創薬研究を例とした先端的学際的な計算機実習講義と教材の開発

以药物发现研究为例开发高级跨学科计算机培训讲座和教材

• 批准号: 18650234
• 负责人: 原田 隆範
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Hiroshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18650234/
• 关键词: 計算創薬; 教材開発; 計算機実習; SBDD

この研究の目的は、現在Academiaに開放されている化合物データベースや計算関連ツールを用いて、理学系大学院レベルの計算創薬入門実習(Structure-Based Drug Design(SBDD)に関する内容)のための教材と計算機環境を構築することにある。目的のSBDD実習は企業内の研究者教育にも使われうる水準を目指しており、このための必要最小限の教材資源を作成することを目標とした。今年度は、Web上で公開されている化合物データベースやソフトウェアから実習に使用するツールを決定し、医薬品研究開発の中核に位置する「薬分子と受容体との結合解析(Docking Study)」および「計算機を用いた仮想的なスクリーニング(Virtual Screening)」に関する講義録および教材(計算機実習の手順および演習問題)を作成・整理した。これらの教材を前年度整備した計算機環境と併用して、広島大・東海大の両方で集中講義レベル(4日間)の講義実習を実施した。この実習は、(1)タンパク質の構造の観察、(2)タンパク質の構造の構築、(3)リガンド分子の構造の構築、(4)ドッキングシミュレーション、(5)タンパク質-リガンド複合体の量子化学計算による相互作用解析、という流れで行った。実習には大学院生の他に教官等の参加もあり、結果としては教官が関心を持つような内容にまで仕上げることができた。今回の実習のように、フリーウェアやフリーの化合物データベースを用いることで、多人数向けに基礎的な計算創薬実習を構築・実施することも可能である。このことから、現在では製薬企業においてのみ可能な「計算機を用いた理論創薬研究」を広く大学にも開放することができるものと期待される。

The purpose of this research is to open up the application of structure-based drug design (SBDD) in Academia, and to build a computer environment for the application of Structure-Based Drug Design(SBDD) in the Faculty of Science. Objective: To establish the minimum necessary teaching material resources for the education of researchers in enterprises. This year, we will publish on the Web the "Docking Study" and the "Virtual Screening" of the "Docking Study" of the "Docking Study" and the "Docking Study" of the "of the" Docking Study "of the" Docking Study "of the" of These teaching materials were prepared last year, the computer environment was combined, and the concentrated lecture notes (4 days) of Hiroshima University and Tokai University were implemented. This study includes: (1) investigation of the structure of the compound;(2) construction of the structure of the compound;(3) construction of the molecular structure of the compound;(4) construction of the compound;(5) interaction analysis in quantum chemical calculation of the compound; and (6) flow analysis. Students and other instructors participate in the study, and the result is that the instructor cares about the content. This paper discusses the application of the new technology in the field of chemical compounds, and discusses how to construct and implement the new technology in the field of chemical compounds. This is the first time that the company has been able to open its doors to the public.

项目成果

理学系大学院における計算創薬講義用教材と環境の開発

科学研究生院计算药物发现讲座的教材和环境的开发

• 发表时间: 2007
• 期刊: 日本化学会第87春季年会講演予稿集 I
• 作者: 綾野桃子;瀬渡章子;原田 隆範
• 通讯作者: 原田 隆範

受容体全体の分子軌道計算を導入した計算創薬実習法の開発

开发计算药物发现训练方法，其中结合了整个受体的分子轨道计算

• 发表时间: 2008
• 作者: 綾野桃子;瀬渡章子;原田 隆範;原田 隆範
• 通讯作者: 原田 隆範

Development of Educational Materials and Environment for Computer-aided Drug Discovery Course for Academia

学术界计算机辅助药物发现课程教材和环境的开发

• 发表时间: 2007
• 作者: 綾野桃子;瀬渡章子;原田 隆範;原田 隆範;原田 隆範
• 通讯作者: 原田 隆範