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感潮域堆積物における硫酸還元菌の動態の核酸プローブによる解析

利用核酸探针分析潮汐沉积物中硫酸盐还原菌的动态

基本信息

批准号：
07680560
负责人：
滝井進
金额：
--
依托单位：
Tokyo Metropolitan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1995
资助国家：
日本
起止时间：
1995 至 1997
项目状态：
已结题

项目摘要

多摩川下流の塩分濃度の異なる4地点で底泥堆積物を採取し実験に用いた。新たに開発したハイドロキシアパタイトを用いるスピンカラム法によって底泥試料から核酸を抽出精製した。得られた核酸は分光学的検査から、有機物含量が多い底泥ほど純度の高い核酸が得られたが、いずれに底泥から得られた試料でも、その後のハイブリダイゼーションにはほぼ支障無く用いることができた。抽出した核酸をメンブランに固定し、放射性リンで標識した7種のオリゴヌクレオチド・プローブ(全細菌と硫酸還元菌の属または群特異的)とハイブリダイゼーションを行い、オートラジオグラフィー後、シグナルの強度をデンシトメーターで測定した。既知細菌種のRNA量とハイブリダイゼーションのシグナル強度との検量線から、全細菌、硫酸還元菌の各属のRNA量を求めた。底泥中の全細菌に占めるグラム陰性硫酸還元菌の比率は、塩分濃度が高くラジオトレーサー法で測定した硫酸還元速度の高い底泥で高い値を示した。底泥中に検出された主な硫酸還元菌はDesulfobulbus,Desulfobacterium,Desulfobacterの3属で、塩分濃度の低い地点の底泥ではDesulfobulbusが比較的多く、海洋性のDesulfobacterは検出されなかったが、塩分濃度の高い地点の底泥では、逆にDesulfobacterが優占する傾向を示した。調査したいずれの地点でも、培養法でよく検出されるDesulfovibrioが認められなかった点は注目される。以上の結果から、16SrRNAプローブを用いる定量的スロット・ブロット法は底泥中の活性のある硫酸還元菌の種類組成を属レベルで明らかにすることが可能な有力な手法であることが認められた。

Sediment deposits were collected from four sites with different concentrations of sediment in the lower reaches of the Tama River. The new method of extracting nucleic acid from sediment The content of organic matter in the sediment is higher than that in the sample. The nucleic acid extracted from the sample was immobilized, and the radioactivity was determined. Seven species of nucleic acid were identified. The nucleic acid was extracted from the sample. The nucleic acid was isolated from the sample. The RNA quantity of known bacterial species, total bacteria and sulfuric acid reducing bacteria were determined. The percentage of total bacteria in the sediment is higher than that of the negative sulfate reducing bacteria in the sediment. Desulfobacteria, Desulfobacteria and Desulfobacteria were found in sediments. Desulfobacteria with high concentrations tended to dominate the sediments at low concentrations. The investigation was carried out at the site, culture method, Desulfovibrio and other sites. The above results show that the activity of sulfate reducing bacteria in sediment is determined by quantitative analysis of 16SrRNA.