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DNAメチル化異常がもたらすナルコレプシー発症機構の解明

阐明DNA异常甲基化引起的发作性睡病的机制

基本信息

批准号：
22H03006
负责人：
宮川卓
金额：
$ 10.98万
依托单位：
Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

ナルコレプシー患者と健常者のメチル化プロファイルを免疫細胞毎に明らかにするため、日本人ナルコレプシー患者約50例と健常者約50例の末梢血単核細胞から、細胞特異的な抗体にナノサイズの磁気粒子を結合させることでCD4＋T細胞とCD8＋T細胞を分離した。各細胞からDNAを抽出し、バイサルファイト変換後にDNAメチル化アレイを用いてゲノムワイドなメチル化率データを取得した。取得したデータは適切なQCを行い、データの標準化を行った。ナルコレプシーはHLA（ヒト白血球抗原）のDQB1*06:02と非常に強い関連を示すことから、まず2022年度はHLA領域に着目した解析を実施した。メチル化プローブの3端から10塩基以内に一塩基多型（SNP）が存在するとメチル化率が正確に測定できないことが知られている。HLA領域は他の領域に比べ多型性が非常に高いことが知られているため、日本人集団データを用いて、解析メチル化プローブ中にSNPが存在するか探索すると、HLA領域の12,181プローブ中1,178個にSNPが存在した。そのため残り90.33%のプローブを用いて以後の解析を行った。メチル化率の差を比較すると、Bonferroni補正(α=4.1×10-6）後も有意差を示す部位がCD4+T細胞で9箇所、CD8+T細胞で19箇所確認された。これらDNAメチル化部位の一部は、ナルコレプシーと密接な関連を示すDQB1*06:02と相関することが判明したため、HLAタイプを共変量とした回帰分析を行った。その結果、Bonferroni補正後において有意なレベルではなかったが、P値が10-5レベルのDNAメチル化部位が多数確認された。

About 50 Japanese patients and about 50 healthy individuals had peripheral blood mononuclear cells isolated, and cell-specific antibodies were isolated from CD4 +T cells and CD8 +T cells. The DNA of each cell was extracted and transformed into DNA. Get the right quality control. DQB1*06:02- A SNP is present within the 3-terminal range of the SNP, and the SNP rate is determined correctly. The polymorphism of HLA domain is very high compared with other domains. There are 1,178 SNPs in HLA domain. 90.33% of the total number of people who have died in the past After Bonferroni correction (α=4.1×10-6), 9 CD4 +T cells and 19 CD8 +T cells were identified. A part of the DNA sequence is identified by DQB1*06:02. As a result, after Bonferroni's correction, most of the DNA transformation sites with a P value of 10-5 were confirmed.