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クロロフィルをもたない"藍藻"の実体解明

阐明不含叶绿素的“蓝绿藻”的真实本质

基本信息

批准号：
18657010
负责人：
宮下英明
金额：
$ 2.11万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18657010/
关键词：
微生物土壌微生物生態学分子微生物生態学

项目摘要

本研究は、複数の"藍藻"によって形成されている日本固有の特殊な微生物塊の群集構造およびその成因を明らかにすることを目的として行われた。19年度はPCR-DGGE法を用いて微生物塊を構成する微生物の多様性を解析することを主目的とした。18年度の研究から、サンプルとする微生物塊において細胞外多糖が多いためDNA抽出効率が悪く、DNAの抽出・精製法を検討することが不可欠であることがわかった。そこでまず、DNA抽出法の検討を行った。市販のキットの利用を含め、破砕法、DNAの抽出・精製法等について、12通りの方法を検討した。PCR-DGGEにおいて出現するバンド数を指標として抽出精製法の評価をおこなったところ、電子レンジを用いる細胞破砕方法によって、最も多くのバンドが検出された。そこで、このDNA抽出・精製法によって得られたトータルDNAを用いた。まず、シアノバクテリア特異的プライマーを利用して検出を試みたところ、シアノバクテリアは全く検出されなかった。このことからも本微生物塊が"藍藻"群集でないことが裏付けられた。また、真正細菌・古細菌・真核生物それぞれのSSU rDNAをマーカーとしてPCR-DGGE解析をおこなったところ、十数種類の塩基配列が明らかになった。これらの配列解析から、微生物塊には、アシドバクテリア,クテドバクテリア,γプロテオバクテリアなどに属するバクテリアが優占的に存在することがわかった。これらの結果は、この微生物塊がきわめて特別な環境に、特異なエネルギーおよび物質循環を形成して成立する特殊な微生物塊であることを示唆する結果であった。

This study aims to clarify the causes of the formation of a number of "cyanobacteria" in Japan's unique microbial clusters. The PCR-DGGE method was used to analyze the diversity of microorganisms in 2009. 18 years of research on microbial mass exopolysaccharides, DNA extraction efficiency, DNA extraction and purification methods DNA extraction method is used to detect and detect DNA. The methods of market research, such as DNA extraction and purification, are discussed. PCR-DGGE is used to evaluate the number of indicators, extraction and purification methods, and cell disruption methods. DNA extraction and purification methods are used to extract and purify DNA. The name of the person who is responsible for the crime is: This microbial mass is a "cyanobacteria" cluster. PCR-DGGE analysis of SSU rDNA in bacteria, archaea and eukaryotes shows that there are ten kinds of SSU rDNA in bacteria, archaea and eukaryotes The analysis of the distribution of these species, the presence of microbial blocks, the presence of species, the presence of species. The result is that the microbial mass is formed in a special environment, in a specific environment, and in a material cycle.