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全ゲノムシーケンスを軸としたオミックス解析による多段階肝発癌メカニズムの解明

以全基因组测序为核心的组学分析阐明多步肝癌发生机制

基本信息

批准号：
22K15964
负责人：
竹田治彦
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15964/
关键词：
肝発癌全ゲノム解析マルチオミックス解析前癌病変

项目摘要

肝癌は極めて予後不良な悪性腫瘍であり、ゲノム異常に基づく個別化医療の実践が喫緊の課題である。本研究では、前癌病変を中心に多段階発癌の各段階の組織を精細に採取し、全ゲノム解析にトランスクリプトーム・メチローム解析を加えたマルチオミックス分子系統樹解析を行うことで、発癌の極初期から多段階発癌の各過程に特徴的な遺伝子異常候補を抽出し、癌化・悪性化に関わるキードライバーを症例ごとに同定するとともに、ゲノム進化過程に基づいた分子標的治療の最適化につなげる基礎的知見を得ることを目的として研究を開始した。当院で肝癌に対して肝切除術を施行された症例の中で、切除範囲に前癌病変と考えられる小結節が含まれる症例を対象として、サンプリングを行った。画像上は造影早期相にて低吸収を示す、いわゆる乏血結節で、結節内より採取した組織からDNAを抽出し、Illumina社のNovaseq6000を使用して全ゲノムシークエンスを施行し、全塩基配列を決定し、リンパ球対照で体細胞変異を抽出した。一塩基置換に加え、増幅・欠失・転座・逆位などのゲノム構造異常を検出し、結節間で比較を行った。画像上類似した所見を呈する結節でも、様々な変異パターンを示しており、肝内に複数の結節を有する症例では、ゲノム異常の相違から肝内転移ないし多中心性発癌かの発癌パターンを推定することが可能であった。現在、解析対象症例を蓄積しており、国際がんゲノムコンソーシアムICGCの公開データベースから取得した様々なステージの肝癌ゲノム情報や当研究室で以前に解析した非癌部・結節内結節型肝癌のゲノム異常データと合わせて、多段階の癌ゲノム異常蓄積過程について検討を進めている。

Liver cancer is a serious problem in the practice of individualized medicine. In this study, the center of multi-stage cancer development was analyzed by molecular phylogenetic tree analysis, and the abnormal candidate of multi-stage cancer development was extracted, cancerized and characterized. The evolution of molecular targets in the treatment of optimization of the basis of knowledge and purpose to start research When liver cancer is treated in the hospital, it is necessary to treat the disease in the middle of the resection period and the cancer before the resection period. The images show low absorption in the early phase of contrast, low blood density nodules, tissue samples from nodules, DNA extraction from Illumina Novaseq6000, complete DNA extraction, total DNA alignment determination, and somatic cell extraction from spherical contrast images. A basic substitution is added, amplitude is increased, position is decreased, structural anomaly is detected, and node is compared. Similar findings on the image indicate that there are multiple nodules in the liver, and that there are multiple abnormalities in the liver. Now, analyze the accumulation of symptoms, international research and development, and obtain the information of liver cancer in the open data of ICGC, and analyze the abnormal accumulation process of non-cancerous and nodular liver cancer in the past.