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ミトコンドリアDNA塩基配列から見た日本産肺吸虫属内の分子系統類縁関係

从线粒体 DNA 序列观察日本肺吸虫属内的分子系统发育关系

基本信息

批准号：
06670261
负责人：
吾妻健
金额：
$ 1.28万
依托单位：
Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1994
资助国家：
日本
起止时间：
1994 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-06670261/
关键词：
ミトコンドリアDNA PCR 塩基配列肺吸虫系統樹

项目摘要

日本産肺吸虫類の系統類縁関係については、まだ不明な点が多い。本研究では、進化の速度が速く、しかも母性遺伝する、ミトコンドリアDNAの塩基配列を用いて、可能な日本産肺吸虫の系統樹の作成を試みた。今回使用した種類は、ウエステルマン肺吸虫(対馬産:3倍体)、宮崎肺吸虫(南国産)、大平肺吸虫(城崎産)、佐渡肺吸虫(佐渡産)の4種である。まず、各サンプルは、TEバッファーでホモジナイズし、フェノール/クロロフォルムで2回、クロロフォルムで1回処理した後、エタノール沈殿により、DNAを回収した。回収したDNAはテンプレートとして、PCRを行なった。プライマーは、5′-TTT TTT GGG CAT CCT GAG GTT T-3′及び5′-TAA AGA AAG AAC ATA ATG AAA AT-3′である。PCRの条件は、95℃ 1分、50℃ 1分、72℃ 3分、30サイクルである。増幅したDNA断片はチトクロームCオキシダーゼサブユニットI(COI)領域の395ベースペアである。各増幅断片はpGem系のTAベクターにクローニングし、各種ごとに3クローンづつシーケンスを行なった。シーケンスは、ABIのダイプライマー法を用いて、ABI 373Aオートシーケンサーにより行なった。系統樹の作成は、Paupの最大節約法及びClustal Vの近隣接合法を用いて行なった。その結果、2つの異なる方法とも同じ結論に達した。即ち、大平肺吸虫と佐渡肺吸虫が一つのクラスターを形成し、次に宮崎肺吸虫がそのクラスターといっしょになり、ウエステルマン肺吸虫は、一番離れたグループであることが分かった。この結果はアイソザイム分析の結果と一致した。

The phylogenetic relationships of Paragonimus japonicum are unknown. In this study, the rate of evolution was increased, maternal inheritance was increased, gene alignment was improved, and the phylogenetic tree of Paragonimus japonicum was constructed. Four species of Paragonimus miyazaki, Paragonimus ohei and Paragonimus sado were used today. The first step of the process is to restore the DNA to the DNA. The DNA sequence was determined by PCR. 5′-TTT GGG CAT CCT GAG GTT T-3′ and 5′-TAA AGA AAG ATG AAA AT-3′PCR conditions: 95℃ 1 min, 50℃ 1 min, 72℃ 3 min, 30 ℃. The DNA fragment was amplified and the DNA fragment was isolated. Each amplitude fragment is divided into three parts: TA, TA ABI 373A is the best way to improve the quality of your products. System tree creation, Paup maximum node constitution and Clustal V neighbor connection law are used in the process. The result, the method and the conclusion are the same. That is to say, Paragonimus miyazakii and Paragonimus sado are formed in a single place, and Paragonimus miyazaki is formed in a single place, and Paragonimus miyazaki is formed in a single place. The results of this analysis are consistent.