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論理型言語によるタンパク質立体構造の記述法

如何用逻辑语言描述蛋白质3D结构

基本信息

批准号：
03266206
负责人：
野口俊之
金额：
$ 1.28万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-03266206/
关键词：
タンパク質立体構造論理型言語コンピュ-タ

项目摘要

コンピュ-タによる遺伝情報の解析において必要なタンパク質立体構造の記述法を論理型言語によって確立するための諸問題を明らかにし、その基礎をつくることを目的として研究を行なった。自体構造の記述言語の仕様を以下の様に決めた。立体構造の記述言語の基本仕様の概略:記述されるものは、デ-タ、要素、関係の3種類とする。デ-タはタンパク質構造についての情報であり、原子座標やアミノ酸配列等である。要素間の関係として構造を表現する。要素は、次の4種類とする。1)基本要素:原子、残基、ポリペプチド鎖、タンパク質、アミノ酸、アミノ酸の構成原子等。2)部分鎖:ポリペプチド鎖の一部。3)構造:要素とその間の関係で表されるもの。4)要素の集合。関係は次の3種類とする。1)要素とその属性との関係。2)構造を表わす関係。3)属性値間の関係や属性値とその関数値との関係。デ-タ、要素、関係はそれぞれ次のように表わす。デ-タは基本要素とその属性との関係としてファクトで表わす。基本要素は(プロロ-グの)アトムで、部分鎖および構造は複合項で、要素の集合はリストで表わす。関係は述語で表わす。そして構造はル-ルで定義する。上述した様にプロテインデ-タバンクの原子座標等のデ-タを、基本要素である原子、残基、ポリペプチド鎖、タンパク質のそれぞれとそれらの属性との関係であらわし、基本述語としてデ-タベ-スに登録した。デ-タベ-スの中から基本述語で書かれた目的のファクトを検索するの時間がかかる。この問題をまず解決する必要があることが明らかになった。

The analysis of genetic information is necessary for the description of qualitative three-dimensional structure, and the establishment of various problems is necessary for the purpose of research. Self-construction of the description of speech and the following decisions. A brief introduction to the basic description of three-dimensional structure speech: description of three types of speech, namely, speech, elements and relations. Information on the structure, atomic coordinates, acid alignment, etc. The relationship between elements and tectonic expression. Four types of elements are included. 1)Basic elements: atoms, residues, molecules, substances, acids, constituent atoms of acids, etc. 2)Partial lock: Select a partial lock. 3)Structure: the relationship between elements and elements. 4)The collection of elements. There are three types of relationships. 1)Elements and attributes and relationships. 2)The structure of the table is related. 3)The relationship between attribute values and the relationship between attribute values.デ-タ、要素、关系はそれぞれ次のように表わす。The relationship between the basic elements and the attributes of the system Basic elements are composed of elements, partial locks and structures, and elements are composed of elements. The relationship is expressed in terms of words. The definition of tectonics. The atomic coordinates, etc., of the above-mentioned elements are the basic elements, atoms, residues, molecules, substances, attributes, relationships, etc. The time for searching for information in the basic language is different from the time for searching. The problem is solved in the future.