ナシの低温要求性を評価するDNAマーカーの開発

开发DNA标记来评估梨的低温需求

• 批准号: 16H06984
• 负责人: 竹村 圭弘
• 金额: $ 1.91万
• 依托单位: Tottori University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-08-26 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16H06984/
• 关键词: 自発休眠; ナシ; 園芸学

自発休眠打破機構の解明および少低温要求性ニホンナシ品種の育成を目的として，少低温要求性タイワンナシ横山とニホンナシ系統TH3の後代であるF1およびF2個体群の自発休眠特性について調査を行った．その結果，低温要求量を決める遺伝要因として量的形質遺伝子座が存在すること，並びにF2個体群においても低温要求性の多少が異なる個体が存在することが明らかとなった．そこで，F2個体群から選抜した少低温要求性および多低温要求性個体を用いて，次世代シーケンサーによるRAD-Seq解析を行った．de novoアセンブリにより，1,981,120のcontigが得られた．コンティグ内での変異コールを行った結果，タイワンナシ横山とニホンナシ系統TH3との間で56,719の多型 ( SNPsやINDELs ) が同定され，そのうち横山のみが保有していた多型は23,083個，TH3のみが保有していた多型は8,803個であった．また，残りの多型の中からは少低温要求性F1個体がヘテロで保有する17,162個の多型を選抜した．さらに，両F2グループ間で得られたSNP-indexをもとに（index≧0.8）少低温要求性に関与する変異箇所の候補を50箇所に絞り込んだ．これらの変異箇所についてblastnによる解析を行ったところ，NAC-domain proteinをコードする遺伝子との高い相同性を示す領域が確認された．また，横山とTH3のコンセンサス配列をもとに作成した系統樹からは，横山の配列がセイヨウナシよりチュウゴクナシに近いという結果が得られた．これまでの解析では，横山のS遺伝子型の1対がセイヨウナシで多くみられるSe型であることを確認している．

To investigate the characteristics of self-dormancy in F1 and F2 populations of individuals with low low temperature requirements. As a result, the low temperature requirement is determined by the number of factors that affect the quality of the physical component and the number of different individuals that exist in the F2 population. In this case, the F2 population is selected from among the low temperature requirement individuals and the high temperature requirement individuals. The next generation is selected from among the low temperature requirement individuals and the RAD-Seq analysis is performed.de novo is selected from among the low temperature requirement individuals and 1,981,120 are selected from the low temperature requirement individuals. 56,719 SNPs and INDELs were identified in the system TH3, and 23,083 SNPs and 8,803 INDELs were identified in the system TH3. There are 17,162 polytypes in F1 individuals with low temperature requirements. The SNP-index (index ≥ 0.8) is the lowest temperature requirement and the lowest temperature requirement is the lowest temperature requirement and the lowest temperature requirement is the lowest temperature requirement. The NAC-domain protein was identified by the high identity of the protein. The system tree was created to match the position of Yokoyama TH3. The analysis of this problem shows that the S gene type of Yokoyama has 1 pair of pairs, and the S gene type of Yokoyama has 1 pair of pairs.

项目成果

RADseq analysis of genes related to chilling requirements for endodormancy breaking in pyrus plant

梨属植物休眠打破所需冷量相关基因的 RADseq 分析

• 发表时间: 2017
• 作者: Yoshihiro Takemura;Yoji Shida;Katsuou Kuroki;Keisuke Tanaka;Shunsuke Yajima;Fumio Tamura
• 通讯作者: Fumio Tamura

ナシの低温要求性に関与する遺伝子のRAD-Seq解析

梨冷需求相关基因的RAD-Seq分析

• 发表时间: 2016
• 作者: Yoshihiro Takemura;Yoji Shida;Katsuou Kuroki;Keisuke Tanaka;Shunsuke Yajima;Fumio Tamura;竹村圭弘・志田曜司・稲本俊彦・荒木駿吾・竹内ゆかり・黒木克翁・田村文男
• 通讯作者: 竹村圭弘・志田曜司・稲本俊彦・荒木駿吾・竹内ゆかり・黒木克翁・田村文男