Vergleichende Phylogenie zwischen Arten bis hin zum "tree of Life" basierend auf einer ITS- (internal transcribed spacer) Sequenz-Strukturdatenbank und neuen Algorithmen

基于 ITS（内部转录间隔区）序列结构数据库和新算法的物种之间的比较系统发育直至“生命之树”

基本信息

批准号：
37802341
负责人：
Dr. Tobias Müller
金额：
--
依托单位：
Department of Informatics
依托单位国家：
德国
项目类别：
Research Grants
财政年份：
2007
资助国家：
德国
起止时间：
2006-12-31 至 2010-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/37802341?language=en
关键词：
Vergleichende Phylogenie zwischen Arten bis

项目摘要

Die ITS- (internal transcribed spacer) Regionen der ribosomalen DNA werden im Rahmen von phylogenetischen Analysen immer häufiger verwendet. Dieser Sequenzabschnitt entwickelt sich zu einem der prominentesten phylogenetischen Marker. In ca. 66% der in den letzten fünf Jahren veröffentlichten phylogenetischen Untersuchungen auf Gattungs- und Art-Ebene wurden ITS-Regionen als Marker verwendet; 1218 Publikationen sind in PubMed gelistet, die ITS2 als Marker verwenden. Die Qualität der berechneten Phylogenie spiegelt dabei direkt die Qualität der multiplen Sequenzalignierung wider. Nach Coleman könnten sich ITS Sekundärstrukturalignierungen zur Berechnung phylogenetischer Bäume auch oberhalb der Gattungs- und Art-Ebene, sogar bis hin zum „Tree of Life" eignen. Im Rahmen des beantragten Projektes soll eine Sequenz-Strukturdatenbank für alle ITS Sequenzen aufgebaut werden (derzeit existieren ca. 120.000 ITS2 Einträge in Genbank). Dabei wird besonderer Wert auf die Entwicklung neuer statistischer Modelle und Algorithmen zur Faltung von RNA Sequenzen in ihre Sekundär- bzw. Konsensusstrukturen und der darauf basierenden qualitativ hochwertigen multiplen Sequenzalignierungen gelegt.Basierend auf diesen neu generierten Datensätzen wird Phylogenie mittels Standardmethoden aber auch neu entwickelter, problemadäquater Algorithmen berechnet, besonderer Fokus wird auf monophyletische Taxa gelegt, für die Sekundärstrukturalignments von repräsentativen Sequenzen erstellt werden. Diese können genutzt werden, um schnell neue Sequenzen einzubinden. Diese Funktionalität wird, wie auch alle generierten Daten und entwickelten Algorithmen, der wissenschaftlichen Gemeinschaft über eine Internet Service zugänglich gemacht.

现在可以使用ITS-内部转录的区域DNA，可用于分析Rahmen分析和Marker Verwendet的分析。在大约有66％的时间，我们承诺提供多种系统发育，包括那些旨在达到最高水平的系统生殖器标记物Verwendet的系统发育。 1218 Publikationen Sind在PubMed Gelistet，Die ITS2 ALS Marker Verwenden。 DieQualitätderberechneten telelogenie spiegelt direkt direkt diepragitätder多型序列化sequenzalignierung。 Nach ColemanKönntenSichssekundärstrukturukturukenungenZur berechnung themogenenetischerbäumeBäumeBäumeauch oberhalb der gattungs- und art-ebene，sogar bis hin zum'zum'o'这是Rahmen的Projektes Soll Eine Sequenz-strukturdatenbankFür的开始，其Sequenzen Aufgebaut Werden（120.000 ITS2Einträge在GenBank中）。达贝（Dabei）的野生besonderer wert auf die entwicklung neuer statissistischer模型和算法Zur Faltung von rna rna sequenzen in ihreSekundärbzw.。 KonsensusStrukturen und der Darauf baseerenden qualitativ The standard methodology of Phylogeneine mittels is that it is absent from the perspective of a genius, and the standard methodology of Phylogeneine mittels, problems such as the monophyletics of the Taxa Gelegs, and the like, the Scientific Scientific Turkey are not limited to the Scientific Turkey. Diesefunktionalitätwird，Diese Generierten Daten，Diese Genereren算法和Diese Internet ServiceZugänglichGemacht。