大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発

开发利用大规模 EST 信息中的基因表达模式搜索有用基因的方法

• 批准号: 19651084
• 负责人: 矢野 健太郎
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Meiji University (2008)The University of Tokyo (2007)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19651084/
• 关键词: 生体生命情報学; ゲノム; 遺伝子; 遺伝子発現; バイオインフォマティクス

研究代表者(矢野健太郎)および研究分担者(清水顕史、山根京子)による研究体制で研究を行った。昨年度に構築した解析手法に基づき、解析結果を視覚化する方法を研究代表者(矢野健太郎)および研究分担者(清水顕史、山根京子)が協力して開発した。ここでは、特に、コンピューター・マウスやキーボードの操作によって、コンピューター・モニター上で三次元プロット図の拡大、縮小、平行移動や回転を可能とした。本年度は、さらに、統計学の専門知識をもつ矢野および清水が独立して、対応分析を用いたEST情報からの遺伝子発現パターン解析手法の開発などを行った。この個別の作業により、両者の結果の一致性を検証し、開発手法の頑健性の向上を図ることができた。そして、例題データセットを用いた解析と手法の有用性の評価を行った。また、昨年度に収集した公開データベースからのヒトや植物のEST情報から、植物遺伝の専門知識をもつ山根が、cDNAの由来や遺伝子機能に関する詳細情報の収集と整理を実施した。それらのデータに対して、矢野がESTのアセンブル解析を行い、発現遺伝子の配列と生物学的機能を推定した。次いで、矢野、清水、山根により、開発した手法を上記の実データに対して適用し、開発手法を評価・修正することによって、大規模EST情報からの有用遺伝子の探索手法を確立した。さらに、簡便な操作で解析と視覚化を可能とするJava言語に基づくソフトウェア開発を行った。

The research representative (Yano Kentaro) asked the research contributors (Shimizu Shimizu and Kyoko Yamane) to conduct the research on the research system. Last year, the research representative of Yano Kentaro (Kentaro Yano) participated in the study of the sharing of research (Shimizu Shimizu, Kyoko Yamagan). The three dimensions are large, small, and parallel. It is possible to move the data back in the first place. This year, the department of statistics and statistics is aware that in the current year, we are in the process of making an independent analysis of the clean water system, and the EST analysis system has been used to analyze the data. In each case, the results of the operation and the results of the operator are consistent, and the method of doing so is very healthy. The usefulness of the method of parsing is used to analyze the usefulness of the problem. Last year's collection was open to the public, and the information of the plant EST, the knowledge of the plant, the root of the mountain, the origin of the cDNA, and the information of the information collection system. In this paper, the data are analyzed, and the biological mechanisms of biology are listed in this paper. In this paper, the data are analyzed, and the biological mechanisms of biology are listed in the field of EST. On the sub-scale, Yano, Shimizu, Yamagano, Shimizu, and open-end methods, record the use of sub-techniques, open-mode corrections, large-scale EST situations, and the use of sub-exploration techniques to make sure that they are correct. It is possible to change the basic information of the Java language in order to start a business operation.

项目成果

大規模マイクロアレイ・データからの遺伝子発見手法

从大规模微阵列数据中发现基因的方法

• 发表时间: 2007
• 作者: 太田 詠子;et. al.;矢野 健太郎
• 通讯作者: 矢野 健太郎

特許権

专利权

• 发表时间: 2018

Web Databases for Omics Data in Tomato

番茄组学数据的网络数据库

• 发表时间: 2009
• 期刊: J. Japan. Soc. Hort. Sci. 78
• 作者: Sugako Oka;et al.;Ayako Suzuki
• 通讯作者: Ayako Suzuki

MiBASE And KaFTom : Databases Of Transcriptome And Full-Length cDNAs Of Tomato

MiBASE 和 KaFTom：番茄转录组和全长 cDNA 数据库

• 发表时间: 2009
• 作者: Abolhassani;N.;et. al.;Ayako Suzuki
• 通讯作者: Ayako Suzuki

A New Method For Gene Discovery In Large-Scale Gene Expression Data

大规模基因表达数据中基因发现的新方法

• 发表时间: 2008
• 作者: 大野 みずき;et. al.;Kentaro Yano
• 通讯作者: Kentaro Yano