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ＲＮＡｉ非依存的ＤＮＡメチル化とゲノム防御機構：核内オルガネラ様配列を用いた解析

独立于 RNAi 的 DNA 甲基化和基因组防御机制：使用核细胞器样序列进行分析

基本信息

批准号：
15J08708
负责人：
吉田貴徳
金额：
$ 2.83万
依托单位：
Kyoto Sangyo University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-04-24 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J08708/
关键词：
エピジェネティクス DNAメチル化植物ゲノム進化 NUPT NUMT ゲノム防御

项目摘要

外来配列から核ゲノムを防御するエピジェネティックな機構としては、RNA依存的DNAメチル化（RdDM）が知られている一方、RNAi非依存的にDNAメチル化を引き起こす経路の存在も示唆されている。本研究は、植物の核ゲノム内に存在するオルガネラゲノム由来の塩基配列（核内オルガネラ様配列）がDNAメチル化される現象に着目し、RNAi非依存的にDNAをメチル化する機構の詳細を解明することを目的とした。また、このような外来DNAのメチル化によるゲノム防御機構とゲノム進化との関連性の解明を目指して研究を行った。平成２９年度は、データについて解析と統計検定を行い、研究結果を国際誌へ投稿する準備を進めた。シロイヌナズナ、イネの両種において、特にNon-CGメチル化のメチル化レベルがオルガネラゲノムとの遺伝距離の増加に従って低下する傾向があった。遺伝距離により分けられたグループの間には、両種ともに有意な差がみられた。また、核内オルガネラ様配列は、核内に移行して最初の時期には周辺領域のDNAメチル化に関係なくDNAメチル化されるが、移行時期が古い配列は周辺領域により近いレベルのDNAメチル化状態になることが示された。解析結果は、移行時期が新しい配列と古い配列との間に、ゲノムに対する有害な効果の度合いに違いがあることを示唆している可能性がある。今年度に学術誌に発表したミトコンドリアゲノム由来の核内オルガネラ様配列の解析結果でも同様の傾向が示唆されている。これまでに行なったシロイヌナズナ自然系統間の交配実験により、DNAメチル化状態が交配後に変化し、それが次世代にさらに多様化する傾向を見出していたが、この現象について新しい解析を行うために、オーストラリア連邦科学産業研究機構のヘテローシス研究グループに短期滞在し、開花調節因子である遺伝子に挿入されたトランスポゾンを対象とした解析を行った。

Exotic DNA sequences are required to be detected by RNA dependent DNA sequencing (RdDM), and RNAi independent DNA sequencing is required to be detected by RNA independent DNA sequencing. The purpose of this study is to clarify the mechanism of RNAi-independent DNA mutation in plants by analyzing the gene sequence of DNA mutation in the nucleus. The research on the mechanism of defense, evolution and correlation of foreign DNA was conducted. Heisei 29 years, analysis, statistical determination, research results, preparation for international journal submission There is a tendency to decrease the distance between the two groups, especially the non-CG group. The distance between the two sides of the fence is small, and the distance between the two sides of the fence is small. The first phase of the nuclear migration is the DNA transformation in the peripheral domain. The second phase of the nuclear migration is the DNA transformation in the peripheral domain. The analysis results show that the transition period is new, the old is new, the time is new This year's academic journal reported that the analysis results of the nuclear distribution of the origin of the drug were similar to those of the drug distribution. This phenomenon is characterized by a tendency to change from post-mating to post-mating, and from post-mating to post-generational diversity, and from post-mating to post-mating diversity, and from post-mating to post-mating diversity, and from post-mating to post-generational diversity to post-mating, and from post-mating to post-mating to post-generational diversity to post-mating, and from post-mating to post-generational diversity to post-mating diversity, and from post-mating to post-generational diversity to post-mating diversity to post-mating, and from post-mating to post-mating, and from post-mating to post-mating diversity to post-mating diversity to post-mating, and from post-mating to post-mating. Flowering regulatory factors are introduced into the plant and analyzed.