海洋に分布する第三の微粒子群?-高度光学手法を用いた萌芽的究明

海洋中分布的第三组粒子？ - 使用先进光学方法进行探索性调查

基本信息

批准号：
18651007
负责人：
永田俊
金额：
$ 2.05万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

フローサイトメトリーを用いた微粒子検出における重要な検討課題はノイズの削減である。本年度の研究では、前年度に引き続き、海水中に分布する微粒子のモデルとしてウィルス粒子を考え、そのシグナルを明瞭に分離することを目標として、機器と分析方法の最適化を進めた。なお、ウィルス粒子は直径が20-50nmであり、本研究が目標とする微粒子の粒径とほぼ等しい範囲にある。ノイズは電気的ノイズ、シース溶液に由来するノイズ、光学的ノイズ、各種試薬に由来するノイズに分類することができる。これらのノイズに関する検討を進め、シースや試薬に由来するノイズに関しては、試料の取り扱い方法や試薬の製造元や調整方法を大幅に改良することができた。しかし、DNAの検出に用いられるSYBR GREEN I以外の試薬(ナイルレッド、アクリジンオレンジなど)に関しては、試薬自体のノイズが高く、また、シグナルが十分に強くないことから、本研究がターゲットとする微粒子の検出には適さないことが明らかになった。そこで、SYBR GREEN Iを用いて、外洋域で採取された試料について、微粒子解析を進めたところ、ウィルス様粒子については、これをを2つないしは3つのクラスターに明瞭に分離することができた。この方法を用いて、学術調査船白鳳丸の中部太平洋南北断面観測航海などで採取されたサンプルの解析を進めた。その結果、広範な海域において、ウィルスと同様なサイズの非生物粒子が存在することが確認された。ただし、シグナルの強度が不安定であるため、その粒子数の確定や、出現パターンの解析を行うためには、染色条件や測定条件についてのより詳細な検討が必要であることが明らかになった。

使用流式细胞术检测细颗粒的关键考虑是降低噪声。在今年的研究中，在上一年之后，我们将病毒颗粒视为分布在海水中的细颗粒的模型，并优化了设备和分析方法，目的是清楚地分开信号。病毒颗粒的直径为20-50 nm，范围内大约等于本研究靶向的微粒的粒径。噪声可以分类为电噪声，源自护套溶液的噪声，光学噪声以及从各种试剂中得出的噪声。已经研究了这些噪音，并且处理样品，制造商和试剂的调整方法在鞘和试剂中得出的噪声得到了极大的改善。但是，关于用于DNA检测的SYBR Green I（例如尼罗河红，杂氨橙等）以外的其他试剂，试剂本身是高度噪声，信号不够强，并且清楚地表明它不适合检测该研究靶向的微粒。因此，当我们使用SYBR Green I对在开阔的海洋中收集的样品进行了微颗粒分析时，我们能够将类似病毒样的颗粒明确分为两个或三个簇。使用这种方法，进行了从中太平洋北部和南部横截面观察途中收集的样品。结果，已经证实，与病毒大小相似的非生物颗粒存在于广泛的水域中。但是，由于信号的强度是不稳定的，因此已经揭示了对染色和测量条件进行更详细的检查，以确定颗粒的数量并分析外观模式。

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Distribution patterns of viruses and their subclusters in the upper water columns of the Pacific and Southern Oceans

太平洋和南大洋上层水体中病毒及其亚群的分布模式

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yang;Y.;Yokokawa;T.;Motegi;C.;Nagata;T
通讯作者：
T

生物の多様性って何だろう

什么是生物多样性？

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
0
作者：
永田俊;茂手木千晶(京都大学総合博物館・京都大学生態学研究センター編)
通讯作者：
茂手木千晶(京都大学総合博物館・京都大学生態学研究センター編)

Microbial Ecology of the Oceans (2nd edition)

海洋微生物生态学（第二版）

DOI：
发表时间：
期刊：
John Wiley & Sons (in press)
影响因子：
0
作者：
Nagata;T
通讯作者：
T

Tungstate compounds as an alternative to uranyl acetate for enumerating viral-infected prokaryote cells in aquatic systems.

钨酸盐化合物作为乙酸双氧铀的替代品，用于计数水生系统中病毒感染的原核细胞。

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
Aquatic Microbial Ecology 47
影响因子：
0
作者：
A. S. Pradeep Ram;T. Nagata;Y. Tomaru;K. Nagasaki
通讯作者：
K. Nagasaki

Tungstate compounds as an alternative to uranyl acetate for enumerating viral infected prokaryote cells in aquatic systems

钨酸盐化合物作为醋酸双氧铀的替代品，用于计数水生系统中病毒感染的原核细胞

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
Aquatic Microbial Ecology 47
影响因子：
0
作者：
Ram;A.S.P.;Nagata;T.;Tomaru;Y.;Nagasaki;K
通讯作者：
K

DOI：
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通讯作者：
永田俊

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发表时间：
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影响因子：
0
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通讯作者：
中野伸一,早川和秀,程木義邦,岡崎友輔,Indranil Mukherjee,Shoji Thottatil,高巣裕之