Theoretical Analyses on Interactions between GPCR and Ligand Compounds with Fragment Method

片段法理论分析GPCR与配体化合物的相互作用

• 批准号: 21890292
• 负责人: 下堂 靖代
• 金额: $ 1.48万
• 依托单位: Yasuda Women's University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21890292/
• 关键词: 医薬分子設計; 計算科学; 生体分子; 蛋白質; 相互作用解析; 創薬; 計算化学; Gタンパク質共役受容体; リガンド化合物; 電子状態計算

The interaction energies between the amino acid residues inβadrenergic receptors and ligand compounds were analyzed with Fragment Density Functional Theory (FDFT), to assign active sites of these complexes. The strongly attractive interactions between the ligands and ASP at the same positions of the respectiveβ1,β2,β3receptors, were observed. Furthermore, SER at the same positions attractively interacted with the agonists, but hardly with the antagonists. The interaction energies between the SER and the agonists were found to be corresponding to the EC50 values. Therefore, it was concluded that the ASP and SER in the receptors were the major binding and active sites, respectively.

用碎片密度功能理论（FDFT）分析了氨基酸之间的相互作用能保持β肾上腺素受体和配体化合物，以分配这些复合物的活性位点。在相对β1，β2，β3受体的相同位置处的配体和ASP之间的强烈吸引人的相互作用。此外，在相同位置的SER与激动剂相互作用，但与拮抗剂几乎没有。发现Ser和激动剂之间的相互作用能与EC50值相对应。因此，得出的结论是，接收器中的ASP和SER分别是主要的结合和活性位点。

项目成果

フラグメント法によるβアドレナリン受容体-リガンド複合体の相互作用解析

使用片段法分析β-肾上腺素受体-配体复合物的相互作用

• 发表时间: 2010
• 作者: 下堂靖代

フラグメント法によるβアドレナリン受容体-リガンド複合体の相互作用解折

使用片段法分析β-肾上腺素受体-配体复合物的相互作用

• 发表时间: 2010
• 作者: 下堂靖代;下堂靖代
• 通讯作者: 下堂靖代