Development of functional SNPs of crops and its application for identification of useful genes

作物功能性SNP的开发及其在有用基因鉴定中的应用

• 批准号: 22H02321
• 负责人: 平川 英樹
• 金额: $ 11.07万
• 依托单位: Kazusa DNA Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02321/
• 关键词: 機能的SNP; ウイルス抵抗性遺伝子; 原因遺伝子; ゲノムワイド解析

遺伝子機能に直接的に影響を及ぼしうる「機能的SNP」を多様な作物について明らかにし、次世代シークエンサーから得られる膨大な量のSNPの中から形質に関連性があると考えられるものを絞り込むことで、原因遺伝子の同定を目指す。さらに、優良形質などの選抜の高精度化を行い、育種の効率化を図るため、本研究では「機能的SNP」に関する情報基盤の整備を行なう。総務省統計局で公表されている作付面積と収穫量が多い31植物種を含むNCBIから入手した201植物種のゲノムデータのうち、遺伝子配列が公開されている119種について、UniProtKB、Araport、EggNOGに対する配列相同性解析を行い、トップヒットを得た。さらに、RGAuguryを用いてストレス耐性遺伝子候補を調べ、得られた情報をアノテーション表に集約している。残りの82種についてのゲノム配列は公開されているが、遺伝子配列が公開されていないため、簡便かつ迅速、高精度な遺伝子予測手法を検討した。「機能的SNP」の開発に関しては、これまでビーズアレイを用いて「機能的SNP」を開発したトマトを対象として開始し、SNPアノテーションを行った。次に、現在、解読を進めている高精度なホウレンソウについて「機能的SNP」を明らかにし、ウイルス抵抗性遺伝子の原因遺伝子の同定を試みる。一方、キュウリモザイクウイルス黄斑系（CMV-Y）に対する抵抗性系統と感受性系統に対する接種試験を行ない、「機能的SNP」の有用性を調べる。そのために、まずは、CMV-Y抵抗性形質が分離する系統03-009の抵抗性株および感受性株それぞれ20個体のゲノムDNAをバルク化し、リシークエンスデータを取得した。

Heritage 伝 function に に directly affect を and ぼ し う る "functional SNPS" を others more な crops に つ い て Ming ら か に し, next generation シ ー ク エ ン サ ー か ら must ら れ る) な quantity の SNPS in の か ら character に masato even sex が あ る と exam え ら れ る も の を ground り 込 む こ と で, reason but 伝 の be を refers す. さ ら に, good character な ど の optional sorting の high precision line を い, breeding の sharper rate change を 図 る た め, this study で は "functional SNPS" に masato す る intelligence base plate line gearing up の を な う. 総 affairs province statistics bureau で male table さ れ て い る for pay area と 収 is が い 31 plants more を containing む NCBI か ら of し た 201 plants の ゲ ノ ム デ ー タ の う ち, but 伝 match column が public さ れ て い る 119 に つ い て, UniProtKB, Araport, EggNOG に す seaborne る analytical line を い column of gay Youdaoplaceholder0 gives た. さ ら に, RGAugury を with い て ス ト レ ス patience heritage 伝 son alternate を べ, too ら れ た intelligence を ア ノ テ ー シ ョ ン table に intensive し て い る. 82 kinds of residual り の に つ い て の ゲ ノ ム match column は public さ れ て い る が, but 伝 match column が public さ れ て い な い た め, simple か つ quickly, high precision な heritage 伝 son to measuring technique を beg し 検 た. "Functional SNPS" の open 発 に masato し て は, こ れ ま で ビ ー ズ ア レ イ を with い て "functional SNPS" を open 発 し た ト マ ト を like と seaborne し て began し, SNP ア ノ テ ー シ ョ ン を line っ た. に, now, solution 読 を into め て い る high-precision な ホ ウ レ ン ソ ウ に つ い て "functional SNPS" を Ming ら か に し, ウ イ ル ス resistance heritage 伝 child の reason but 伝 の with fixed を try み る. One party, the キ ュ ウ リ モ ザ イ ク ウ イ ル ス macular system (CMV - Y) に す seaborne る resistance system と susceptibility に す seaborne る inoculation test line を な い, "functional SNPS" の usefulness を adjustable べ る. そ の た め に, ま ず は, CMV - Y resistance character が separation す る system 03-009 の resistant strains お よ び susceptibility strains そ れ ぞ れ 20 individual の ゲ ノ ム DNA を バ ル ク し, リ シ ー ク エ ン ス デ ー タ を obtain し た.