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A modular strategy to construct functional RNA-protein complexes

构建功能性RNA-蛋白质复合物的模块化策略

基本信息

批准号：
20241051
负责人：
MORII Takashi
金额：
$ 31.62万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2011
项目状态：
已结题

项目摘要

A stable complex of a peptide and RNA, ribonucleopeptide(RNP), provides a new framework to construct a macromolecular receptor for small molecules. The RRE RNA and the Rev peptide form a structurally well-characterized stable RNP complex that is suitable for a stepwise functionalization. In vitro selection of the RNP pool originating from an RRE-based RNA library and the Rev peptide affords RNP receptors specific for nucleotide triphosphates, for a phosphotyrosine residue in defined amino acid sequence, and for dopamine. A new ATP-binding motif for the ATP-binding RNP was characterized by a combination of biochemical and NMR studies. The RNP receptor functionalized by a fluorophore-labeled Rev peptide exerts optical signals associated with the ligand binding events. Replacing the Rev peptide of the ATP-binding RNP with a fluorophore-modified Rev peptide affords a series of fluorescent ATP sensors. This strategy to generate tailor-made fluorescent sensors is applied for a selective detection of a specific phosphorylated tyrosine residue within a defined amino acid sequence.

核糖核肽（ribonucleopeptide，RNP）是一种稳定的肽与RNA复合物，为构建小分子的大分子受体提供了新的框架。RRE RNA和Rev肽形成结构良好表征的稳定RNP复合物，其适合于逐步官能化。源自基于RRE的RNA文库和Rev肽的RNP池的体外选择提供了对核苷酸三磷酸、对限定氨基酸序列中的磷酸酪氨酸残基和对多巴胺具有特异性的RNP受体。一个新的ATP结合基序的ATP结合RNP的特点是结合生物化学和NMR研究。由荧光团标记的Rev肽功能化的RNP受体施加与配体结合事件相关的光学信号。用荧光团修饰的Rev肽取代ATP结合RNP的Rev肽提供了一系列荧光ATP传感器。这种生成定制荧光传感器的策略被应用于选择性检测特定氨基酸序列内的特定磷酸化酪氨酸残基。

项目成果

期刊论文数量（48）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Modular Functionalization of Ribonucleopeptide AssembliesModular Functionalization of Ribonucleopeptide Assemblies

核糖核酸肽组件的模块化功能化核糖核酸肽组件的模块化功能化

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
河本尋子;重川希志依;田中聡;後藤允・木島正明・鈴木輝好;Takashi Morii
通讯作者：
Takashi Morii

A modular strategy for tailoringfunctional ribonucleopeptide complexes.

用于定制功能性核糖核酸肽复合物的模块化策略。

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yokogawa M;Kaneko S;Isagi Y;Takashi Morii
通讯作者：
Takashi Morii

Design strategies of fluorescent biosensors based on biological macromolecular receptors.

DOI：
10.3390/s100201355
发表时间：
2010
期刊：
Sensors (Basel, Switzerland)
影响因子：
0
作者：
Tainaka K;Sakaguchi R;Hayashi H;Nakano S;Liew FF;Morii T
通讯作者：
Morii T

Design of environmentally sensitive fluorescent 2'-deoxyguanosine containing arylethynyl moieties: distinction of thymine base by base-discriminating fluorescent (BDF) probe.

DOI：
10.1016/j.bmcl.2010.03.055
发表时间：
2010-05
期刊：
Bioorganic & medicinal chemistry letters
影响因子：
2.7
作者：
Y. Shinohara;Katsuhiko Matsumoto;Kenji Kugenuma;T. Morii;Yoshio Saito;I. Saito
通讯作者：
Y. Shinohara;Katsuhiko Matsumoto;Kenji Kugenuma;T. Morii;Yoshio Saito;I. Saito

A Modular Strategy for Tailoring Fluorescent Biosensors from Ribonucleopeptides

从核糖核酸肽定制荧光生物传感器的模块化策略