Integration of cell sorting with metagenomic diagnosis system

细胞分选与宏基因组诊断系统的整合

• 批准号: 23659505
• 负责人: YASUNAGA Teruo
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23659505/
• 关键词: メタゲノム; 感染症診断; セルソーティング; バイオインフォマティクス

We have developed a metagenomic diagnosis system to diagnose infectious diseases by applying metagenomic analysis. This system has enabled us to directly detect pathogenic bacteria, influenza viruses and noroviruses from clinical samples. From those analyses, it has been found that contaminants such as host genome, bacteria, and/ or fungi in clinical samples reduce the efficiency and sensitivity of metagenomic detection. In order to improve the detection efficiency of the system, we developed a basic protocol of the metagenomic diagnosis system using cell-sorting technology.

我们开发了一个宏基因组诊断系统，通过应用宏基因组分析来诊断传染病。该系统使我们能够直接从临床样本中检测致病菌、流感病毒和诺如病毒。从这些分析中，已经发现临床样品中的污染物如宿主基因组、细菌和/或真菌降低宏基因组检测的效率和灵敏度。为了提高系统的检测效率，我们开发了基于细胞分选技术的宏基因组诊断系统的基本方案。

项目成果

感染症におけるメタゲノミック診断法の研究開発

传染病宏基因组诊断方法的研发

• 发表时间: 2011
• 作者: 中尾篤人;中村昇太
• 通讯作者: 中村昇太

Squirrel monkey has single IgG but not subclasses

松鼠猴只有单一 IgG，但没有亚类

• 发表时间: 2011
• 作者: Tougan T;Nakamura S;et al
• 通讯作者: et al

Databases for metagenomics of unexplored fields

未探索领域的宏基因组数据库

• 发表时间: 2011
• 作者: 八木下尚子;他1名;中尾篤人;Stone,J.H.,A.Khosroshahi,V.Deshpande,J.H.Umehara;Nakamura S
• 通讯作者: Nakamura S

Handbook of Molecular Microbial Ecology II - Metagenomics in Different Habitats

分子微生物生态学手册 II - 不同生境的宏基因组学

• 发表时间: 2011
• 作者: De Bruijn FJ

Metagenomic Analysis of Bacterial Infections

细菌感染的宏基因组分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Nakamura S