イネゲノムに見出されたツングロウイルスゲノム断片の構造と機能に関する分子的基礎

水稻基因组中发现的东风病毒基因组片段结构和功能的分子基础

基本信息

  • 批准号:
    13039003
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.69万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2001
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2001 至 2002
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

1.イネゲノムに内在するRTBV様配列の構造イネゲノムのデータベースやライブラリーのスクリーニングから内在するRTBV様配列(ERTBV)を単離し,合計18断片の構造を解析した。これらの断片はRTBVのORF3(最も長いORF)と相同部位を持つ。ERTBVの断片間では高度に再編成が生じていたが,塩基配列のレベルでは全体的に高い相同性(90%以上)を示していた。再編成部位を順々に並べ換えた結果,約7.5kbの環状構造を有する配列が再構築された。2.ERTBVのウイルス様構造これら3つのグループごとにコンセンサス配列を選んで塩基配列を組み直すと,3つのグループそれぞれで完全なORFを有する約7.5kbのウイルスゲノムが再現できた。3つグループの配列は似た構造からなるが,塩基レベルでは構造の違いが区別でき,ERTBV-A,-Bおよび-Cとした。ERTBVの最も長いORFにはRTBVのORF3と同一の機能を持つタンパク質遺伝子が同じ順序でコードされていた。ERTBV-A,-BおよびCは過去に存在した2本鎖DNAウイルスで現在のイネの祖先種に感染し,ウイルスの環状配列が,ゲノムへ挿入した時に逆位等の再編成が生じ,現在のERTBV断片が発生したと推定できた。また,RTBVウイルスゲノムは植物ゲノムに比べ,140倍の速さで進化していると推定できた。3.ERTBVとイネ属植物の種分化ERTBVの3つのグループそれぞれにジャポニカ系統およびインディカ系統で得られたERTBV断片が存在することから、ERTBVはO. sativaの分化以前に挿入していたと考えて間違いない。また,ハイブリダイゼーション実験からERTBVはアジアに分布するイネ植物種を中心に検出され,アフリカや南米種のイネ属植物では検出されなかった。従って,ERTBVのイネ属植物ゲノムヘの挿入は,Oryza属のアフリカや南米種が分化した後からジャポニカ・インディカ系統に分化する前の期間に起こったと考えられる。
1. There are 18 pieces of data in total. The internal RTBV configuration (ERTBV) is divided into 18 segments. The same part of the RTBV ORF3 is held in the same place. The height between the ERTBV fragments is changed again, and the height of the whole system is the same (more than 90%) to indicate the temperature difference. According to the results of the analysis and analysis of the results, about the 7.5kb environmental system is equipped with the equipment to improve the performance of the system. In the 2.ERTBV system, we need to make sure that the configuration of the basic configuration is very straightforward, while that of the complete ORF is not as good as that of the 7.5kb. 3. The configuration of the information system is similar to that of the system, and the basic information system is used to make the information system, and the ERTBV-A,-B information system is related to each other. ERTBV has the most long-term ORF performance RTBV ORF3. The same machine can use the same machine to keep the data in the same sequence. In the past, there have been two cases of DNA infection in the past, such as the presence of maternal infection, the allocation of environmental conditions, and the reversal of health events. Now, the ERTBV fragments are presumed to be infected. In general, RTBV has improved the plant growth rate by 140times faster than the presumption rate. The plants of the genus 3.ERTBV differentiate into ERTBV fragments and ERTBV O. sativa fragments are known to exist before the differentiation of DNA fragments. In this case, the distribution of ERTBV plants and the plants of the genus Rhizoma of South rice species were detected. The plants of the genus ERTBV have been registered, while those of the genus Oryza have been released during the pre-differentiation period before the differentiation of the system.

项目成果

期刊论文数量(10)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Nagano Hironori: "Characterization of the repetitive sequences in a 200-kb region around the Rice waxy locus, diversity of transposable elements and presence of veied repetitive sequences"Genes & Genetic Systems. 77(2). 69-79 (2002)
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    0
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    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Ken Kitamura: "Position effect of the excision frequency of the Antirrhimun transposon Tam3 : implications for the degree of position-dependent methylation in the ends of the element"Plant Molecular Biology. 47. 475-490 (2001)
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    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
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    0
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  • 通讯作者:
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