Hybrid data mining for discovery of knowledge about protein functions

用于发现蛋白质功能知识的混合数据挖掘

• 批准号: 21500139
• 负责人: OHKAWA Takenao
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21500139/
• 关键词: 知識発見; データマイニング; バイオインフォマティクス; バイオデータ処理; 情報抽出

Several methods for hybrid data mining from the various types of data such as the protein 3D structure data, the network data(e. g. protein-protein interaction data and metabolic pathways), and the text data describing the results of the protein structure analysis have been proposed. Applications to the knowledge discovery of protein functions, which include prediction of the protein functional sites, information extraction from the biomedical articles, retrieval of similar articles considering user's aspect, and classification of organisms from the viewpoint of the biological function, have been developed based on the proposed data mining methods.

从蛋白质的三维结构数据、网络数据（如蛋白质数据）、遗传算法数据等不同类型的数据中进行混合数据挖掘的几种方法。G.蛋白质-蛋白质相互作用数据和代谢途径），以及描述蛋白质结构分析结果的文本数据。基于所提出的数据挖掘方法，在蛋白质功能的知识发现中进行了应用，包括蛋白质功能位点的预测、生物医学文献的信息提取、考虑用户方面的相似文献检索以及从生物功能的角度对生物体进行分类等。

项目成果

タンパク質の立体構造情報と類似部分グラフマイニングを利用した結合部位の自動抽出に関する研究

利用蛋白质3D结构信息自动提取结合位点及相似子图挖掘研究

• 发表时间: 2011
• 作者: 文字宏之;大川剛直
• 通讯作者: 大川剛直

内部および外部重みを考慮した頻出部分グラフマイニング

考虑内部和外部权重的频繁子图挖掘

• 发表时间: 2010
• 期刊: 情報処理学会論文誌:データベース
• 作者: 信田正樹;尾崎知伸;大川剛直
• 通讯作者: 大川剛直

Selection of effective sentences from a corpus to improve the accuracy of identification of protein names

从语料库中筛选有效句子，提高蛋白质名称识别的准确性

• 发表时间: 2009
• 期刊: IPSJ Transactions on Bioinformatics
• 作者: Kazunori Miyanishi;Tomonobu Ozaki;and Takenao Ohkawa
• 通讯作者: and Takenao Ohkawa

A Method of Extracting Sentences Containing Protein Function Information from Articles by Iterative Learning with Feature Update

• DOI: 10.1007/978-3-642-38342-7_8
• 发表时间: 2012-07
• 作者: Kazunori Miyanishi;T. Ohkawa

ユーザフィードバックに基づく訓練データ拡張を伴う蛋白質機能情報文抽出に関する研究

基于用户反馈的训练数据扩展蛋白质功能信息语句提取研究

• 发表时间: 2010
• 作者: 宮西一徳;尾崎知伸;大川剛直
• 通讯作者: 大川剛直