Functional analysis of natural genetic variation of non-model species using model species

利用模式物种对非模式物种的自然遗传变异进行功能分析

• 批准号: 23657015
• 负责人: IKEDA Hajime
• 金额: $ 2.41万
• 依托单位: National Museum of Nature and Science, Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-23657015/
• 关键词: 分子生態; フィトクロム; 野生変異

I have focused PHYE in Cardamine nipponica that have two alleles distinguished by several amino acid replacements in wild populations. At first, I succeed cloning PHYE into a vector to induce protein synthesis in E. coli. In particular, I made chimeric constructions that exchanged some amino acid replacements between alleles. In addition, I made construct of PHYE to apply transformation of Arabidopsis thaliana. Because PHYE is a large gene (ca. 3600 bp in protein coding region), I took much time for cloning and failed to obtain sufficient data about functional differences of alleles of PHYE. Nevertheless, my progress could contribute future work to unravel functional differences of alleles found in wild populations.

我对日本小豆蔻进行了PHYE研究，这些小豆蔻具有两个等位基因，在野生种群中有几个氨基酸替换。首先，我成功地将PHYE克隆成载体，在大肠杆菌中诱导蛋白质合成。特别是，我制作了嵌合结构，在等位基因之间交换了一些氨基酸替换。此外，我还构建了PHYE结构，用于拟南芥的转化。由于PHYE是一个大基因（蛋白编码区约3600bp），我花了很多时间克隆，未能获得足够的PHYE等位基因功能差异数据。尽管如此，我的进展可能有助于未来解开野生种群中发现的等位基因的功能差异。

项目成果

Recent colonization of a coastal plant into inland habitats at an ancient freshwater lake, Lake Biwa : multilocus sequencing and a demographic history of Lathyrus japonicus (Fabaceae)

最近沿海植物向琵琶湖古代淡水湖内陆栖息地的定植：山黧豆（豆科）的多位点测序和人口统计史

• 发表时间: 2012
• 作者: Ohtsuki Tatsuo;Ikeda Hajime;Setoguchi Hiroaki
• 通讯作者: Setoguchi Hiroaki

A multilocus sequencing approach reveals the cryptic phylogeographic history of Phyllodoce nipponica Makino (Ericaceae).

多位点测序方法揭示了Phyllodoce nipponica Makino（杜鹃花科）的神秘系统发育地理学历史。

• 期刊: Biological Journal of Linnean Society
• 作者: Ikeda Hajime;Setoguchi Hiroaki
• 通讯作者: Setoguchi Hiroaki

周極-高山植物における種分化と光受容体の分子進化

环极地高山植物光感受器的形态和分子进化

• 发表时间: 2012
• 作者: 池田啓;岡義人;Gustafsson Lovisa;Christian Broctam;長谷あきら;瀬戸口浩彰
• 通讯作者: 瀬戸口浩彰

RhododendronのESTマーカーを用いたツツジ科イワヒゲ(Cassiope lycopodioides ) の系統地理

使用杜鹃花 EST 标记对 Cassiope lycopodioides 进行系统发育地理学

• 发表时间: 2011
• 作者: 池田啓，岡義人，Lovisa Gustafsson;Christian Brochmann,長谷あきら，瀬戸口浩彰;池田啓;池田啓，東広之，瀬戸口浩彰
• 通讯作者: 池田啓，東広之，瀬戸口浩彰

A multilocus sequencing approach reveals the cryptic phylogeographic history of Phyllodoce nipponica Makino (Ericaceae)

多位点测序方法揭示了Phyllodoce nipponica Makino（杜鹃花科）的神秘系统发育地理学历史

• 发表时间: 2013
• 期刊: Biological Journal of Linnean Society
• 作者: Ikeda H;Setoguchi H
• 通讯作者: Setoguchi H