イネゲノムに内在するウイルス様配列の耐病性付与機能の検証

水稻基因组中病毒样序列的抗病赋予功能的验证

• 批准号: 16658001
• 负责人: 貴島 祐治
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16658001/
• 关键词: イネ; イネツングロバシリフォルムウイルス; RTBV; 内在性RTBV様断片; メチレーション; イネツングロ病; ウイルス耐病性; イネツングロバシリフォームウイルス

本年度はOryza属AAゲノムにおける内在性イネツングロバシリフォルムウイルス(ERTBV)の存在様式に関して調査を行い、以下の2点についてその結果をまとめることができた。(1)イネ日本晴ゲノムに散在する6つのERTBV断片をはさむプライマーを設計し、PCRによってAAゲノム種34系統における多型の検出を行った。多型の結果から、日本晴と同一のERTBVの挿入はO.sativaやO.rufipogonに集中していることが判ったが、さらにO.sativa内でさえもこのERTBVの挿入に関して多型を検出することができた。一方、サザンハイブリダイゼーション分析によって、O.longistaminataやO.meridionalisゲノムにおいてもO.sativaやO.rufipogonに次ぐ数のERTBV断片が検出されている。従って、ERTBVのイネゲノムに対する挿入はAAゲノム種が種分化した後に起こったと考えられる。かつてウイルスとして存在していたERTBVは、東南アジア周辺域に分布するRTBVに比べてより広範な領域に分布していた可能性が示唆された。(2)日本晴ゲノムの配列から、ほぼ全てのERTBV断片の末端にATの単純な反復配列(AT-SSR)が配置されていることが明かとなっている。ERTBVの挿入について多型が生じていた系統を対象として塩基配列の比較解析を行った結果、日本晴ゲノムで同定されたAT-SSRより長い同配列がERTBVの代わりに見出された。従って、ERTBVがイネゲノムのAT-SSRを標的にして挿入することが推定された。このAT-SSRは核マトリクス結合配列(MAR)として機能することが予測され、ERTBVはMARに取り込まれた可能性が高い。

This year, Oryza belongs to AA. The research on the existence of the intrinsic nature of the product (ERTBV) is carried out. The results of the following two points are as follows: (1)6. ERTBV fragment design, PCR, AA, 34 system design, polytype detection The result of polytype is that the same ERTBV enters O.sativa and O.rufipogon, which is concentrated in O.sativa and related to polytype. The analysis of the two species, O.longistaminata and O.meridionalis, was carried out in the presence of O.sativa and O.rufipogon. For example, if you want to create an ERTBV, you can create an ERTBV. The existence of ERTBV in Southeast Asia indicates the possibility of RTBV distribution in Southeast Asia. (2)Japan's clear and complete ERTBV fragments AT the end of the AT-SSR configuration. The results of comparative analysis of ERTBV's entry into the system show that the AT-SSR system is identical to the ERTBV system. The ERTBV is expected to produce AT-SSR targets. The AT-SSR has a high probability of detecting MAR and ERTBV.

项目成果

DNA methylation is not necessary for the inactivation of the Tam3 transposition at non-permissive temperature in Antirrhinum

金鱼草中 Tam3 转座在不允许的温度下失活不需要 DNA 甲基化

• 发表时间: 2005
• 期刊: Journal of Plant Physiology (印刷中)
• 作者: 奥野倫子;生田英輔;宮野道雄;宮野道雄;Shin-Nosuke Hashida;生田英輔;Shin-Nosuke Hashida;So Kobayashi;Miwako Takata;Hashida Shinnosuke
• 通讯作者: Hashida Shinnosuke

Reconstruction of putative DNA virus from endogenous rice tungro bacilliform virus-like sequences in the rice genome : implications for evolution and integration

从水稻基因组内源性水稻东格罗杆状病毒样序列中重建假定的DNA病毒：对进化和整合的影响

• 发表时间: 2004
• 期刊: BMC Genomics 5
• 作者: 奥野倫子;生田英輔;宮野道雄;宮野道雄;Shin-Nosuke Hashida;生田英輔;Shin-Nosuke Hashida;So Kobayashi;Miwako Takata;Hashida Shinnosuke;Takata Miwako;Kobayashi Sou;Kunii Motoyuki
• 通讯作者: Kunii Motoyuki

植物色素研究法

植物色素研究方法

• 发表时间: 2004
• 作者: M -P.Yamamoto;T.Kubo;T.Mikami;Shin-Nosuke Hashida;Takata Miwako;植物色素研究会編
• 通讯作者: 植物色素研究会編

植物のゲノムに潜むウイルス-反復配列に秘められたしなやかでしたたかな植物ゲノム-

隐藏在植物基因组中的病毒 - 隐藏在重复序列中的灵活而强大的植物基因组 -

• 发表时间: 2004
• 期刊: 化学と生物 42
• 作者: 奥野倫子;生田英輔;宮野道雄;宮野道雄;Shin-Nosuke Hashida;生田英輔;Shin-Nosuke Hashida;So Kobayashi;Miwako Takata;Hashida Shinnosuke;Takata Miwako;Kobayashi Sou;Kunii Motoyuki;Kishima Yuji;貴島 祐治
• 通讯作者: 貴島 祐治

Evidence for an evolutionary force that prevents epigenetic silencing between tail-to-tail rice genes with a short spacer

证据表明存在一种进化力量，可以防止具有短间隔的尾对尾水稻基因之间的表观遗传沉默

• 发表时间: 2005
• 期刊: Gene 346
• 作者: H.Nakai;T.Ito;M.Hayashi;K.Kamiya;T.Yamamoto;K.Matsubara;Young-Min Kim;W.Jintanart;M.Okuyama;H.Mori;S.Chiba;Y.Sano;A.Kimura;Hironori Nagano;So Kobayashi
• 通讯作者: So Kobayashi