遺伝子発現時系列データ解析技法の開発

基因表达时间序列数据分析技术的发展

• 批准号: 19650068
• 负责人: 柳川 尭
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Kurume University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19650068/
• 关键词: アルリズム; プロテオーム; 統計数学; 機械学習; ゲノム; アルゴリズム; 関数データ解析; 時系列データ; 網膜タンパク

・典型的なタンパク質の時系列トラジェクトリーは,生物学的知識を適用して幾つかの群に分類し,群ラベルを与えることができる場合が多い.このようなラベルが付けられたデータを学習データとして用いて,ラベルが付けられなかったタンパク質の(非典型的)時系列トラジェクトリーを判別するのに有用な関数ロジスティック判別分析法を開発した.この方法は,離散的ないくつかの時点において観測されたデータを,滑らかな関数を観測したときの誤差を伴う実現値と考え,この関数を基底関数展開で近似した上で,平滑化法によって推定するというアイディアで,まず潜在する真のタンパク質の質量変化トラジェクトリー曲線を推定する.次にロジスティックモデルを導入し,非典型的なデータの判別に適用する方法である.方法論として新しく,国際計量生物学会等で発表するとともに論文として公表した.・オクラホマ大学医学部松本博行教授のグループは,427個のスポットにおける生後1,3,5,7,9,14,21,28日目のマウス網膜のタンパク質を,2次元ゲルを用いて観測している.また, Haniu et al. (2006)はこのデータのうち134個のタンパク質の典型的トラジェクトリーをJuvenile, Adult, Transientの3群にラベリングしている.開発した方法を適用し,除外基準をみたす残りの231個について判別をおこない有意義な結果をえたこの結果を学術専門誌に投稿するための作業を行っている.

, a typical な タ ン パ ク when mass の series ト ラ ジ ェ ク ト リ ー は, biology knowledge を applicable し て several つ か に classification し の group, group of ラ ベ ル を and え る こ と が で き る occasions が い. こ の よ う な ラ ベ ル が pay け ら れ た デ ー タ を learning デ ー タ と し て in い て, ラ ベ ル が pay け ら れ な か っ た タ ン パ ク qualitative の (atypical) Series ト ラ ジ ェ ク ト リ ー を discriminant す る の に useful な masato number ロ ジ ス テ ィ ッ ク discriminant analysis を open 発 し た. こ は の method, discrete な い く つ か の point に お い て 観 measuring さ れ た デ ー タ を, slippery ら か な masato number を 観 measuring し た と き を の error with う be numerical と え, now こ の masato number を basal masato expand で approximate し た で, smoothing method Presumption に よ っ て す る と い う ア イ デ ィ ア で, ま ず potential す る is の タ ン パ ク qualitative の quality variations change ト ラ ジ ェ ク ト リ ー curve を presumption す る. The にロジスティッ, モデ, モデ, を is imported into にロジスティッ, and the atypical なデ, タ, and に are discriminated by the する method である. New methodology と し て し く, international society for measuring biological etc で す 発 table る と と も に paper と し て male table し た. · オ ク ラ ホ Matsumoto マ university health science professor Po line の グ ル ー プ は, 427 の ス ポ ッ ト に お け る postnatal 1,3,5,7,9,14,21,28 day の マ ウ ス retinal の タ ン パ ク を, 2 dimensional ゲ ル を with い て 観 measuring し て い る. ま た, Haniu et al. (2006) は こ の デ ー タ の う ち 134 の タ ン パ ク qualitative の typical ト ラ ジ ェ ク ト リ ー を Juvenile and Adult, Transient の 3 group of に ラ ベ リ ン グ し て い る. Open 発 し を applicable し た method, except for the benchmark を み た す residual り の 231 に つ い て discriminant を お こ な い meaningful results な を え た こ の results を academic 専 door will contribute に す る た め の line homework を っ て い る.

项目成果

Expression of Erb-2/HER2 and estradiol receptor alpha depends upon nuclear localization of Y-box binding protein-1 (YB-1) in human breast cancers

Erb-2/HER2 和雌二醇受体 α 的表达取决于人类乳腺癌中 Y-box 结合蛋白-1 (YB-1) 的核定位

• 发表时间: 2008
• 期刊: Cancer Research 68
• 作者: Teruhiko Fujii

Functional Logistic Discrimination and its Application to the Proteomics Trajectory Data

功能逻辑判别及其在蛋白质组轨迹数据中的应用

• 发表时间: 2008
• 作者: Araki;Y;河原 明彦;Yuko Araki
• 通讯作者: Yuko Araki

Paternal transmission and slow elimination of mutant alleles associated with late-onset ornithine transcarbamylase deficiency in male patients

• DOI: 10.1007/s10038-007-0212-8
• 发表时间: 2008-01-01
• 期刊: JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Numata, Sanae;Harada, Eimei;Yoshino, Makoto
• 通讯作者: Yoshino, Makoto

1ヒトがんにおける転移抑制因子Cap43/NDRG1発現の多様性と臨床的意義

1 人类癌症中转移抑制因子Cap43/NDRG1表达的多样性及临床意义

• 发表时间: 2008
• 作者: Araki;Y;河原 明彦
• 通讯作者: 河原 明彦

Modeling transition probabilities and duration time for event history data

对事件历史数据的转移概率和持续时间进行建模

• 发表时间: 2010
• 期刊: Bulletin of Informatics and Cybernetics Vol.42
• 作者: Yamashita N.;Nagata E.;Ohyama T.;Yanagawa T.
• 通讯作者: Yanagawa T.