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全ゲノムシーケンスを軸としたオミックス解析による多段階肝発癌メカニズムの解明

以全基因组测序为核心的组学分析阐明多步肝癌发生机制

基本信息

批准号：
22K15964
负责人：
竹田治彦
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15964/
关键词：
肝発癌全ゲノム解析マルチオミックス解析前癌病変

项目摘要

肝癌は極めて予後不良な悪性腫瘍であり、ゲノム異常に基づく個別化医療の実践が喫緊の課題である。本研究では、前癌病変を中心に多段階発癌の各段階の組織を精細に採取し、全ゲノム解析にトランスクリプトーム・メチローム解析を加えたマルチオミックス分子系統樹解析を行うことで、発癌の極初期から多段階発癌の各過程に特徴的な遺伝子異常候補を抽出し、癌化・悪性化に関わるキードライバーを症例ごとに同定するとともに、ゲノム進化過程に基づいた分子標的治療の最適化につなげる基礎的知見を得ることを目的として研究を開始した。当院で肝癌に対して肝切除術を施行された症例の中で、切除範囲に前癌病変と考えられる小結節が含まれる症例を対象として、サンプリングを行った。画像上は造影早期相にて低吸収を示す、いわゆる乏血結節で、結節内より採取した組織からDNAを抽出し、Illumina社のNovaseq6000を使用して全ゲノムシークエンスを施行し、全塩基配列を決定し、リンパ球対照で体細胞変異を抽出した。一塩基置換に加え、増幅・欠失・転座・逆位などのゲノム構造異常を検出し、結節間で比較を行った。画像上類似した所見を呈する結節でも、様々な変異パターンを示しており、肝内に複数の結節を有する症例では、ゲノム異常の相違から肝内転移ないし多中心性発癌かの発癌パターンを推定することが可能であった。現在、解析対象症例を蓄積しており、国際がんゲノムコンソーシアムICGCの公開データベースから取得した様々なステージの肝癌ゲノム情報や当研究室で以前に解析した非癌部・結節内結節型肝癌のゲノム異常データと合わせて、多段階の癌ゲノム異常蓄積過程について検討を進めている。

Liver cancer is a serious problem, and adverse reactions such as post-treatment tumors and abnormal tumors are serious issues in the practice of individualized medicine. This study focuses on the detailed collection and analysis of tissues at each stage of multi-stage cancer at the Precancerous Disease Center.ム・メチロームANALYSISをaddえたマルチオミックスMolecular phylogenetic tree analysisを行うことで,発cancerのvery early stageからmulti-stage cancerのeach pass The candidate for the abnormality of the urinary tract abnormality extracted by Cheng Tetsuo, the cancer-related cancer case, The evolution process of ゲノム is based on the optimization of molecular target therapy and the basic knowledge and insights are obtained and the purpose of research is started. In the hospital, hepatectomy for liver cancer was performed in the center of the patient's case, and the area of the pre-cancer was removed. The symptoms of small nodules are small nodules, such as として and サンプリングを行った. The early phase of contrast-enhanced imaging on the image shows low absorption, the nodule is anemic, the tissue within the nodule is collected, and the DNA is extracted, and Illumina Corporation Novaseq6000 uses all-in-one sequencing, full-base alignment, and somatic cell differentiation extraction. A base replacement is a plus, an increase, a loss, a base, an inversion is a structural abnormality, and a comparison between the nodules is a row. On the picture, there are cases of symptoms similar to those seen in the picture: nodules appearing in the liver, nodules showing in the liver, and multiple nodules in the liver. It is presumed that the abnormality of intrahepatic metastasis and multicentric leiocarcinoma are possible. Now, analyze symptom cases: しており, 国际がんゲノムコンソーシアムIC GC's public information on liver cancer has been obtained The laboratory has previously analyzed the abnormality of non-cancerous parts and intranodular nodular liver cancer.と合わせて、Multi-stage cancer ゲノムabnormal accumulation process について検问を进めている.