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The construction of rapid algorithms for constructing molecular phylogenetic trees based on the principles of metaheuristic algorithms

基于元启发式算法原理构建分子系统发育树的快速算法的构建

基本信息

批准号：
15500195
负责人：
NAKAMURA Masataka
金额：
$ 2.11万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2005
项目状态：
已结题

项目摘要

There are two main types of algorithms for constructing molecular phylogenetic trees. The first is those based on the distance matrix, while the other tries to search for an optimal binary tree under minimizing or maximizing given objective functions. The Maximum Parsimony, the Maximum-Liklihood, and the Minimum mean square are the typical examples of the latter Algorithms.Although it is an intractable problem to find an optimal solution in the huge feasible solution space in the second cases, they have not ever realized the importance of the strategy for how to overcome the hugeness of the solution spaces, and have never investigated the methods of local searches. As a result, they neglect the possibility of finding better solutions other than those in the neighborhood of the greedily chosen initial solution.We assert here that the so-called methaheuristic algorithms do work well in the above procedures of local searches. And actually, we have shown from the simulations that Tabu search, one of the well-known methaheuristic algorithms, greatly contribute the expand the traverse of the local search trails.

构建分子系统发育树的算法主要有两种类型。第一个是基于距离矩阵的，而另一个则尝试在最小化或最大化给定目标函数的情况下搜索最优二叉树。最大简约法、最大似然法和最小均方法是后一种算法的典型例子。尽管在第二种情况下在巨大的可行解空间中寻找最优解是一个棘手的问题，但他们没有意识到如何克服解空间巨大的策略的重要性，也从未研究过局部搜索的方法。结果，他们忽略了除了贪婪选择的初始解的邻域之外找到更好解的可能性。我们在这里断言，所谓的方法启发式算法在上述局部搜索过程中确实工作得很好。实际上，我们从模拟中表明，禁忌搜索作为一种著名的启发式算法，极大地促进了局部搜索路径的遍历。

项目成果

期刊论文数量（12）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Abstracts of the 6th symposium of Society of Evolutionary Studies of JAPAN

日本进化学会第六次研讨会摘要

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
Improving evolutionary free algorthms applying the principles of metahevristic approachies
影响因子：
0
作者：
中村政隆;中村政隆;M.Nakamura;M.Nakamura
通讯作者：
M.Nakamura

分子系統樹構築アルゴリズムをメタヒューリスティックアルゴリズムの観点から考える

从元启发算法角度思考分子系统发育树构建算法