植物ゲノム障壁に関連する遺伝子の探索と機能推定のための遺伝子発現データベース構築

构建基因表达数据库，寻找与植物基因组障碍相关的基因并评估其功能

• 批准号: 19043015
• 负责人: 矢野 健太郎
• 金额: $ 3.78万
• 依托单位: Meiji University (2008)The University of Tokyo (2007)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19043015/
• 关键词: ゲノム; 遺伝子; 生体生命情報学; 遺伝子発現; バイオインフォマティクス; データベース

昨年度、構築・公開したデータベースOryzaExpressの格納データと機能の拡張を行った。まず、異なるデータベースから提供されているイネのゲノム・アノテーションと遺伝子発現情報の収集を行い、次いで、本特定領域研究から得られている実験データをOryzaExpressに統合した。その結果、OryzaExpressを用いることで、これらの統合情報から効率的に目的の情報を抽出することが可能となった。ここでは、特に、マイクロアレイ・プローブ名、遺伝子座名、遺伝子の機能アノテーションのキーワードや遺伝子発現量から目的の遺伝子を探索することができる。また、さらに、本年度は、遺伝子の発現制御ネットワークの構築とその解析結果のOryzaExpressへの統合化を行った。そのために、NCBIから入手可能なマイクロアレイ実験データと本特定領域研究より得られたマイクロアレイ実験データを併せて、大規模なネットワーク解析を実施した。これらのデータを精査することで、同一の代謝パスウェイや生物学的機能に関連する遺伝子群や遺伝子発現制御因子の同定が促進され得る。また、イネゲノム中の遺伝子について、ランダムに抽出した遺伝子群から、遺伝子発現制御に関わるシスエレメント探索を行った。次いで、発現レベルの解析から推定した遺伝子ファミリーについて、特異的なシスエレメントの同定を行った。そして、これらのイネ遺伝子と相同性の高いソルガム遺伝子を探索すると共に、それらのシスエレメントを探索し、イネ遺伝子との多様性を調査した。

去年，我们扩展了OryzaExpress的存储数据和功能，OryzaExpress是我们构建和发布的数据库。首先，收集了从不同数据库中提供的水稻的基因组注释和基因表达信息，然后从该特定领域研究中获得的实验数据集成到Oryzaexpress中。结果，通过使用oryzaexpress，可以从这些集成信息中有效提取所需信息。在这里，可以特别从微阵列探针名称，基因座名，基因功能注释的关键字和基因表达水平搜索靶基因。此外，今年我们构建了一个基因表达控制网络，并将分析结果整合到Oryzaexpress中。为此，进行了大规模网络分析，以及从NCBI获得的微阵列实验数据以及从这项特定领域研究中获得的微阵列实验数据。这些数据的研究可以促进与相同代谢途径或生物学功能相关的基因组和基因表达调节剂的鉴定。此外，还从随机提取的基因基因组中搜索参与基因表达对照的CI元素中的基因组中的基因。然后，为从表达水平分析得出的基因家族确定了特定的顺式元件。然后，我们搜索了与这些水稻基因高度同源的高粱基因，并搜索其CIS元素，并通过水稻基因研究了它们的多样性。

项目成果

オオムギの約発生過程における高温障害の発生メカニズムの解明

阐明大麦发育过程中高温损伤的机制

• 发表时间: 2009
• 作者: 押野健;三浦慎也;菊地俊介;濱田和輝;矢野健太郎;東谷篤志
• 通讯作者: 東谷篤志

OryzaExpress:イネのゲノム・アノテーションと遺伝子発現の統合データベース

OryzaExpress：水稻基因组注释和基因表达的综合数据库

• 发表时间: 2008
• 作者: Fujimura;A・Murayama;A・Ohmori;K・Oie;S・Sakura;K・Yasuzawa-Yanaka;K・Yanagisawa;J;藤田雅丈;押野健;保浦徳昇;矢野健太郎;Hamada K;矢野健太郎;矢野健太郎;望月孝子;宮下結衣;金子芙未;藤岡智明;矢野健太郎;望月孝子
• 通讯作者: 望月孝子

OryzaExpress : A Database of Integrated Documentation Resources and Transcriptome Data of Rice

OryzaExpress：水稻综合文献资源和转录组数据数据库

• 发表时间: 2008
• 作者: Fujimura;A・Murayama;A・Ohmori;K・Oie;S・Sakura;K・Yasuzawa-Yanaka;K・Yanagisawa;J;藤田雅丈;押野健;保浦徳昇;矢野健太郎;Hamada K
• 通讯作者: Hamada K

トランスクリプトーム情報からの遺伝子発見手法

从转录组信息发现基因的方法

• 发表时间: 2008
• 作者: Fujimura;A・Murayama;A・Ohmori;K・Oie;S・Sakura;K・Yasuzawa-Yanaka;K・Yanagisawa;J;藤田雅丈;押野健;保浦徳昇;矢野健太郎;Hamada K;矢野健太郎;矢野健太郎
• 通讯作者: 矢野健太郎

Morphological and gene expression analysis of rice anther development under low temperature condition

低温条件下水稻花药发育的形态及基因表达分析

• 发表时间: 2009
• 作者: Kaneko;F.;Suwabe;K.;Yano;K.;Fujioka;T.;Park;J.-I.;Kikuchi;S.;Hamada;K.;Endo;M.;Nagano;K.;Nagamura;Y.;Kawagishi-Kobayashi;M.;Suzuki;G.;Watanabe;M.
• 通讯作者: M.