新規迅速高感度遺伝子変異検出法による遺伝子変異微量含有検体の有用性の確立

我々が開発した迅速高感度のReal-time PCR法（PNA-LNA dual PCR：PLDP法）と、NGS法を比較した。NGS法は、version-upしたため、旧法と新法と比較した（NGS-A法→NGS-C法）。2016年12月～2019年3月までの、主に気管支鏡で回収した細胞検体を用い、drive遺伝子変異と獲得耐性T790Mの両者の検出のあった17検体で比較した。EGFR遺伝子変異［Ex19del/L858R/T790M］の検出数は、細胞検体を用いた群では、PLDP法［10/7/17］、NGS-C法［10/7/9］、NGS-A法［8/5/8］に対し、組織検体を用いたコンパニオン診断では[8/6/5]であり、PLDP法の検出率は優れていた。次に、抽出したDNA自体と、PLDP法の1st amplicon（PNAにより変異のない遺伝子の増幅が抑制され、変異のある遺伝子変異のみ増幅されたPCR産物）を精製したものを、NGS-C法で解析した結果、Ex19delの領域は1/10（15.6x10^3±9.6x10^3 reads→1.4x10^3±0.88x10^3 reads）に、L858Rの領域は1/1000（2.2x10^3±16.2x10^3 reads→ 3.1±2.3 reads）に、T790Mの領域は1/10000（21.82x10^3±14.3x10^3 reads → 2.0±1.3 reads）に、変異のない遺伝子の増幅は抑制されていた。変異のある遺伝子はほぼ同数の断片数であり、PNAによる変異のない遺伝子の増幅抑制が確認された。また、上記期間内で提出された血液検体の血漿より抽出されたcell-free DNA（cfDNA）と、同時に採取された細胞検体からのDNAを、PLDP法で検出した結果、肺癌の進行が進むにつれて検出率が上昇することが確認された。

我々が開発した迅速高感度のReal-time PCR法（PNA-LNA dual PCR：PLDP法）と、NGS法を比較した。NGS法は、version-upしたため、旧法と新法と比較した（NGS-A法→NGS-C法）。2016年12月～2019年3月までの、主に気管支鏡で回収した細胞検体を用い、drive遺伝子変異と獲得耐性T790Mの両者の検出のあった17検体で比較した。EGFR遺伝子変異［Ex19del/L858R/T790M］の検出数は、細胞検体を用いた群では、PLDP法［10/7/17］、NGS-C法［10/7/9］、NGS-A法［8/5/8］に対し、組織検体を用いたコンパニオン診断では[8/6/5]であり、PLDP法の検出率は優れていた。次に、抽出したDNA自体と、PLDP法の1st amplicon（PNAにより変異のない遺伝子の増幅が抑制され、変異のある遺伝子変異のみ増幅されたPCR産物）を精製したものを、NGS-C法で解析した結果、Ex19delの領域は1/10（15.6x10^3±9.6x10^3 reads→1.4x10^3±0.88x10^3 reads）に、L858Rの領域は1/1000（2.2x10^3±16.2x10^3 reads→ 3.1±2.3 reads）に、T790Mの領域は1/10000（21.82x10^3±14.3x10^3 reads → 2.0±1.3 reads）に、変異のない遺伝子の増幅は抑制されていた。変異のある遺伝子はほぼ同数の断片数であり、PNAによる変異のない遺伝子の増幅抑制が確認された。また、上記期間内で提出された血液検体の血漿より抽出されたcell-free DNA（cfDNA）と、同時に採取された細胞検体からのDNAを、PLDP法で検出した結果、肺癌の進行が進むにつれて検出率が上昇することが確認された。