Theoretical Analyses on Interactions between GPCR and Ligand Compounds with Fragment Method

片段法理论分析GPCR与配体化合物的相互作用

• 批准号: 21890292
• 负责人: 下堂 靖代
• 金额: $ 1.48万
• 依托单位: Yasuda Women's University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21890292/
• 关键词: 医薬分子設計; 計算科学; 生体分子; 蛋白質; 相互作用解析; 創薬; 計算化学; Gタンパク質共役受容体; リガンド化合物; 電子状態計算

The interaction energies between the amino acid residues inβadrenergic receptors and ligand compounds were analyzed with Fragment Density Functional Theory (FDFT), to assign active sites of these complexes. The strongly attractive interactions between the ligands and ASP at the same positions of the respectiveβ1,β2,β3receptors, were observed. Furthermore, SER at the same positions attractively interacted with the agonists, but hardly with the antagonists. The interaction energies between the SER and the agonists were found to be corresponding to the EC50 values. Therefore, it was concluded that the ASP and SER in the receptors were the major binding and active sites, respectively.

用片段密度泛函理论分析了β肾上腺素能受体中氨基酸残基与配体化合物的相互作用能，并对其活性中心进行了归属。在β-1、β-2、β-3受体的相同位置观察到配体与天冬氨酸的强相互作用。此外，在相同的位置，SER与激动剂有很好的相互作用，但与拮抗剂几乎没有作用。SER与激动剂之间的相互作用能与EC50值相对应。因此，受体中的天冬氨酸和SER分别是主要的结合部位和活性部位。

项目成果

フラグメント法によるβアドレナリン受容体-リガンド複合体の相互作用解析

使用片段法分析β-肾上腺素受体-配体复合物的相互作用

• 发表时间: 2010
• 作者: 下堂靖代

フラグメント法によるβアドレナリン受容体-リガンド複合体の相互作用解折

使用片段法分析β-肾上腺素受体-配体复合物的相互作用

• 发表时间: 2010
• 作者: 下堂靖代;下堂靖代
• 通讯作者: 下堂靖代