海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明

阐明与海洋原生生物共存的细菌多样性的实际状态

• 批准号: 18KK0203
• 负责人: 稲垣 祐司
• 金额: $ 11.4万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-10-09 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18KK0203/
• 关键词: 原生生物‐細菌共生系; 細胞内共生; 生物多様性; 海洋生態系; 生態地理; 原生生物－細菌共生系

2022年度はフランス Villefranche-sur-Merでの調査を予定していたが、COVID-19パンデミックにより海外渡航が困難だったため実施することはできなかった。ただし中山（分担）は2022年11月と2023年3月に沖縄にてサンプリング調査を行い、、シアノバクテリアを共生させる渦鞭毛藻を中心に採集を行った。石谷（分担）と稲垣（代表）は日本産有孔虫Ammonia beccariゲノムシーケンスデータ中に同定された複数種類の共生細菌ゲノムデータのアノテーション作業とそれに続く遺伝子レパートリーの同定を行った。石谷は自身が確立した有孔虫Allogromia laticollarisおよびGloborotalia inflataの実験室内培養株から取得したゲノムデータ中に細菌ゲノム断片が検出されたが、有孔虫細胞と共生している細菌なのか、有孔虫細胞と共生していないが培養液中に存在する細菌なのかは、今のところ結論が出ない。中山は、渦鞭毛藻Histioneis depressaに共生するシアノバクテリア（以下HdCynA）から増幅したゲノムを解析した。HdCynAのゲノムサイズは5.38 Mbpと推定され、6,064のタンパク質がコードされていることが予想された。系統解析によって、HdCynAはCrocosphaera属に近縁であることが明らかとなった。昨年度渦鞭毛藻Citharistes regiusから単離した共生シアノバクテリアから増幅したゲノムDNA配列のアノテーションを行った。矢吹（分担）はディプロネマ類の新種の単離培養と共生細菌の有無の検証を続け、多数の培養株を確立した。また稲垣と共同で行ったアンキロモナス類共生細菌のゲノムを1つの環状分子に再構成することに成功した。複数遺伝子に基づく系統解析により、この共生細菌はダダバクテリアであると推測された。

In 2022, the investigation of Villefranche-sur-Mer was scheduled to be carried out in the middle of the year, COVID-19 was carried out in the middle of the year, and overseas navigation was difficult to carry out. From November 2022 to March 2023, the survey of the development of the ecological environment was carried out, and the collection of the ecological environment was carried out. Ishigaya (share) and Inigaki (representative) are the same species of symbiotic bacteria in the Japanese foraminifera, Ammonia beccari, and the same species of symbiotic bacteria in the Japanese foraminifera. Ishiya himself established that the foraminifera Allogromia laticollaris and Globorotalia inflata were isolated from indoor culture strains, and that the foraminifera cells were symbiotic with the bacteria. Histodines depressa (HdCynA) HdCynA's core is 5.38 Mbp, 6,064 Mbp and 6,064 Mbp. System analysis Citristis regius has been growing rapidly since 1980, and its DNA sequence has been increasing. The identification of new species of symbiotic bacteria and the establishment of most of the cultured strains were investigated. The symbiotic bacteria have been successfully reorganized into cyclic molecules. The symbiotic bacteria in this study were identified by DNA sequencing.

项目成果

有孔虫の大規模分岐年代推定．

估计有孔虫大规模分化的日期。

• 发表时间: 2020
• 作者: 石谷佳之;矢﨑裕規;氏家由利香;稲垣祐司
• 通讯作者: 稲垣祐司

A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study.

阻碍系统发育准确推断的因素：以古质体的单系性为例.

• 发表时间: 2022
• 作者: Yanagisawa Kiminori;Toratani Masayasu;Asai Ayumu;Konno Masamitsu;Niioka Hirohiko;Mizushima Tsunekazu;Satoh Taroh;Miyake Jun;Ogawa Kazuhiko;Vecchione Andrea;Doki Yuichiro;Eguchi Hidetoshi;Ishii Hideshi;Yuji Inagaki
• 通讯作者: Yuji Inagaki

新奇真核微生物の探索と細胞内共生に伴う宿主ゲノムの進化：真核生物初期進化の理解に向けて．

寻找新型真核微生物以及与内共生相关的宿主基因组的进化：了解真核生物的早期进化。

• 发表时间: 2019
• 作者: Akisaka Toshitaka;Yoshida Atsushi;稲垣祐司
• 通讯作者: 稲垣祐司

Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis

具有残余内共生核的甲藻作为阐明细胞器发生的模型

• DOI: 10.1073/pnas.1911884117
• 发表时间: 2020
• 期刊: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
• 影响因子: 11.1
• 作者: Chihiro Sarai;Goro Tanifuji;Takuro Nakayama;Ryoma Kamikawa;Kazuo Takahashi;Euki Yazaki;Eriko Matsuo;Ken-ichiro Ishida;Mitsuhisa Iwataki;Yuji Inagaki
• 通讯作者: Yuji Inagaki

ユーグレノゾアにおけるミトコンドリア局在DNAポリメラーゼの進化．

眼虫中线粒体定位 DNA 聚合酶的进化。

• 发表时间: 2019
• 作者: 原田亮;平川泰久;矢吹彬憲;柏山祐一郎;丸山萌;大沼亮;Vlademir Hampl;谷藤吾朗;稲垣祐司
• 通讯作者: 稲垣祐司