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Vergleichende Phylogenie zwischen Arten bis hin zum "tree of Life" basierend auf einer ITS- (internal transcribed spacer) Sequenz-Strukturdatenbank und neuen Algorithmen

基于 ITS（内部转录间隔区）序列结构数据库和新算法的物种之间的比较系统发育直至“生命之树”

基本信息

批准号：
37802341
负责人：
Dr. Tobias Müller
金额：
--
依托单位：
Department of Informatics
依托单位国家：
德国
项目类别：
Research Grants
财政年份：
2007
资助国家：
德国
起止时间：
2006-12-31 至 2010-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/37802341?language=en
关键词：
Vergleichende Phylogenie zwischen Arten bis

项目摘要

Die ITS- (internal transcribed spacer) Regionen der ribosomalen DNA werden im Rahmen von phylogenetischen Analysen immer häufiger verwendet. Dieser Sequenzabschnitt entwickelt sich zu einem der prominentesten phylogenetischen Marker. In ca. 66% der in den letzten fünf Jahren veröffentlichten phylogenetischen Untersuchungen auf Gattungs- und Art-Ebene wurden ITS-Regionen als Marker verwendet; 1218 Publikationen sind in PubMed gelistet, die ITS2 als Marker verwenden. Die Qualität der berechneten Phylogenie spiegelt dabei direkt die Qualität der multiplen Sequenzalignierung wider. Nach Coleman könnten sich ITS Sekundärstrukturalignierungen zur Berechnung phylogenetischer Bäume auch oberhalb der Gattungs- und Art-Ebene, sogar bis hin zum „Tree of Life" eignen. Im Rahmen des beantragten Projektes soll eine Sequenz-Strukturdatenbank für alle ITS Sequenzen aufgebaut werden (derzeit existieren ca. 120.000 ITS2 Einträge in Genbank). Dabei wird besonderer Wert auf die Entwicklung neuer statistischer Modelle und Algorithmen zur Faltung von RNA Sequenzen in ihre Sekundär- bzw. Konsensusstrukturen und der darauf basierenden qualitativ hochwertigen multiplen Sequenzalignierungen gelegt.Basierend auf diesen neu generierten Datensätzen wird Phylogenie mittels Standardmethoden aber auch neu entwickelter, problemadäquater Algorithmen berechnet, besonderer Fokus wird auf monophyletische Taxa gelegt, für die Sekundärstrukturalignments von repräsentativen Sequenzen erstellt werden. Diese können genutzt werden, um schnell neue Sequenzen einzubinden. Diese Funktionalität wird, wie auch alle generierten Daten und entwickelten Algorithmen, der wissenschaftlichen Gemeinschaft über eine Internet Service zugänglich gemacht.

核糖体DNA的ITS-(内部转录间隔区)区域在Rahman von系统发育分析系统发育分析中被发现。Dieser Sequenzabschnitt entwickelt sich zu einem in prominentesten sten en paricaltischen Marker.在大约66%的时间里，让fünf Jahren veröffentlichten的系统发生学不到Gattungs-und Art-Ebene Wurden ITS-Regionen ALS Marker verwendet；1218个出版物在PubMed gelistet，die ITS2 ALS Marker verwenden。在更广的范围内，更大范围地扩大了系统发育的质量。Nach Coleman könnten将其Sekundärstrukturalignierungen zur Berechnung系统发生学Bäume auch oberhalb der Gattungs-and Art-Ebene，Sogar bis hin zum“生命之树”的特征。我是Rahman des Beantragten Projektes soll eine Sequenz-Strukturdatenbank für alit Sequenzen aufgebaut(derzeit Existieren约120.000 ITS2 Einträge in Genbank)。我们将建立一个新的统计模型和算法，并在此基础上给出一个新的统计模型和算法，以此为基础进行定性的分析，以此为基础对数据进行分类，并给出相应的算法。我不知道怎么回事，嗯，我不知道该怎么办。这是一个很好的功能，也是一种通用的数据传输和加密算法，也是一种互联网服务。