時系列データから解き明かすカンキツ果実の成熟システムとゲノミック選抜技術の開発

从时间序列数据阐明柑橘类水果成熟系统和基因组选择技术的开发

• 批准号: 22K20577
• 负责人: 南川 舞
• 金额: $ 1.83万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-08-31 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K20577/
• 关键词: カンキツ; ゲノミック選抜

農研機構で収集されたカンキツ品種群の果実横断面の画像から抽出された果実形態の情報を用いてゲノミック予測（GP）とゲノムワイド関連解析（GWAS）を行い、果実形態に対するゲノム育種の可能性を評価した。12月時点の画像から抽出された果実形態の情報を解析に用いた場合、果実面積、果実半径、果肉色、フラベド色、アルベドの厚さ、アルベド面積については高いGP精度を示し、これらの果実形態は高い精度でゲノミック選抜（GS）を行える可能性を示した。育種家によって達観的に評価された種子の多少（階級値）と画像解析によって定量的に評価された種子数（連続値）についてGP精度を比較したところ、両者は同等の予測精度を示した。GWASでは、果実面積、果実半径、種子数、フラベド色、果肉面積とそれぞれ有意な関連を示す一塩基多型を検出することができた。これらは従来のマーカー利用選抜（MAS）用のマーカーとしても利用できる可能性がある。育種家によって達観的に評価された種子の多少（階級値）と画像解析によって定量的に評価された種子数（連続値）のGWASを比較したところ、後者のみで有意な関連領域が検出された。また、複数の時点でカンキツのさまざまな器官（フラベド、アルベド、果肉など）のサンプリングを行った。複数のRNA抽出方法を比較し、カンキツ各器官のRNAを効率良く抽出する方法を見出すことができた。この方法により抽出したRNAを用いてRNA-seqを実施した。

Agricultural research institutions collect fruit cross sections of fruit groups, extract fruit morphology information, and evaluate the possibility of breeding for fruit morphology. In December, when the information of fruit shape is analyzed, the application situation, fruit area, fruit radius, flesh color, color, thickness, area, and GP accuracy are indicated, and the possibility of selection (GS) is indicated. The number of seeds evaluated by breeders (class value) and the number of seeds evaluated quantitatively (continuous value) are compared with the accuracy of prediction. GWAS, fruit area, fruit radius, seed number, color, pulp area, and intentional correlation show that there are multiple types of fruit.これらは従来のマーカー利用选抜（MAS）用のマーカーとしても利用できる可能性がある。The number of seeds evaluated by breeders (class value) and the number of seeds evaluated quantitatively (continuous value) and the number of seeds evaluated by breeders (continuous value) are compared with each other. The number of points of time is equal to the number of points of time. A number of RNA extraction methods were compared, and the RNA efficiency of various organs was improved. This method was used to extract RNA from the genome.

项目成果

異なるジェノタイピングツールにより得られたリンゴマーカー遺伝子型の統合とゲノミック予測モデルの構築

不同基因分型工具获得的苹果标记基因型的整合及基因组预测模型的构建

• 发表时间: 2022
• 作者: 南川舞;國久美由紀;森谷茂樹;阿部和幸;稲森稔;岩田洋佳
• 通讯作者: 岩田洋佳

Development of a Genome Resource for Table Grape Breeding and Its Application to Selection Technology

鲜食葡萄育种基因组资源的开发及其在选育技术中的应用

• 发表时间: 2023
• 作者: Fumiya Taniguchi;Akifumi Azuma;Sachiko Isobe;Kenta Shirasawa;Mai F. Minamikawa;Hideki Hirakawa;Toshihiro Saito;Takeo Shimizu;Noriyuki Onoue;Ryusuke Matsuzaki;Ryotaro Nishimura;Fumiko Hosaka;Hiroyoshi Iwata
• 通讯作者: Hiroyoshi Iwata

‘シャインマスカット’の両親系統の交配に由来するブドウF1集団を用いたデータ駆動型育種の可能性評価

使用“阳光马斯喀特”亲本系杂交衍生的葡萄 F1 群体进行数据驱动育种的可行性评估

• 发表时间: 2023
• 作者: 南川舞;稲森稔;谷口郁也;東暁史;清水健雄;磯部祥子;白澤健太;岩田洋佳
• 通讯作者: 岩田洋佳

データ駆動型育種とそれを利用するためのプラットフォームシステムの開発

数据驱动的育种和利用它的平台系统的开发

• 发表时间: 2022
• 期刊: JATAFFジャーナル
• 作者: 岩田 洋佳;南川 舞;磯部 祥子;本多 潔
• 通讯作者: 本多 潔

形態形成制御遺伝子を導入したタバコ組換え細胞の分化反応の解析

引入形态发生控制基因的重组烟草细胞的分化反应分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 佐藤優加;南川舞;Berbudi B Pratama;井川智子
• 通讯作者: 井川智子