权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

リゾチームの部品モジュールの力学的安定性と柔らかさ

溶菌酶组分模块的机械稳定性和柔软度

基本信息

批准号：
05680576
负责人：
野口俊之
金额：
$ 1.15万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1993
资助国家：
日本
起止时间：
1993 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は次の問題を明らかにするために、リゾチームのモジュール構造の力学的性質を計算機実験により解析した。A.タンパク質の部品であるモジュールの立体構造は他のモジュールから切り離されたとき、それ自身で力学的に安定であり得るのだろうか、それとも、不安定なのであろうか?B.モジュールを部品としてタンパク質を組み立てるためには、モジュールの構造に適度な柔らかさが要求されるが、モジュールはどれ程柔軟であるのか?以下の結果が得られた:0.ニワトリ卵白リゾチームのモジュール構造:X線結晶解析によって得られた原子座標に基づいて、求心性プロファイルにより、10このモジュールが同定された。このリゾチームは、1983年に少なくも5つのモジュールからなることが明らかにされていたが、その時同定されたモジュール境界と今回のものとは一致している。1.モジュールの分子動力学:モジュールごとにX線結晶構造から出発して1ナノ秒の分子動力学計算を行なった。この計算機実験で、10このモジュールのうち7こがX線結晶構造と似た構造を保持した。このことから、問題Aに対する答えとして、モジュールの構造は自分自身内の原子間相互作用によって力学的に安定化されているとの結論を得た。2.分子動力学計算の軌跡を解析し、モジュール構造の柔らかさを調べた。単独モジュールのシミュレーション中の平均構造とタンパク質中での構造との間では、α炭素原子の平均2乗変位の平方(RMSD)は0.3〜0.5nm、平均構造からのRMSDは約0.1nmであった。このことは、モジュールは柔らかい部品であることを意味する。(問題Bの答え)3.リボヌクレーアーゼの一種であるbarnaseについても、同様の計算機実験を行い、同様の結果を得ている。以上の結果は、タンパク質がモジュールの組み合せにより進化してきたという描像、および、モジュールを単位とする新しいタンパク質工学の物理化学的基礎を与えたことになる。

In this paper, the mechanical properties of structures are analyzed by computer. A. The three-dimensional structure of the material is different from that of the mechanical stability of the material. B. The structure of the structure of the vehicle is flexible and flexible. The following results were obtained:0. X-ray crystallographic analysis, atomic coordinate analysis, 10. X-ray crystallographic analysis, atomic coordinate analysis. In 1983, the number of people in the world was reduced to five, and the number of people in the world was reduced to five. 1. Molecular Dynamics of the Crystal: X-ray Crystallization Structure Development 1. Molecular Dynamics Calculation The computer is running at 10 ° C and the X-ray crystal structure is maintained at 7 ° C. The structure of the structure is stabilized by the interaction between atoms in the structure itself. 2. Molecular dynamics calculation of trajectory analysis, structural flexibility adjustment The average structure of carbon atoms in the single-crystal structure is about 0.3 ~ 0.5 nm, and the average structure of carbon atoms is about 0.1 nm. This is the first time that I've seen you. (Answer to Question B)3. Select a barnase, the same computer implementation, the same result. The above results are the basis of physical chemistry of quality engineering.