植物ゲノム障壁に関連する遺伝子の探索と機能推定のための遺伝子発現データベース構築

构建基因表达数据库，寻找与植物基因组障碍相关的基因并评估其功能

• 批准号: 19043015
• 负责人: 矢野 健太郎
• 金额: $ 3.78万
• 依托单位: Meiji University (2008)The University of Tokyo (2007)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19043015/
• 关键词: ゲノム; 遺伝子; 生体生命情報学; 遺伝子発現; バイオインフォマティクス; データベース

昨年度、構築・公開したデータベースOryzaExpressの格納データと機能の拡張を行った。まず、異なるデータベースから提供されているイネのゲノム・アノテーションと遺伝子発現情報の収集を行い、次いで、本特定領域研究から得られている実験データをOryzaExpressに統合した。その結果、OryzaExpressを用いることで、これらの統合情報から効率的に目的の情報を抽出することが可能となった。ここでは、特に、マイクロアレイ・プローブ名、遺伝子座名、遺伝子の機能アノテーションのキーワードや遺伝子発現量から目的の遺伝子を探索することができる。また、さらに、本年度は、遺伝子の発現制御ネットワークの構築とその解析結果のOryzaExpressへの統合化を行った。そのために、NCBIから入手可能なマイクロアレイ実験データと本特定領域研究より得られたマイクロアレイ実験データを併せて、大規模なネットワーク解析を実施した。これらのデータを精査することで、同一の代謝パスウェイや生物学的機能に関連する遺伝子群や遺伝子発現制御因子の同定が促進され得る。また、イネゲノム中の遺伝子について、ランダムに抽出した遺伝子群から、遺伝子発現制御に関わるシスエレメント探索を行った。次いで、発現レベルの解析から推定した遺伝子ファミリーについて、特異的なシスエレメントの同定を行った。そして、これらのイネ遺伝子と相同性の高いソルガム遺伝子を探索すると共に、それらのシスエレメントを探索し、イネ遺伝子との多様性を調査した。

Last year, the construction of the open space, the opening of the function of Oryza Express In addition, the research on the development of new technologies and new technologies in the field of science and technology has been carried out. The results of Oryza Express are as follows: This is the first time that we've been able to find out the exact location of a gene, and we've been able to find the exact location of a gene. This year, the integration of Oryza Express, the development and production of genetic information and the analysis results, was carried out. The NCBI has been able to conduct field-specific research and analysis on a large scale. This study focuses on the identification of genes and their biological functions, and on the identification of genes and their regulatory factors. In addition, we will continue to explore and explore the development and control of genetic resources in the development of genetic resources. The analysis of the second, third and fourth events is expected to be carried out in the same way as the first, third and fourth events. To investigate the diversity of genetic diversity and genetic diversity, the authors explore the diversity of genetic diversity and genetic diversity.

项目成果

オオムギの約発生過程における高温障害の発生メカニズムの解明

阐明大麦发育过程中高温损伤的机制

• 发表时间: 2009
• 作者: 押野健;三浦慎也;菊地俊介;濱田和輝;矢野健太郎;東谷篤志
• 通讯作者: 東谷篤志

OryzaExpress : A Database of Integrated Documentation Resources and Transcriptome Data of Rice

OryzaExpress：水稻综合文献资源和转录组数据数据库

• 发表时间: 2008
• 作者: Fujimura;A・Murayama;A・Ohmori;K・Oie;S・Sakura;K・Yasuzawa-Yanaka;K・Yanagisawa;J;藤田雅丈;押野健;保浦徳昇;矢野健太郎;Hamada K
• 通讯作者: Hamada K

トランスクリプトーム情報からの遺伝子発見手法

从转录组信息发现基因的方法

• 发表时间: 2008
• 作者: Fujimura;A・Murayama;A・Ohmori;K・Oie;S・Sakura;K・Yasuzawa-Yanaka;K・Yanagisawa;J;藤田雅丈;押野健;保浦徳昇;矢野健太郎;Hamada K;矢野健太郎;矢野健太郎
• 通讯作者: 矢野健太郎

Various spatiotemporal expression profiles of anther-expressed genes in rice.

• DOI: 10.1093/pcp/pcn128
• 发表时间: 2008-10
• 期刊: PLANT AND CELL PHYSIOLOGY
• 影响因子: 4.9
• 作者: Hobo, Tokunori;Suwabe, Keita;Aya, Koichiro;Suzuki, Go;Yano, Kentaro;Ishimizu, Takeshi;Fujita, Masahiro;Kikuchi, Shunsuke;Hamada, Kazuki;Miyano, Masumi;Fujioka, Tomoaki;Kaneko, Fumi;Kazama, Tomohiko;Mizuta, Yoko;Takahashi, Hirokazu;Shiono, Katsuhiro;Nakazono, Mikio;Tsutsumi, Nobuhiro;Nagamura, Yoshiaki;Kurata, Nori;Watanabe, Masao;Matsuoka, Makoto
• 通讯作者: Matsuoka, Makoto

Separated transcriptomes of male gametophyte and tapetum in rice: validity of a laser microdissection (LM) microarray.

大米中男配子体和tape虫的分离转录组：激光显微解剖（LM）微阵列的有效性。

• DOI: 10.1093/pcp/pcn124
• 发表时间: 2008-10
• 期刊: PLANT AND CELL PHYSIOLOGY
• 影响因子: 4.9
• 作者: Suwabe, Keita;Suzuki, Go;Takahashi, Hirokazu;Shiono, Katsuhiro;Endo, Makoto;Yano, Kentaro;Fujita, Masahiro;Masuko, Hiromi;Saito, Hiroshi;Fujioka, Tomoaki;Kaneko, Fumi;Kazama, Tomohiko;Mizuta, Yoko;Kawagishi-Kobayashi, Makiko;Tsutsumi, Nobuhiro;Kurata, Nori;Nakazono, Mikio;Watanabe, Masao
• 通讯作者: Watanabe, Masao