Development of functional SNPs of crops and its application for identification of useful genes

遺伝子機能に直接的に影響を及ぼしうる「機能的SNP」を多様な作物について明らかにし、次世代シークエンサーから得られる膨大な量のSNPの中から形質に関連性があると考えられるものを絞り込むことで、原因遺伝子の同定を目指す。さらに、優良形質などの選抜の高精度化を行い、育種の効率化を図るため、本研究では「機能的SNP」に関する情報基盤の整備を行なう。総務省統計局で公表されている作付面積と収穫量が多い31植物種を含むNCBIから入手した201植物種のゲノムデータのうち、遺伝子配列が公開されている119種について、UniProtKB、Araport、EggNOGに対する配列相同性解析を行い、トップヒットを得た。さらに、RGAuguryを用いてストレス耐性遺伝子候補を調べ、得られた情報をアノテーション表に集約している。残りの82種についてのゲノム配列は公開されているが、遺伝子配列が公開されていないため、簡便かつ迅速、高精度な遺伝子予測手法を検討した。「機能的SNP」の開発に関しては、これまでビーズアレイを用いて「機能的SNP」を開発したトマトを対象として開始し、SNPアノテーションを行った。次に、現在、解読を進めている高精度なホウレンソウについて「機能的SNP」を明らかにし、ウイルス抵抗性遺伝子の原因遺伝子の同定を試みる。一方、キュウリモザイクウイルス黄斑系（CMV-Y）に対する抵抗性系統と感受性系統に対する接種試験を行ない、「機能的SNP」の有用性を調べる。そのために、まずは、CMV-Y抵抗性形質が分離する系統03-009の抵抗性株および感受性株それぞれ20個体のゲノムDNAをバルク化し、リシークエンスデータを取得した。

遺伝子機能に直接的に影響を及ぼしうる「機能的SNP」を多様な作物について明らかにし、次世代シークエンサーから得られる膨大な量のSNPの中から形質に関連性があると考えられるものを絞り込むことで、原因遺伝子の同定を目指す。さらに、優良形質などの選抜の高精度化を行い、育種の効率化を図るため、本研究では「機能的SNP」に関する情報基盤の整備を行なう。総務省統計局で公表されている作付面積と収穫量が多い31植物種を含むNCBIから入手した201植物種のゲノムデータのうち、遺伝子配列が公開されている119種について、UniProtKB、Araport、EggNOGに対する配列相同性解析を行い、トップヒットを得た。さらに、RGAuguryを用いてストレス耐性遺伝子候補を調べ、得られた情報をアノテーション表に集約している。残りの82種についてのゲノム配列は公開されているが、遺伝子配列が公開されていないため、簡便かつ迅速、高精度な遺伝子予測手法を検討した。「機能的SNP」の開発に関しては、これまでビーズアレイを用いて「機能的SNP」を開発したトマトを対象として開始し、SNPアノテーションを行った。次に、現在、解読を進めている高精度なホウレンソウについて「機能的SNP」を明らかにし、ウイルス抵抗性遺伝子の原因遺伝子の同定を試みる。一方、キュウリモザイクウイルス黄斑系（CMV-Y）に対する抵抗性系統と感受性系統に対する接種試験を行ない、「機能的SNP」の有用性を調べる。そのために、まずは、CMV-Y抵抗性形質が分離する系統03-009の抵抗性株および感受性株それぞれ20個体のゲノムDNAをバルク化し、リシークエンスデータを取得した。