Fabrication of the rational design strategy for enzyme mutants to enable faster catalytic cycles

制定酶突变体的合理设计策略以实现更快的催化循环

• 批准号: 21K14474
• 负责人: 森 裕太郎
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Kobe University (2022)Institute of Physical and Chemical Research (2021)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K14474/
• 关键词: タンパク質工学; 合理的設計; 酵素変異体; 酵素工学; インシリコシミュレーション

本研究では、持続可能な環境調和型社会の実現に向けて、目的化合物の生産量を向上させることを目的として、高活性な酵素変異体を合理的に開発するための設計戦略の確立を目指す。具体的には、フェニルアラニン脱アンモニア酵素(PAL)を鋳型酵素として活性測定を行い、分子動力学シミュレーションとの比較から酵素反応速度に関わる要素の抽出とそれに基づいた高活性な変異体設計のためのルール構築を行う。特に現在、酵素と基質の間の親和力を基準として酵素反応速度パラメーターKmを向上させるような研究例は多く行われているものの、反応速度Vmaxについて基準とできる計算値・指標が存在していない。そこで本研究ではVmaxを向上させうる酵素変異体の設計指針を確立させる。本年度は、昨年度構築した鋳型酵素PALの酵素変異体モデルを基に構築した、基質入り口から活性中心に至るまでの時間を算出するためのメソッドのブラッシュアップを行った。その結果、依然として計算に時間は要するものの、基質分子が取り込みから活性中心へ移動するのに必要な時間を算出することが可能となった。今回用いたこちらを基に、各種の変異体に置いても到達時間の算出を行い、これをin silicoデータとした。次にこれと並行して、PALの酵素活性中心を除いた部分に変異を導入した酵素変異体群を作成し、活性評価を行った。基質の取り込みで通過するトンネル状の部分に集中的に変異を導入し、特にドッキングシミュレーションをin silicoで行った際に、途中で基質が止まってしまうような安定な結合を形成するアミノ酸残基について、それらを解消するような変異導入も試みた。その結果、野生型と比較して0倍から最大で4.2倍程度の活性を持つPAL変異体のバリエーション獲得に成功した。今後、さらなる検討をすすめ、in vivoのデータとin silicoデータの統合作業を行う。

This study aims to establish a design strategy for sustainable development of environmentally compatible societies, for increasing the production of target compounds, and for developing highly active enzymes. Specific activities of PAL enzymes are determined by molecular dynamics, enzyme reaction speed, extraction of elements, and construction of high activity enzymes. In particular, the affinity between enzyme and substrate is a benchmark, and the enzyme reaction speed is a benchmark. In this case, the enzyme reaction speed is a benchmark. This study established guidelines for designing enzyme variants. This year, we constructed the enzyme matrix of PAL and calculated the time between the matrix entry and the activity center. As a result, the calculation of the time required for the matrix molecule to move to the active center is possible. This time around, we're going to have to calculate the arrival time. In addition, PAL enzyme activity center is introduced into the system. The matrix is selected from the group consisting of a group of parts, which are concentrated in different ways. In particular, the matrix is selected from the group consisting of a group of parts, which are concentrated in different ways. During the process, the matrix is selected from the group consisting of a group of parts, which are concentrated in different ways. In addition, the matrix is selected from the group consisting of a group of parts, which are concentrated in different ways. In addition, the matrix is selected from the group consisting of a group of parts, which are concentrated in different ways. As a result, the wild-type was 0 times more successful than the wild-type, and the activity was 4.2 times more successful than the wild-type. From now on, the integration of the two systems will be carried out in vivo and in silico.