超細胞毒性物質アルトヒルチン類のコンホメーションの解析

高细胞毒性物质阿托芦丁的构象分析

• 批准号: 08772014
• 负责人: 青木 俊二
• 金额: $ 0.7万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08772014/
• 关键词: 海綿; Hyrtios altum; コンホメーション; 束縛条件つき分子動力学計算; RMSD; 絶対立体配置

沖縄県八重山諸島新城島のサンゴ礁域で採集した海綿Hyrtios altumから得られた、非常に強力な細胞毒性を示す新規マクロリドaltohyrtin類の溶液中コンホメーションを解析する目的で,5-desacetylaltohyrtin A(4)について、NOESYスペクトルを半定量的に解析し、得られるプロトン間距離情報を制限項とする束縛条件付き分子動力学計算(Restrained Molecular Dynamics calculation)を行った。まず、NOESYから得られた322個の距離の束縛条件と^1H-NMRスペクトルから得られた3個の二面角の束縛条件を実験項として入力し、24個の不斉炭素ついては、私達が先に提示した絶対立体構造のキラリティーをchiral restraintsとして入力して計算を実行した。得られた構造のうち、E_<total> の最小値は136.7kcal/mol、最小の構造から10番目の構造までのE_<total>の平均は139.43±1.70kcal/mol(mean±S.D.、以下同様)であった。また、これら10個の構造のC-1からC-43までの炭素原子鎖におけるpair wised RMSDの平均値は0.50±0.22Åであり、RMS distance violationは0.148Åであった。このように良好な計算結果が得られたことから、私達が先に提示したaltohyrtin類の絶対立体構造がNOESYのデータに矛盾しないことを検証するとともに、5-desacetylaltohyrtin Aの溶液中(d_6-DMSO)でのコンホメーションを決定することができた。また、私達と他の研究者の間で相違が見られた14、15、16位の立体配置をさらに確認する目的で、14、15、16位のchiral restraintsに、私達が先に提示した絶対立体構造のキラリティー以外の7つの組み合わせを入力して計算を実行した。その結果、E_<total>やRMSD値など今回比較したどの項目においても私達が提示した絶対立体構造のキラリティーより良い値を示す組み合わせがなかったことから、私達が提示した立体構造式の妥当性がさらに支持された。

New town rushed 縄 県 eight of mountains islands の サ ン ゴ reef domain で acquisition し た sponge Hyrtios altum か ら must ら れ た, very に strength な cytotoxicity を shown す new rules マ ク ロ リ ド altohyrtin class の solution コ ン ホ メ ー シ ョ ン を parsing す で る purpose, 5 - desacetylaltohyrtin A (4) に つ い て, NOESY ス ペ ク ト ル を semi-quantitative analytical し に, better ら れ る プ ロ ト ン intelligence を system limit the distance between A と す る restraint conditions pay き Molecular Dynamics calculation (Restrained Molecular Dynamics calculation) line を っ た. ま ず, NOESY か ら have ら れ た 322 の distance の restraint conditions と ^ 1 h-nmr ス ペ ク ト ル か ら have ら れ た three の dihedral の restraint conditions を be 験 item と し て し into force, 24 の 斉 carbon つ い て は, private が に first hint し た unique three-dimensional structure seaborne の キ ラ リ テ ィ ー を chiral Youdaoplaceholder0 て input force て て calculation を actual operation た た. Have ら れ た tectonic の う ち, E_ (total > の minimum numerical は 136.7 kcal/mol, minimum の tectonic か ら 10 times eye の tectonic ま で の E_ (total > average の は 139.43 + / - 1.70 kcal/mol (mean + s. d., with others in the following) で あ っ た. ま た, こ れ ら 10 の tectonic の C - 1 か ら C - 43 ま で の carbon atoms lock に お け る pair wised RMSD の average 0.50 + / - 0.22 A numerical は で あ り, RMS short violation は 0.148 A で あ っ た. Good こ の よ う に な computing results ら が れ た こ と か ら, private が に first hint し た altohyrtin class の unique three-dimensional structure seaborne が NOESY の デ ー タ に contradiction し な い こ と を 検 card す る と と も に, 5 - desacetylaltohyrtin In A <s:1> solution (d_6-DMSO), で コ コ ホメ ホメ ショ ショ を を を is determined by する ショ とがで た た た た た た た た た た た. ま た, private と his の between researchers の で conceives が see ら れ た 14, 15, 16 の stereo configuration を さ ら に confirm す る purpose で, 14, 15, 16 の chiral Restraints に, private が に first hint し た unique three-dimensional structure seaborne の キ ラ リ テ ィ ー outside の 7 つ の group み close わ せ を し into force て computing を line be し た. そ の results, E_ (total > や RMSD numerical な ど today back to compare し た ど の project に お い て も private da が prompt し た unique three-dimensional structure seaborne の キ ラ リ テ ィ ー よ り good い numerical を み す group in close わ せ が な か っ た こ と か ら, private が prompt し た three-dimensional structure type の justice が さ ら に support さ れ た.