淡水魚類における新規環境への人為的な導入に伴う急速なゲノム進化

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本研究では，新規環境に人為的に導入された淡水魚類集団に着目し，①急速なゲノム進化の有無とその実態の解明，急速なゲノム進化が起こっていた場合，②ゲノム進化をもたらしたメカニズムの推定，③ゲノム進化と強く相関する環境の相違の推定を行う。次の2つの系を用いて，目的の達成を試みる。1) 域外保全が行われている希少淡水魚類（イタセンパラ，ネコギギ）を用いた急速なゲノム進化の実証研究。2) 国内外来種となっている琵琶湖固有の淡水魚類（ハス，スゴモロコ）を用いた急速なゲノム進化の実証研究。第1年度は主に1) の系について進展があった。イタセンパラとネコギギの両方について，急速なゲノム進化を調べるための基盤となる染色体レベルの参照ゲノム配列の決定を行った。また，両種の域外保全集団について，過去20年程度にわたる遺伝試料を収集した。ネコギギについては，現生集団のほぼ全てをカバーするように取得したDNAサンプルを用いて，域外保全集団の創始個体を含む71個体の全ゲノムリシーケンスを行い，5-20×程度のカバレッジのリシーケンスデータを取得した。取得したデータを用いて集団構造解析と歴史集団動態解析を行い，域外保全集団の元となった野外集団の位置づけを明らかにした。また，これらを通じて，ゲノム決定用の長鎖DNAを抽出する手法やゲノムアセンブル手法，多数個体の全ゲノムリシーケンスライブラリを調製する手法に習熟した。