新規迅速高感度遺伝子変異検出法による遺伝子変異微量含有検体の有用性の確立

使用新型快速、高灵敏度的基因突变检测方法确定含有微量基因突变的样品的有用性

• 批准号: 21K16121
• 负责人: 藤田 一喬
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Jichi Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K16121/
• 关键词: 迅速高感度PCR法; NGS法; 血漿cfDNA; 肺癌; PNA-LNA dual PCR（PLDP）; 迅速高感度Real-time PCR法; 細胞検体

我々が開発した迅速高感度のReal-time PCR法（PNA-LNA dual PCR：PLDP法）と、NGS法を比較した。NGS法は、version-upしたため、旧法と新法と比較した（NGS-A法→NGS-C法）。2016年12月～2019年3月までの、主に気管支鏡で回収した細胞検体を用い、drive遺伝子変異と獲得耐性T790Mの両者の検出のあった17検体で比較した。EGFR遺伝子変異［Ex19del/L858R/T790M］の検出数は、細胞検体を用いた群では、PLDP法［10/7/17］、NGS-C法［10/7/9］、NGS-A法［8/5/8］に対し、組織検体を用いたコンパニオン診断では[8/6/5]であり、PLDP法の検出率は優れていた。次に、抽出したDNA自体と、PLDP法の1st amplicon（PNAにより変異のない遺伝子の増幅が抑制され、変異のある遺伝子変異のみ増幅されたPCR産物）を精製したものを、NGS-C法で解析した結果、Ex19delの領域は1/10（15.6x10^3±9.6x10^3 reads→1.4x10^3±0.88x10^3 reads）に、L858Rの領域は1/1000（2.2x10^3±16.2x10^3 reads→ 3.1±2.3 reads）に、T790Mの領域は1/10000（21.82x10^3±14.3x10^3 reads → 2.0±1.3 reads）に、変異のない遺伝子の増幅は抑制されていた。変異のある遺伝子はほぼ同数の断片数であり、PNAによる変異のない遺伝子の増幅抑制が確認された。また、上記期間内で提出された血液検体の血漿より抽出されたcell-free DNA（cfDNA）と、同時に採取された細胞検体からのDNAを、PLDP法で検出した結果、肺癌の進行が進むにつれて検出率が上昇することが確認された。

We compare Real-time PCR method (PNA-LNA dual PCR:PLDP method) and NGS method with rapid and high sensitivity. NGS method, version-up method, old method and new method (NGS-A method and NGS-C method). During the period from December 2016 to March 2019, the patients who received tolerance of T790M from December 2016 to March 2019, and those who received the tolerance of T790M from December 2016 to March 2019, the patients who received the treatment from December 2016 to March 2019, and those who received tolerance of T790M from December 2016 to March 2019. The number of EGFR cells was measured by cluster assay, PLDP method [10-7-17], NGS-C method [10-7-9], NGS-A method [8-5-8]. Tissue samples were isolated by cell culture method [8-6-5], and the cell growth rate was determined by PLDP method. Second, extract DNA autosomal, PLDP 1st amplicon (PNA suppression, suppression, NGS-C analysis, Ex19del domain analysis, Ex19del domain 1.4x10 (15.6x ^ 3 ±9.6x10 ^ 3 reads 1.4x10 ^ 3 ±0.88x103 reads), L858R domain 11000 (2.2x10 ^ 3 ±16.2x10 ^ 3 reads 3.1 ±2.3 reads), L858R domain T790m domain 1Universe 10000 (21.82x10 ^ 3 ±14.3x10 ^ 3 reads "2.01.3 reads)", "suppression". The same number of fragments, and the number of fragments. During the last period of memory, it was suggested that the cell-free DNA (cfDNA) should be extracted from the body of the blood, and the cell body of the cell would be extracted at the same time. The results of the test would be obtained by the PLDP method, and the positive rate of lung cancer would be confirmed by the detection rate of lung cancer.