ニワトリの多様化と内在性レトロウイルスの関連性の解明

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本研究では商用鶏および日本在来鶏における内在性レトロウイルス(ERV)が遺伝子発現に及ぼす影響の解明を目的としている。本目的を達成するために商用鶏および日本在来鶏におけるゲノム上座位の同定をの課題の一つとして設定した。ERVの遺伝子構造として両端にLTR(Long terminal repeat)をもち、その間にgag, polおよびenv遺伝子を持っている。商用鶏および日本在来鶏と比較するための基礎情報として祖先種であるヤケイ属の全ゲノムデータを用いて参照ゲノムに存在しないERV由来のLTR座位の特定を行った。亜種を含むセキショクヤケイ、ハイイロヤケイ、セイロンヤケイおよびアオエリヤケイの4種合計で835のERV座位が確認できた。セキショクヤケイ、ハイイロヤケイ、セイロンヤケイおよびアオエリヤケイで検出されたERV由来のLTR遺伝子座の数はそれぞれ362、216、193、128座であることが判明した。またハイイロヤケイとセイロンヤケイの間で共通のERVが多く見られた。それぞれのゲノム座位におけるERVの有無に基づいて作成した系統樹は既報のヤケイの系統関係と一致し、同定されたERV-LTR遺伝子座から過去のヤケイ集団間の関係を推測できる可能性が示唆された。これらの成果について日本畜産学会第130回大会で発表し、さらにbioRxivにプレプリントとして投稿した。また商用鶏としてブロイラー、日本在来鶏として土佐地鶏および八木戸についても同様の解析を実施しており、現在結果の取りまとめを行なっている。