Development of integrative methods for correlative studies among dynamics, nano-localization, and function using simultaneous multi-color single-molecule and super-resolution imaging
Development of integrative methods for correlative studies among dynamics, nano-localization, and function using simultaneous multi-color single-molecule and super-resolution imaging
批准号:
22H02581
负责人:
徳永 万喜洋
金额:
$11.15万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份:
2022
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2022-04-01 至 2025-03-31
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「分子を観て、機能を知る」ために、申請者らが開発した超解像1分子多種同時イメージング法を統合的に用い、動態・ナノ局在・機能“場”同時、かつ、多種分子同時の分子イメージング、多種類データ取得、多様な時空間定量データ群を統合的に相関解析し、分子機能を解明する『動態・ナノ局在・機能相関学』を創出することを目的として、次を行った。1.超解像1分子多種同時イメージング顕微鏡の改良。『動態・ナノ局在・機能相関学』創出に必要な性能を満たすべく、高精度高速超解像イメージングと1分子蛍光イメージングを生細胞で同時観察できる4色までの多色対応蛍光顕微鏡として、現有設備を改良した。2.蛍光標識分子の調製。超解像用にはphoto- switchable fluorescent proteins、1分子イメージング用にはGFP/SNAP-tag蛍光色素などを、目的タンパク質遺伝子(RNAポリメラーゼII、転写制御分子等)に導入した。3.1分子イメージング動態解析。申請者らの開発した移動部分軌跡解析法を用い、1分子イメージング軌跡追跡により、分子動態を時間・空間の関数として定量計測した(Sci Rep, 2017)。部分軌跡を全軌跡中で1点ずつずらしてゆくことで経時変化を追い、動態・分子間相互作用情報を時間・空間の関数として定量した。4.超解像解析。局在化方式(PALM/STORM) 超解像画像を、20~30 nm程度以上の高精度にてナノ局在解析した。5.領域マーカー対応。超解像と1分子軌跡の重ね合わせ画像(2~3色)に、1~2色の領域マーカー画像を重ね合わせ、分子局在・分子動態・相互作用を、注目領域と関連付けながら、時間・空間の関数として定量した。6.cluster解析を行い、以上で得られたデータ郡を、相互に関連付けながら、一連の解析フローとして相関解析するプログラムシステムを構築した。
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東京工業大学 生命理工学院 徳永研究室
东京工业大学生命科学技术学院德永实验室
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
Single-molecule analysis of state-specific histone mobility in chromatin subcompartments during cellular differentiation
细胞分化过程中染色质亚区室状态特异性组蛋白迁移率的单分子分析
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[廣瀬 仁教, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋]
通讯作者:
徳永 万喜洋
転写開始型及び伸長型RNAポリメラーゼIIの生細胞観察
转录起始型和延伸型RNA聚合酶II的活细胞观察
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[内野 哲志, 伊藤 由馬, 佐藤 優子, 半田 哲也, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏]
通讯作者:
木村 宏
Slitflow: a Python framework for single-molecule dynamics and localization analysis
Slitflow:用于单分子动力学和定位分析的 Python 框架
DOI:
10.1101/2023.03.01.530718
发表时间:
2023
期刊:
bioRxiv
影响因子:
--
作者:
[Ito Yuma, Hirose Masanori, Tokunaga Makio]
通讯作者:
Tokunaga Makio
A simulation study to measure precisely three-dimensional coordinates of single molecule images using adaptive optics and machine learning
使用自适应光学和机器学习精确测量单分子图像三维坐标的模拟研究
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[周 翔, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋]
通讯作者:
徳永 万喜洋
共 10 条
超解像1分子多種同時イメージングによる動態・ナノ局在・機能相関学の創出
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批准号:23K23845
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$3.83万
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财政年份:2024
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负责人:徳永 万喜洋
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依托单位:
分子モーター間に働く相互作用の1分子イメージング
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批准号:11156222
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.79万
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财政年份:1999
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负责人:徳永 万喜洋
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依托单位:
分子間相互作用の可視化と細胞内分子定量イメージング
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批准号:11242206
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$115.2万
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财政年份:1999
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负责人:徳永 万喜洋
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依托单位:
分子モーター間に働く相互作用の1分子イメージング
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批准号:10175222
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.98万
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财政年份:1998
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负责人:徳永 万喜洋
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依托单位:
アクチン・ミオシン系の動的相互作用の分子機構
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批准号:04780274
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1992
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负责人:徳永 万喜洋
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依托单位:
蛍光プローブを用いた情報伝達機構における分子間相互作用の研究
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批准号:02780232
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1990
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负责人:徳永 万喜洋
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依托单位:
ミオシン頭部の立体構造変化の研究
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批准号:01657502
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.09万
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财政年份:1989
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负责人:徳永 万喜洋
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依托单位:
生物物理的測定による副腎皮質刺激ホルモンの作用機構の解明
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批准号:01780310
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.77万
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财政年份:1989
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负责人:徳永 万喜洋
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依托单位: