネチャーペプチドの検出とMS/MS解析による結合型の特定とショットガン解析で特定の標的タンパク質に結合したポリユビキチン鎖の種類の同定を行った。HGFsを用いて結合タンパク質を用いた免疫沈降し、SILAC法(Stable isotope labeling by amino acids in cell culture)にて同定と同時に定量後、疾患で上昇傾向が示唆されたユビキチン化ペプチドを合成してアレイ作製を検討中である。

In recent years, the methodology of technological innovation, quality control and network exploration has been established. This study aims to explore the development of clinical analysis, early diagnosis of periodontal diseases, and evaluation of prognosis of periodontal diseases, and to explore the application of clinical analysis, early diagnosis of periodontal diseases, and evaluation of prognosis. In this study, we explored the quality and selection of the protein in dental pulp extract (GCF) and dental pulp cells (HGFs). After identification, we identified the types of protein in dental pulp extract. See the list of candidates, quality analysis, direct quantification, and establishment of the system. A plan to control the high incidence of chronic diseases, including the selection of sites, is proposed. High efficiency, reproducibility, excellent organic solvent precipitation method, GCF and HGFs extraction test, anti-vidin antibody, GCF extract, HGFs cell extract, anti-vidin antibody, immunoprecipitation test, vidin extract concentration After digestion, the quality analysis device can be used for analysis. The identification of the unique type of binding and MS/MS analysis, the identification of the specific type of binding and MS/MS analysis, the identification of the specific type of binding and MS/MS analysis, the identification of the specific type of binding and MS analysis, and the identification of the specific type of binding and MS analysis. HGFs were identified and quantified simultaneously by SILAC (Stable isotope labeling by amino acids in cell culture), and the tendency of disease to increase was indicated by the synthesis of HGFs.

项目成果

Periodontal Tissue Regeneration Therapy Using Stem Cells

• DOI: 10.1007/s12015-022-10494-x
• 发表时间: 2022-12
• 期刊: Stem Cell Reviews and Reports
• 影响因子: 4.8
• 作者: Sachio Tsuchida;T. Nakayama

【究める!臨床検査 遺伝子解析技術の革新がもたらす臨床検査とは】病原体核酸検査 臨床微生物検査における質量分析技術 質量分析技術による細菌同定を中心に

【探索临床检测——基因分析技术创新给临床检测带来什么】​​病原核酸检测——临床微生物检测中的质谱技术——聚焦质谱技术的细菌鉴定

• 发表时间: 2020
• 期刊: 臨床病理レビュー
• 作者: 土田 祥央;村田 正太;野村 文夫
• 通讯作者: 野村 文夫

An in-house centrifugation and membrane filtration technique for identifying microorganisms from positive blood culture bottles with high identification rates using matrix-assisted laser desorption ionization?Time-of-flight mass spectrometry: A preliminar

一种内部离心和膜过滤技术，用于使用基质辅助激光解吸电离以高识别率识别阳性血培养瓶中的微生物？飞行时间质谱：初步研究

• DOI: 10.1016/j.jiac.2019.09.017
• 发表时间: 2020
• 期刊: Journal of Infection and Chemotherapy
• 影响因子: 2.2
• 作者: Tsuchida Sachio;Murata Syota;Miyabe Akiko;Satoh Mamoru;Takiwaki Masaki;Matsushita Kazuyuki;Nomura Fumio
• 通讯作者: Nomura Fumio

Proteomic analysis of human immunodeficiency virus and periodontitis

人类免疫缺陷病毒与牙周炎的蛋白质组学分析

• DOI: 10.1080/14789450.2020.1879648
• 发表时间: 2020
• 期刊: Expert Review of Proteomics
• 影响因子: 3.4
• 作者: Tsuchida Sachio;Nakayama Tomohiro
• 通讯作者: Nakayama Tomohiro

歯周病とプロテオミクス

牙周病和蛋白质组学

• 发表时间: 2020
• 期刊: 炎症と免疫
• 作者: Sands R. Warren;Verbeke Catia S.;Ouhara Kazuhisa;Silva Eduardo A.;Hsiong Susan;Kawai Toshihisa;Mooney David;土田祥央
• 通讯作者: 土田祥央