マルチオミクスを用いた新規歯周疾患マーカーの開発

利用多组学开发新的牙周病标志物

• 批准号: 21K09878
• 负责人: 土田 祥央
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Nihon University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K09878/
• 关键词: 歯周疾患; マルチオミクス; プロテオミクス; トランスクリプトーム; メタボロミクス; メタボローム

研究代表者は、発現プロテオーム解析を駆使して歯周疾患のバイオマーカー探索を続けてきた。しかし、大部分のタンパク質が何らかの翻訳後修飾を受けて初めてその本来の機能を獲得することを考慮すると、従来の発現プロテオミクスに頼る手法では限界がある。最近、エピトランスクリプトーム、リン酸化プロテオーム、メタボロームなど、オミクス階層の修飾情報を網羅的に計測することが可能になってきている。また、いくつかの階層では1細胞レベルの解像度で網羅的な情報を取得することが可能になってきており、生命現象をより詳細に投射し全体像を理解することが可能になりつつある。本研究ではプロテオーム解析を発展させ、マルチオミクス解析を用い歯周疾患の解明に応用するための方法論を確立し、更には歯周疾患の早期診断および再発予測治療効果判定等に応用することを目的としている。本年度ではキャリアプロテインの影響を受けずに高効率で再現性が良い有機溶媒沈殿法を用いてヒト歯肉線維芽細胞(HGFs)からペプチドの抽出を試みた。次にHGFsのメタボローム解析を行った。検体を遠心分離後、上清を取り出し、減圧乾固させ、超純水で再溶解し、同様に液体クロマトグラフィー・三連四重極型質量分析計にて分析を行った。GCFと界面活性剤を混ぜて化学的に溶菌させ、抽出効率を上げるため、さらにガラスBeadsを添加してBeatingする物理的な破砕を行う。その後にフェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール抽出、イソプロパノール沈殿を経てDNAを精製する。抽出したDNAより16S rRNA遺伝子を特異的にPCR増幅して、次世代シーケンサーを用いて遺伝子配列を読む予定である。

The research representatives are プロテ, the occurrence is プロテ, ム, ム, the analysis is を駆, the <s:1>, て歯, the disease of zhou, バ, バ, カ, カ, and the exploration is を続けて, た, and た. し か し, most の タ ン パ ク qualitative が what ら か の modification after turn 訳 を by け て early め て そ の の function originally を get す る こ と を consider す る と, 従 の 発 now プ ロ テ オ ミ ク ス に 頼 る gimmick で は limit が あ る. Recently, エ ピ ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム, リ ン acidification プ ロ テ オ ー ム, メ タ ボ ロ ー ム な ど, オ ミ ク ス class の modified intelligence を snare に measuring す る こ と が may に な っ て き て い る. ま た, い く つ か の class で は 1 cell レ ベ ル の resolution で snare な intelligence を gain す る こ と が may に な っ て き て お り, life phenomenon を よ り detailed project に し all like を す る こ と が may に な り つ つ あ る. This study で は プ ロ テ オ ー ム parsing を 発 exhibition さ せ, マ ル チ オ ミ ク ス parsing を with い 歯 weeks disorders の interpret に 応 with す る た め し を の methodology established, more に は 歯 の weeks disease early diagnosis お よ び 発 again to measure treatment decision of fruit of unseen に 応 with す る こ と を purpose と し て い る. This year で は キ ャ リ ア プ ロ テ イ ン の を by け ず に high working rate で reproducibility が good organic solvent を Shen Dian method using い い て ヒ ト 歯 meat line d bud cells (HGFs) か ら ペ プ チ ド の spare を try み た. Then にHGFs メタボロ メタボロ ム ム parses the を line った. 検 body を telecentric after separation, the qing を り し, reduce 圧 dry solid さ せ, ultrapure water で redissolve し, with others in に liquid ク ロ マ ト グ ラ フ ィ ー type quality analysis at the three even quadruple meter に を line っ て analysis た. GCF と interface active tonic を mixed ぜ て chemical に lysis さ せ, drew on the working rate を げ る た め, さ ら に ガ ラ ス Beads を add し て Beating す る physical な broken 砕 う を line. After そ の に フ ェ ノ ー ル / ク ロ ロ ホ ル ム / イ ソ ア ミ ル ア ル コ ー ル extraction, イ ソ プ ロ パ ノ ー ル Shen Dian を 経 て DNA を refined す る. Traces of DNA extraction し た よ り 16 s rRNA 伝 son を に PCR rights of specific し て, next generation シ ー ケ ン サ ー を with い て heritage 伝 with sequence を 読 む designated で あ る.

项目成果

Periodontal Tissue Regeneration Therapy Using Stem Cells

• DOI: 10.1007/s12015-022-10494-x
• 发表时间: 2022-12
• 期刊: Stem Cell Reviews and Reports
• 影响因子: 4.8
• 作者: Sachio Tsuchida;T. Nakayama

Evaluation of a novel sample preparation method for identifying Aspergillus fumigatus using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry: Combining Yatalase and silica beads treatment

• DOI: 10.1016/j.mimet.2023.106706
• 发表时间: 2023-03-22
• 期刊: JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS
• 影响因子: 2.2
• 作者: Tsuchida，Sachio;Yamashita，Koji;Umemura，Hiroshi
• 通讯作者: Umemura，Hiroshi

MALDI-Based Mass Spectrometry in Clinical Testing: Focus on Bacterial Identification

• DOI: 10.3390/app12062814
• 发表时间: 2022-03-01
• 期刊: APPLIED SCIENCES-BASEL
• 影响因子: 2.7
• 作者: Tsuchida, Sachio;Nakayama, Tomohiro
• 通讯作者: Nakayama, Tomohiro

Development of a sensitive liquid chromatography-tandem mass spectrometry method for quantification of human plasma arginine vasopressin

开发灵敏的液相色谱-串联质谱法定量人血浆精氨酸加压素

• DOI: 10.1016/j.jchromb.2021.122903
• 发表时间: 2021
• 期刊: Journal of Chromatography B
• 作者: Takiwaki Masaki;Nomura Fumio;Satoh Mamoru;Tsuchida Sachio;Otake Kazuo;Takagi Junko
• 通讯作者: Takagi Junko