がんの個別化医療に向けた次世代インタラクトーム解析

个性化癌症医学的下一代相互作用组分析

• 批准号: 25893037
• 负责人: 西川 純一
• 金额: $ 1.75万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-08-30 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-25893037/
• 关键词: インタラクトーム; in vitro virus; 次世代シーケンサ; 個別化医療; がん

我々はこれまでに、タンパク質とその遺伝情報をコードするmRNA がピューロマイシンを介して結合した分子（IVV: in vitro virus）と次世代シーケンサを組み合わせることで、タンパク質間相互作用（PPI）データの信頼性と網羅性を飛躍的に改善した、高精度なインタラクトーム解析技術を開発してきた。しかし、上述の方法を用いてPPIを解析する場合、個別に餌となるタンパク質（ベイト）の調製を必要とするため、細胞内の全PPIを解析することは困難である。がんの多様性を理解するためには、個々のがん細胞内でおこる全てのPPI 解析を行うことが重要である。本研究で開発している新たな方法（IVVスクエア法）では、IVV分子どうしの相互作用を検出することで、細胞内でおこるの全てのPPIを１本の試験管の中で同時に解析できる。その結果、がん細胞内の全PPIを一挙に解析することが可能となる。平成25年度は、IVVスクエア法の基盤技術である、IVV分子―IVV分子複合体をオイル中に存在する各水滴内に１分子ずつ封入し、その中でPCRを行うことで分子間相互作用を検出する方法（エマルジョンPCR法）の技術確立を目指した。まず、エマルジョンPCRによる解析を想定した予備的な実験を詳細に行った。これまでに、いくつかのモデルタンパク質ペアを用いて解析を行い、それらのIVV分子どうしが相互作用することを確認した。また、モデルタンパク質ペアと、それらと相互作用しないコントロールタンパク質を用いて、IVVによる分子選択実験を行い、目的の分子どうしが相互作用すること、さらにその相互作用がコントロールと比較して30倍以上の濃縮効率を示すことを確認した。現在は、エマルジョン内での目的のIVV分子どうしの相互作用を検出するための条件を詳細に検討している。

I 々 は こ れ ま で に, タ ン パ ク qualitative と そ の heritage 伝 intelligence を コ ー ド す る mRNA が ピ ュ ー ロ マ イ シ ン を interface し て combining し た molecule (IVV: The in vitro virus get) と nextgen シ ー ケ ン サ を group み close わ せ る こ と で, タ ン パ ク qualitative interaction (PPI) between デ ー タ の letter 頼 sexual と snare を leap に improve し た, high precision な イ ン タ ラ ク ト ー ム parsing techniques を open 発 し て き た. し か し, method of the above の を with い て PPI を parsing す る occasions, individual に bait と な る タ ン パ ク mass (ベ イ ト) の modulation を necessary と す る た め, intracellular の PPI を parsing す る こ と は difficult で あ る. が ん の multiple others understand を す る た め に は, a 々 の が ん intracellular で お こ る full て の PPI resolution を line う こ と が important で あ る. This research で open 発 し て い る new た な method (IVV ス ク エ ア method) で は, IVV molecular ど う し の interaction を 検 out す る こ と で, intracellular で お こ る の full て の PPI を this の で に analytical at the same time in the test tube の で き る. Youdaoplaceholder0 そ result, がん intracellular <s:1> total PPIを - 挙に analysis する となる とが とが possible となる. 25 year は pp.47-53, IVV ス ク エ の ア method base plate technology で あ る, IVV molecular - IVV molecular complex を オ イ ル に exist す る に 1 in every water molecule ず つ し, sealed そ の う で PCR を line of こ と で intermolecular interactions を 検 out す る method (エ マ ル ジ ョ ン PCR method) の technology to establish を refers し た. ま ず, エ マ ル ジ ョ ン PCR に よ る parsing を scenarios し た reserve of な be 験 を detailed line に っ た. こ れ ま で に, い く つ か の モ デ ル タ ン パ ク qualitative ペ ア を with い て parsing を い, そ れ ら の IVV molecular ど う し が interaction す る こ と を confirm し た. ま た, モ デ ル タ ン パ ク qualitative ペ ア と, そ れ ら と interaction し な い コ ン ト ロ ー ル タ ン パ ク qualitative を with い て, IVV に よ る molecular sentaku be 験 を line い, purpose の molecular ど う し が interaction す る こ と, さ ら に そ の interaction が コ ン ト ロ ー ル と compare し て rate of more than 30 times の enrichment sharper を shown す こ と を confirm し た. Now は, エ マ ル ジ ョ ン within で の purpose の IVV molecular ど う し の interaction を 検 out す る た め を の conditions detailed に beg し 検 て い る.

项目成果

次世代の個の医療に向けたIVVスクエア法を基盤としたケミカルインタラクトーム技術の開発

基于IVV平方方法的化学相互作用组技术开发用于下一代个性化医疗

• 发表时间: 2013
• 作者: 西川純一;佐々木啓孝;大橋広行;平井直也;與儀琢也;宮本悦子
• 通讯作者: 宮本悦子

次世代の個の医療に向けたケミカルノックダウン法を基盤とした標的たんぱく質制御技術の開発

开发基于化学敲除方法的靶向蛋白控制技术，用于下一代个性化医疗

• 发表时间: 2013
• 作者: 佐々木 啓孝; 西川 純一; 内海 典之; 大橋 広行; 平井 直也; 與儀 琢也; 堤 邦彦; 宮本 悦子
• 通讯作者: 宮本 悦子

次世代の個の医療に向けたがんオミクス解析による標的たんぱく質抽出と分子標的薬の設計

通过癌症组学分析进行靶向蛋白质提取和分子靶向药物设计，以实现下一代个性化医疗

• 发表时间: 2013
• 作者: 西川純一;佐々木啓孝;大橋広行;平井直也;與儀琢也;清水孝恒;山口類;井元清哉;鷲尾尊規;山下辰博;佐谷秀行;宮野悟;宮本悦子
• 通讯作者: 宮本悦子

インタラクトームが拓くパーソナル医療への展開

Intertome开发的个人医疗的发展

• 发表时间: 2013
• 期刊: 実験医学増刊号「ゲノム医学・生命科学研究 総集編」
• 作者: 宮本悦子;西川純一
• 通讯作者: 西川純一

IVV square: a whole-cell interactome analysis toward personalized medicine

IVV square：针对个性化医疗的全细胞相互作用组分析

• 发表时间: 2013
• 作者: J. Nishikawa;T. Shimizu;S. Imoto;R. Yamaguchi;H. Saya;S. Miyano;and E. Miyamoto-Sato
• 通讯作者: and E. Miyamoto-Sato