Structural basis of the neutral sphingomyelinase to understand the lipid raft

中性鞘磷脂酶的结构基础了解脂筏

基本信息

  • 批准号:
    17590256
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.3万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2005
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2005 至 2006
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Sphingomyelinase (SMase) from Bacillus cereus (Bc-SMase) hydrolyzes sphingomyelin to phosphocholine and ceramide in a divalent metal ion-dependent manner. Bc-SMase is a homologue of mammalian neutral SMase (nSMase) and mimics the actions of the endogenous mammalian nSMase in causing differentiation, development, aging, and apoptosis. Thus Bc-SMase may be a good model for the poorly characterized mammalian nSMase. The metal ion activation of sphingomyelinase activity of Bc-SMase was in the order Co2+ > or = Mn2+ > or = Mg2+ >> Ca2+ > or = Sr2+. The first crystal structures of Bc-SMase bound to Co2+, Mg2+, or Ca2+ were determined. The water-bridged double divalent metal ions at the center of the cleft in both the Co2+-and Mg2+-bound forms were concluded to be the catalytic architecture required for sphingomyelinase activity. In contrast, the architecture of Ca2+ binding at the site showed only one binding site. A further single metal-binding site exists at one side edge of the cleft. Based on the highly conserved nature of the residues of the binding sites, the crystal structure of Bc-SMase with bound Mg2+ or Co2+ may provide a common structural framework applicable to phosphohydrolases belonging to the DNase I-like folding superfamily. In addition, the structural features and site-directed mutagenesis suggest that the specific beta-hairpin with the aromatic amino acid residues participates in binding to the membrane-bound sphingomyelin substrate.
来自蜡状芽孢杆菌的鞘磷脂酶(Bc-SMase)以二价金属离子依赖的方式将鞘磷脂水解为磷酸胆碱和神经酰胺。Bc-SMase是哺乳动物中性SMase(nSMase)的同源物,并且模拟内源性哺乳动物nSMase在引起分化、发育、老化和凋亡中的作用。因此,Bc-SMase可能是一个很好的模型,为穷人的特点哺乳动物nSMase。金属离子对Bc-SMase鞘磷脂酶活性的激活作用顺序为Co ~(2+)>或= Mn ~(2+)>或= Mg ~(2+)>> Ca ~(2+)>或= Sr ~(2+)。测定了与Co ~(2+)、Mg ~(2+)或Ca ~(2+)结合的Bc-SMase的一级晶体结构。水桥接的双二价金属离子在两个Co2+-和Mg 2 +-结合形式的裂缝中心的结论是鞘磷脂酶活性所需的催化架构。与此相反,在该网站的Ca 2+结合的架构显示只有一个结合位点。另一个单一的金属结合位点存在于裂缝的一侧边缘。基于结合位点残基的高度保守性质,具有结合的Mg 2+或Co 2+的Bc-SMase的晶体结构可以提供适用于属于DNase I样折叠超家族的磷酸水解酶的共同结构框架。此外,结构特征和定点突变表明,具有芳香族氨基酸残基的特异性β-发夹参与与膜结合鞘磷脂底物的结合。

项目成果

期刊论文数量(30)
专著数量(0)
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会议论文数量(0)
专利数量(0)
Structure of a Hyperthermophilic Archaeal Homing Endonuclease(Hease),I-Tsp061I : Contribution of Cross-domain Polar Networks to Thermostability.
超嗜热古菌归巢核酸内切酶(Hease)的结构,I-Tsp061I:跨域极性网络对热稳定性的贡献。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2006
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Nakayama H.;等
  • 通讯作者:
Structure of a Hyperthermophilic Archaeal Homing Endonucleas e (Hease), I-Tsp061I : Contribution of Cross-domain Polar Networks to Thermostability.
超嗜热古菌归巢核酸内切酶 e (Hease) 的结构,I-Tsp061I:跨域极性网络对热稳定性的贡献。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2006
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Tanito M;et al.;Nakayama H. et al.
  • 通讯作者:
    Nakayama H. et al.
Crystal structure of human D-amino acid oxidase-context-dependent variability of the backbone conformation of the hydrophobic stretch, VAAGL, located at the si-face of the flavin ring.
位于黄素环 si 面的疏水延伸段 VAAGL 的主链构象的人 D-氨基酸氧化酶晶体结构的上下文依赖性变异性。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2006
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Kawazoe R.;et al.
  • 通讯作者:
    et al.
The first crystal structure of hyperthermostable NAD-dependent glutamate dehydrogenase from Pyrobaculum islandicum
  • DOI:
    10.1016/j.jmb.2004.10.063
  • 发表时间:
    2005-01-14
  • 期刊:
  • 影响因子:
    5.6
  • 作者:
    Bhuiya, MW;Sakuraba, H;Tsuge, H
  • 通讯作者:
    Tsuge, H
新規ジフラビン脱水素酵素ファミリー : FAD, FMN, ATP結合L-プロリン脱水素酵素複合体の構造と機能
新型双黄素脱氢酶家族:FAD、FMN 和 ATP 结合 L-脯氨酸脱氢酶复合物的结构和功能
  • DOI:
  • 发表时间:
    2006
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    津下英明;等
  • 通讯作者:
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