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ヒトナルコレプシーの疾患感受性遺伝子の探索

寻找人类发作性睡病的疾病易感基因

基本信息

批准号：
06J10450
负责人：
宮川卓
金额：
$ 1.22万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

アフィメトリクス社の500K GeneChipは約50万にも及ぶSNPをタイピングできる反面、全てのSNPが正確にタイピングされる訳ではないことが知られている。そのため、この GeneChip を用いた研究を行う際は、正確さに欠けるSNPの結果を排除(データクリーニング)することが重要となるが、現在のところその明確な方法は見出されていない。そこで、健常者サンプル389例の結果を用いて、アフィメトリクス500K GeneChipの評価を行い、データクリーニング方法について検討した。その結果、適切な排除方法を見出すことに成功した。ナルコレプシーの疾患感受性遺伝子探索のため、日本人集団におけるナルコレプシー患者(ケース)222例と健常者(コントロール)389例を用いて、ゲノムワイド関連解析を行った。タイピング後に、前述したデータクリーニングを施行し、疾患との関連が期待される30個の新規候補SNPを選別した。それら候補SNPの再現性を確認するため、独立したサンプルセット(ケース159例、コントロール190例)を用いた関連解析(Replication study)を行い、一つのSNP(マーカーTM22.1)において再現性が確認された。両解析を統合した結果のP値及びOdds ratioは4.4×10^<-7>及び1.79であった。TM22.1の周辺に存在する多型を用いた解析により、TM22.1を含む連鎖不平衡ブロック内に存在する二つの遺伝子を見出した。次にTM22.1がこれらの遺伝子の発現量に影響を与えるか検討した。両遺伝子のmRNAの発現量をリアルタイムRT-PCRを用いて定量し、TM22.1の遺伝子型(TT及びTC)間で比較した。その結果、TC群で両遺伝子のmRNAの発現量の有意な低下を確認した。本研究で見出されたナルコレプシーの疾患感受性遺伝子は、治療薬の開発に重要な貢献をなすと考えられる。

The 500K GeneChip contains approximately 500,000 SNP and SNP. A clear methodology for identifying SNP results that are important and present during the GeneChip study was developed. The results of 389 cases of healthy and healthy people were analyzed in detail. The results of 500K GeneChip evaluation were analyzed in detail. The results and the appropriate exclusion methods are presented. 222 patients and 389 healthy individuals were examined for the sensitivity of the disease. The correlation analysis was performed. The 30 candidate SNPs were selected after the disease was detected. Reproducibility of candidate SNPs was confirmed independently (159 cases, 190 cases) using Replication study and SNP (TM22.1). The P value and Odds ratio of the analytical integration results are 4.4×10^<-7>and 1.79 ^. TM22.1 contains linkage disequilibrium, and two genes have been identified. The second TM22.1 is to discuss the influence of the occurrence of the virus. The mRNA expression of TM22.1 gene was quantified by RT-PCR and compared between TT and TC gene types. Our results confirm the intentionally low level of mRNA expression in the TC group. This study demonstrates that the disease-susceptible genes of these diseases contribute significantly to the development of therapeutic agents.