エピジェネティックな機構と植物ゲノムの共進化:DNA脱メチル化酵素の進化解析
表观遗传机制与植物基因组的协同进化:DNA 去甲基酶的进化分析
基本信息
- 批准号:18K14758
- 负责人:
- 金额:$ 2.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
- 财政年份:2018
- 资助国家:日本
- 起止时间:2018-04-01 至 2020-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
真核生物のゲノム多様性がどのような要因により生じて、それが進化の過程において維持されているのかはいまだに未解明な点が多く残されている。ゲノム進化については、近年ではエピジェネティックな制御機構とトランスポゾン等の関連性が注目されている。植物はゲノム多様性がとりわけ高いため、ゲノム進化を研究するための良い研究対象である。本研究では、DNAを脱メチル化する酵素をコードする遺伝子に着目し、その分子進化パターンについて解析している。また、アブラナ科植物Brassica rapaの種子で発現している小分子ノンコーディングRNAの解析を行い、ゲノム進化とエピジェネティックな制御機構との関連性を解析する。今年度は、前年度に準備をしていた組織試料を用いて、発達段階の種子の胚と胚乳 (Brassica rapa) でのsmall RNA発現パターンを調べるためのNGS解析を行った。得られたデータの予備的な解析からは、今後の研究に十分なデータ量が得られたことを確認した。また、胚と胚乳組織から抽出したgDNAを用いて、NGSによるメチロームデータを取得した。メチロームデータについては、研究の完成のためには今後さらなるデータの取得を行う必要があるかもしれない。今年度は、これらのデータのバイオインフォマティクス 解析を進めた。また、植物での遺伝子発現データを用いた分子進化解析の結果を論文にまとめて今年度に国際誌に投稿した。現在査読者からの指摘に沿って、論文原稿の改訂を行っている。
Eukaryotic organisms need to be diverse in order to be able to produce and evolve, to maintain and to understand the diversity of organisms. In recent years, the relationship between the evolution of the system and the control mechanism has become more and more important. The diversity of plants is high and the evolution of plants is good In this study, we analyzed the molecular evolution of DNA from enzyme to gene. Analysis of RNA in the seed of Brassica rapa, a plant of the family Brassica rapa, and analysis of the relationship between RNA evolution and regulatory mechanisms This year, the preparation of tissue samples, the development of stage of embryo and endosperm (Brassica rapa), the development of small RNA, and the analysis of NGS. The analysis of the preparation of the report was carried out in the future The embryo and endosperm tissue were extracted from the embryo and obtained from the embryo and endosperm tissue. In the future, it is necessary to complete the research and obtain it. This year, the number of visitors to the city has increased. The results of molecular evolution analysis of plant genetic discovery were submitted to this year's International Journal Now, the examiner's comments and revisions to the manuscript are carried out.
项目成果
期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
エピジェネティクスとゲノム・遺伝子進化の接点 ー植物を用いた研究からー
表观遗传学和基因组/基因进化之间的界面 - 来自植物研究 -
- DOI:
- 发表时间:2019
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Yoshida Takanori;Kawanabe Takahiro;Bo Yina;Fujimoto Ryo;Kawabe Akira;Arthur Millius;吉田貴徳
- 通讯作者:吉田貴徳
Genome defense against integrated organellar DNA fragments from plastids into plant nuclear genomes through DNA methylation
- DOI:10.1038/s41598-019-38607-6
- 发表时间:2019-02
- 期刊:
- 影响因子:4.6
- 作者:Takanori Yoshida;Hazuka Y. Furihata;T. To;T. Kakutani;A. Kawabe
- 通讯作者:Takanori Yoshida;Hazuka Y. Furihata;T. To;T. Kakutani;A. Kawabe
Genome-Wide Analysis of Parent-of-Origin Allelic Expression in Endosperms of Brassicaceae Species, Brassica rapa
- DOI:10.1093/pcp/pcy178
- 发表时间:2018-08
- 期刊:
- 影响因子:4.9
- 作者:Takanori Yoshida;Takahiro Kawanabe;Yi Bo;R. Fujimoto;A. Kawabe
- 通讯作者:Takanori Yoshida;Takahiro Kawanabe;Yi Bo;R. Fujimoto;A. Kawabe
DNA Methylation Diversification at the Integrated Organellar DNA-Like Sequence
整合细胞器 DNA 样序列的 DNA 甲基化多样化
- DOI:10.3390/genes9120602
- 发表时间:2018
- 期刊:
- 影响因子:3.5
- 作者:Yoshida Takanori;Tarutani Yoshiaki;Kakutani Tetsuji;Kawabe Akira
- 通讯作者:Kawabe Akira
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