DNAメチル化異常がもたらすナルコレプシー発症機構の解明

阐明DNA异常甲基化引起的发作性睡病的机制

• 批准号: 22H03006
• 负责人: 宮川 卓
• 金额: $ 10.98万
• 依托单位: Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03006/
• 关键词: ナルコレプシー; DNAメチル化解析; 遺伝子発現解析; HLA; 睡眠; DNAメチル化; HLA（ヒト白血球抗原）; トランスクリプトーム解析

ナルコレプシー患者と健常者のメチル化プロファイルを免疫細胞毎に明らかにするため、日本人ナルコレプシー患者約50例と健常者約50例の末梢血単核細胞から、細胞特異的な抗体にナノサイズの磁気粒子を結合させることでCD4＋T細胞とCD8＋T細胞を分離した。各細胞からDNAを抽出し、バイサルファイト変換後にDNAメチル化アレイを用いてゲノムワイドなメチル化率データを取得した。取得したデータは適切なQCを行い、データの標準化を行った。ナルコレプシーはHLA（ヒト白血球抗原）のDQB1*06:02と非常に強い関連を示すことから、まず2022年度はHLA領域に着目した解析を実施した。メチル化プローブの3端から10塩基以内に一塩基多型（SNP）が存在するとメチル化率が正確に測定できないことが知られている。HLA領域は他の領域に比べ多型性が非常に高いことが知られているため、日本人集団データを用いて、解析メチル化プローブ中にSNPが存在するか探索すると、HLA領域の12,181プローブ中1,178個にSNPが存在した。そのため残り90.33%のプローブを用いて以後の解析を行った。メチル化率の差を比較すると、Bonferroni補正(α=4.1×10-6）後も有意差を示す部位がCD4+T細胞で9箇所、CD8+T細胞で19箇所確認された。これらDNAメチル化部位の一部は、ナルコレプシーと密接な関連を示すDQB1*06:02と相関することが判明したため、HLAタイプを共変量とした回帰分析を行った。その結果、Bonferroni補正後において有意なレベルではなかったが、P値が10-5レベルのDNAメチル化部位が多数確認された。

ナ ル コ レ プ シ in patients with ー と health often の メ チ ル change プ ロ フ ァ イ ル を immune cells in their に Ming ら か に す る た め, Japanese ナ ル コ レ プ シ ー about 50 patients with と health often is about 50 cases 単 nuclear の peripheral blood cells か ら, cell specific antibody に な ナ ノ サ イ ズ の を combined with magnetic 気 particles さ せ る こ と で CD4 + T cells と を CD8 + T cells Away from た. Each cell か ら を DNA extraction し, バ イ サ ル フ ァ イ ト に after variations in DNA メ チ ル change ア レ イ を with い て ゲ ノ ム ワ イ ド な メ チ ル flowrate デ ー タ を obtain し た. To obtain the appropriate なQCを line を, デ タ タ タ タ <s:1> standardized を line った. ナ ル コ レ プ シ ー は HLA (ヒ ト leukocyte antigen) の DQB1 * 06:02 と very strong に い masato even を shown す こ と か ら, ま ず 2022 annual に は HLA field with mesh し た parsing を be applied し た. メ チ ル change プ ロ ー ブ の 3 end か ら に a salt Quito within 10 salt base type (SNP) が す る と メ チ ル flowrate が に correct determination で き な い こ と が know ら れ て い る. HLA に は he の areas than べ polytypism が very high に い こ と が know ら れ て い る た め, Japanese set 団 デ ー タ を with い て, parse メ チ ル change プ ロ ー ブ に in SNP が exist す る か explore す る と, HLA の 12181 プ ロ ー ブ in 1178 に SNP が exist し た. Youdaoplaceholder0 ため ため residual ため 90.33% プロ プロ ブを ブを use そ て to explain the を line った after that. メ チ ル rates are poor の を compare す る と, Bonferroni corrections (alpha = 4.1 x 10-6) after も deliberately bad を で す parts が CD4 + T cells in nine, CD8 + T cells by で 19 identified さ れ た. こ れ ら DNA メ チ ル parts の a は, ナ ル コ レ プ シ ー と contact な masato even を shown す DQB1 * 06:02 と phase masato す る こ と が.at し た た め, HLA タ イ プ を - total quantity と し た 帰 back line analysis を っ た. そ の results, after Bonferroni corrected に お い て intentionally な レ ベ ル で は な か っ た が, P nt が 10-5 レ ベ ル の DNA メ チ が ル change parts most confirm さ れ た.

项目成果

公益財団法人東京都医学総合研究所 睡眠プロジェクト

东京都医学科学研究所睡眠项目

Narcolepsy risk loci are enriched in immune cells and suggest autoimmune modulation of the T cell receptor repertoire

发作性睡病风险位点在免疫细胞中富集，表明 T 细胞受体库存在自身免疫调节

• 发表时间: 2023
• 期刊: Nature Communications
• 影响因子: 16.6
• 作者: Hanna M Ollila;(76人省略);Miyagawa Taku;Shimada Mihoko (12人省略)
• 通讯作者: Shimada Mihoko (12人省略)