全ゲノムシーケンスを軸としたオミックス解析による多段階肝発癌メカニズムの解明

以全基因组测序为核心的组学分析阐明多步肝癌发生机制

• 批准号: 22K15964
• 负责人: 竹田 治彦
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15964/
• 关键词: 肝発癌; 全ゲノム解析; マルチオミックス解析; 前癌病変

肝癌は極めて予後不良な悪性腫瘍であり、ゲノム異常に基づく個別化医療の実践が喫緊の課題である。本研究では、前癌病変を中心に多段階発癌の各段階の組織を精細に採取し、全ゲノム解析にトランスクリプトーム・メチローム解析を加えたマルチオミックス分子系統樹解析を行うことで、発癌の極初期から多段階発癌の各過程に特徴的な遺伝子異常候補を抽出し、癌化・悪性化に関わるキードライバーを症例ごとに同定するとともに、ゲノム進化過程に基づいた分子標的治療の最適化につなげる基礎的知見を得ることを目的として研究を開始した。当院で肝癌に対して肝切除術を施行された症例の中で、切除範囲に前癌病変と考えられる小結節が含まれる症例を対象として、サンプリングを行った。画像上は造影早期相にて低吸収を示す、いわゆる乏血結節で、結節内より採取した組織からDNAを抽出し、Illumina社のNovaseq6000を使用して全ゲノムシークエンスを施行し、全塩基配列を決定し、リンパ球対照で体細胞変異を抽出した。一塩基置換に加え、増幅・欠失・転座・逆位などのゲノム構造異常を検出し、結節間で比較を行った。画像上類似した所見を呈する結節でも、様々な変異パターンを示しており、肝内に複数の結節を有する症例では、ゲノム異常の相違から肝内転移ないし多中心性発癌かの発癌パターンを推定することが可能であった。現在、解析対象症例を蓄積しており、国際がんゲノムコンソーシアムICGCの公開データベースから取得した様々なステージの肝癌ゲノム情報や当研究室で以前に解析した非癌部・結節内結節型肝癌のゲノム異常データと合わせて、多段階の癌ゲノム異常蓄積過程について検討を進めている。

The implementation of individualized medical treatment for adverse な悪 abscesses and ゲノム abnormal に bases caused by liver cancer is a pressing issue が. This study で は, before the cancer - を center more than に Duan Jie の paragraphs order の 発 carcinoma tissue を fine に take し, whole ゲ ノ ム parsing に ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム · メ チ ロ ー ム parsing を plus え た マ ル チ オ ミ ッ ク ス molecular phylogenetic tree line を う こ と で, 発 carcinoma の very early か ら more Duan Jie 発 carcinoma の な of each process に te 徴 伝 abnormal backup を drew し and cancer · 悪 sex, に masato わ る キ ー ド ラ イ バ ー を cases ご と に with fixed す る と と も に, ゲ ノ ム evolution に base づ い た molecular target therapy の optimization に つ な げ る foundation of knowledge を る こ と を purpose と し て research を start し た. DangYuan で liver に し seaborne て hepatectomy を imposed さ れ た cases の で, removal van 囲 に before cancer - と exam え ら れ る nodules が containing ま れ る cases を like と seaborne し て, サ ン プ リ ン グ を line っ た. は imaging in the early phase in this portrait に て low suck 収 を す, い わ ゆ る nodules で spent blood, nodules within よ り take し た organization か ら を DNA extraction し, Illumina の Novaseq6000 を use し て full ゲ ノ ム シ ー ク エ ン ス を し enforcement, total salt base with を decided し, リ ン パ ball as seaborne で somatic - different を spare し た. A salt base displacement に plus え, loss of rights, owe, planning block, inverse a な ど の ゲ ノ ム tectonic anomaly を 検 し, nodules で comparison between line を っ た. Portrait on similar し を た had seen a す る nodules で も, others 々 な - different パ タ ー ン を shown し て お り, intrahepatic に plural の nodules を す る cases で は, ゲ ノ ム abnormal の conceives か ら intrahepatic planning move な い し more centricity 発 carcinoma か の 発 carcinoma パ タ ー ン を presumption す る こ と が may で あ っ た. Now, parse cases like a seaborne を accumulation し て お り, international が ん ゲ ノ ム コ ン ソ ー シ ア ム led の public デ ー タ ベ ー ス か ら obtain し た others 々 な ス テ ー ジ の liver ゲ ノ ム intelligence や when laboratory で に before parsing し た non cancer within the department, nodules nodules type liver cancer の ゲ ノ ム abnormal デ ー タ と close わ せ て, multiple Duan Jie の carcinoma ゲ ノ ム に abnormal accumulation process Youdaoplaceholder6 て検 て検 for を go to めて る る る.

项目成果

肝内多発乏血結節を有する肝癌症例の 全ゲノムシーケンス解析

肝癌伴肝内多发缺血结节一例全基因组序列分析

• 发表时间: 2023
• 作者: 竹田治彦;上野真行;中野重治;三嶋眞沙子;井口恵里子;恵荘裕嗣;高井淳;波多野悦朗;妹尾浩
• 通讯作者: 妹尾浩