权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

Research on data mining from protein structure databases

蛋白质结构数据库数据挖掘研究

基本信息

批准号：
15500197
负责人：
OHKAWA Takenao
金额：
$ 2.37万
依托单位：
Kobe University (2005)Osaka University (2003-2004)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2005
项目状态：
已结题

项目摘要

We have developed some methods of assisting knowledge discovery from protein structure database, which include three-dimensional data processing, structure data mining, text mining, and information filtering for protein functional analysis.1. Profile extraction from protein structure data and its application to retrieval of protein with similar interactionSince function of a protein depends on the interaction in its local site, a profile is automatically generated from information of location and properties of atoms in the interaction sites of proteins with the same interaction. Profile-based retrieval method has also been explored, in which the pattern matching between generated profile and protein structure data is introduced.2. Surface motif discovery from protein surface dataA method of mining protein molecular surface database for extracting surface motifs, which are patterns of shape and physical properties that commonly appear in protein molecular surfaces, has been proposed. We also have proposed a method of filtering surface motifs by using TF-IDF evaluation and negative instances of interaction sites.3. Protein functional information extraction from literature by using structure dataA method of extracting protein functional information from literature related to protein structure analysis has been proposed. In this method, interaction-related sentences are selected by using distance between protein and its partner based on structure data, and then, functional information is extracted by text processing and iterative learning using feedback information from the operator.

研究了从蛋白质结构数据库中辅助知识发现的方法，包括三维数据处理、结构数据挖掘、文本挖掘和蛋白质功能分析信息过滤.从蛋白质结构数据中提取轮廓及其在相似相互作用蛋白质检索中的应用由于蛋白质的功能依赖于其局部位点的相互作用，因此轮廓是根据具有相同相互作用的蛋白质的相互作用位点中原子的位置和性质信息自动生成的。研究了基于模板的蛋白质结构检索方法，将模板与蛋白质结构数据进行模式匹配.从蛋白质表面数据中发现表面模体提出了一种挖掘蛋白质分子表面数据库的方法，用于提取表面模体，即蛋白质分子表面常见的形状和物理性质的模式。提出了一种基于TF-IDF评价和交互点负面实例的表面主题过滤方法.利用结构数据从文献中提取蛋白质功能信息提出了一种从与蛋白质结构分析相关的文献中提取蛋白质功能信息的方法。在该方法中，基于结构数据，利用蛋白质与其配偶体之间的距离选择相互作用相关的句子，然后通过文本处理和迭代学习，利用算子反馈信息提取功能信息。

项目成果

期刊论文数量（32）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

SUMOMO : A Protein Surface Motif Mining Module

SUMOMO：蛋白质表面基序挖掘模块

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
International Journal of Computational Intelligence and Applications Vol.5, No.4
影响因子：
0
作者：
兼田佳和;Md.Ahaduzzaman Munna;大川剛直;N.L.Shrestha
通讯作者：
N.L.Shrestha

類似表面結合処理の分割による蛋白質分子表面モチーフ抽出の並列化方式

划分相似表面结合处理的蛋白质分子表面基序提取的并行化方法

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用 Vol.47,No.SIG 1
影响因子：
0
作者：
清水穣
通讯作者：
清水穣

A Method for Extracting Sentences Related to Protein Interaction from Literature using a Structure Database

一种利用结构数据库从文献中提取蛋白质相互作用相关句子的方法

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Proceedings of Second Workshop on Data Mining and Text Mining for Bioinformatics
影响因子：
0
作者：
Yoshikazu Kaneta;Md.Ahaduzzaman Munna;Takenao;Ohkawa
通讯作者：
Ohkawa

Kenji Inoue, Yusuke Nonomura, Takenao Ohkawa: "Protein Molecular Surface Retrieval System by Constructing Logical Clusters on GRID"Proceedings of 5th International Conference on Computational Biology and Genome Informatics. 919-922 (2003)

Kenji Inoue、Yusuke Nonomura、Takenao Ohkawa：“通过在 GRID 上构建逻辑簇的蛋白质分子表面检索系统”第五届国际计算生物学和基因组信息学会议论文集。