Vergleichende Phylogenie zwischen Arten bis hin zum "tree of Life" basierend auf einer ITS- (internal transcribed spacer) Sequenz-Strukturdatenbank und neuen Algorithmen

核糖体DNA韦尔登的ITS-（internal transcribed spacer）区域在染色体遗传学分析中一直很重要。该序列可以用于一个遗传标记的检测。于约66%的人在最近几年对Gattungs- und Art-Ebene的遗传学研究中使用了ITS-区域标记; 1218篇PubMed中的出版物使用了ITS 2标记。系统发生学研究的质量更直接地反映了多重序列的质量。在科尔曼得知ITS Sekundärstrukturalignierungen zur Berechnung Genetischer Bänchen oberhalb der Gattungs- und Art-Ebene之后，他就建立了”生命之树“。Im Rahmen des beantragten Projektes soll eine Sequenz-Strukturdatenbank für alle ITS Sequenzen aufgebaut韦尔登（derzeit referentieren ca. 120.000 ITS 2 Einträge在Genbank中）。本研究将进一步探索新的统计学模型，并在其基础上对RNA测序的误差进行分析。系统发生学的基本方法是基于新的系统发生学数据的标准方法，但也存在新的问题，四分之一的系统发生学问题，因此Fokus将在单系分类群中进行系统发生学研究，以获得具有代表性的序列。这是一个韦尔登，一个新的序列。这些功能将像所有生成的数据和扩展的数据一样，由一个互联网服务提供商提供。

Die ITS- (internal transcribed spacer) Regionen der ribosomalen DNA werden im Rahmen von phylogenetischen Analysen immer häufiger verwendet. Dieser Sequenzabschnitt entwickelt sich zu einem der prominentesten phylogenetischen Marker. In ca. 66% der in den letzten fünf Jahren veröffentlichten phylogenetischen Untersuchungen auf Gattungs- und Art-Ebene wurden ITS-Regionen als Marker verwendet; 1218 Publikationen sind in PubMed gelistet, die ITS2 als Marker verwenden. Die Qualität der berechneten Phylogenie spiegelt dabei direkt die Qualität der multiplen Sequenzalignierung wider. Nach Coleman könnten sich ITS Sekundärstrukturalignierungen zur Berechnung phylogenetischer Bäume auch oberhalb der Gattungs- und Art-Ebene, sogar bis hin zum „Tree of Life" eignen. Im Rahmen des beantragten Projektes soll eine Sequenz-Strukturdatenbank für alle ITS Sequenzen aufgebaut werden (derzeit existieren ca. 120.000 ITS2 Einträge in Genbank). Dabei wird besonderer Wert auf die Entwicklung neuer statistischer Modelle und Algorithmen zur Faltung von RNA Sequenzen in ihre Sekundär- bzw. Konsensusstrukturen und der darauf basierenden qualitativ hochwertigen multiplen Sequenzalignierungen gelegt.Basierend auf diesen neu generierten Datensätzen wird Phylogenie mittels Standardmethoden aber auch neu entwickelter, problemadäquater Algorithmen berechnet, besonderer Fokus wird auf monophyletische Taxa gelegt, für die Sekundärstrukturalignments von repräsentativen Sequenzen erstellt werden. Diese können genutzt werden, um schnell neue Sequenzen einzubinden. Diese Funktionalität wird, wie auch alle generierten Daten und entwickelten Algorithmen, der wissenschaftlichen Gemeinschaft über eine Internet Service zugänglich gemacht.